Во время и после складчатости горы подверглись неоднократным вертикальным движениям, приведшим к образованию ряда горсто-образных хребтов и межгорных котловин. И те, и другие вытянуты согласно доминирующему направлению складок и разломов с северо-запада на юго-восток (далматинское направление). Лишь хребты Северо-Албанских Альп ориентированы на северо-восток. Большую роль в формировании рельефа гор сыграли процессы денудации, протекавшие в неоднородных литологических условиях. В Динарском западе области выделяются два меридиально вытянутых пояса: внешний (западный) и внутренний (восточный). Для западного пояса (адриатическо ионический пояс динарид) характерно наличие очень мощной серии мезозойских и третичных карбонатных отложений, полностью перекрывающих кристаллические ядра хребтов. Доминирующими среди них являются трещиноватые известняки. В северной части пояса (к северу от озера Скадарского) они отличаются исключительной чистотой, что обусловило формирование здесь классической карстовой морфологии с очень разнообразными формами голого карста. Южнее Скадарского озера чистота и мощность известняков уменьшаются, известняки часто чередуются с флишем и крупными выходами серпентинов, особенно характерными для гор восточной Албании, греческого Пинда и полуострова Пелопоннес. Длительное выравнивание поверхности при участии карстообразования, последовавшие затем тектонические поднятия, вызвавшие оживление эрозионных и карстовых процессов, создали во многих районах Динарского Запада рельеф типа плоскогорий (планины). Над плавиками поднимаются отдельные глыбовые хребты, что придает Динарским горам характер нагорий.Наиболее типично карстовый рельеф выражен на плоскогорьях Карст, Динара Планина и Дурмитор (с высшей точкой Динарских гор 2528 м). Наиболее высокие хребты имеют горно-ледниковый рельеф (Дурмитор, Северо-Албанские Альпы, север Эпира и др.). Почти на всех плоскогорьях преобладает скалистый грунт, лишенный рыхлого обломочного чехла. Поверхностный сток развит слабо; несмотря на обилие атмосферных осадков, увлажнение поверхности ничтожно мало (вследствие хорошей водопроницаемости почво-грунтов). Многие плоскогорья разделены глубокими ущельями рек (ущелья Дрина, Неретвы) и котловинами. На плоскогорьях и в межгорных впадинах расположено большое количество карстовых полей, часто очень крупных (Попово Поле, Ливаньско Поле, Цетинье, Лика и др.), днища которых сложены озерным и речным аллювием или терра-росса. Благодаря равнинности днищ и формированию на рыхлых отложениях темноцветных богатых органическими остатками почв, поля являются средоточием земледелия.Побережье Динарского запада характеризуется дробной расчлененностью на невысокие антиклинальные хребты и синклинальные понижения, вытянутые в далматинском направлении, параллельно берегу моря.
Новейшие ингрессии создали классически выраженный далматинский тип берега. Большая часть западного побережья Балканского полуострова имеет горный характер. Лишь южнее Скадарского озера и вплоть до залива Влоры берега очень низкие, плоские, песчаные. Складки в этом районе сильно погружены, и рельеф приобрел характер аккумулятивной равнины. Здесь расположена одна из крупнейших равнин области Албанская низменность. Албанская низменность представляет ряд мульдообразных впадин и протягивающихся параллельно им в северо-западном направлении антиклинальных гряд высотой 200-500 м. Гряды сильно эродированы оврагами, нередко до состояния бедленда. Характерной особенностью низменности является высокое стояние грунтовых вод и широкие разливы зимой и весной спускающихся сюда с гор рек (Вийоса, Шкумбини, Семани, Дрин). Это определяет переувлажненность почво-грунтов, их большую заболоченность. Лишь в последние годы, в результате проводившихся мелиоративных работ, большая часть низменности осушена.Восточный (внутренний) пояс Динарского Запада включает восток Динарских гор (Боснийские Рудные горы, Златибор и др.) и Пинда, горы Отрис, остров Эвбею, полуостров Аттику и северо-восток Пелопоннеса. В отличие от адриатическо-ионического пояса, во многих районах восточного пояса кристаллические ядра гор или вовсе обнажены, или прикрыты лишь относительно тонким плащом мезозойских и третичных песчаников, сланцев, флиша, отчасти известняков. Карстовый рельеф здесь выражен слабо. Господствуют плоскогорья и средневысотные хребты. Хорошо развиты всхолмленные предгорья.Особенностью рельефа является также частое чередование относительно широких продольных и узких поперечных долин. Речная сеть здесь развита значительно лучше, чем на западе. Плоскогорья и хребты чередуются с широкими тектоническими котловинами: Сараевская, Косово-Метохия, котловины озер Пресна и Охрида.Остальные районы области расположены в пределах Фракийско-Македонского массива. Граница между этим массивом и третичными структурами динарид проходит приблизительно от острова Эвбея к озеру Пресна и далее на север к низовьям реки Моравы. В отличие от Испанской Месеты, Фракийско-Македонский массив подвергся более дробному тектоническому расчленению, что определило образование на месте массива ряда складчато-глыбовых гор и многочисленных межгорных котловин. Именно для этих районов Балканской области наиболее характерен мозаичный горно-котловинный рельеф. Общей чертой большинства гор являются полого-всхолмленные широкие вершинные поверхности, соответствующие, как правило, поверхностям неогеновых пенепленов. Наиболее крупными из подобных гор являются Сербское нагорье, Шар Планина, Кораб, Пирин, Рила (с высотой до 2925 м), Олимп (2917 м), горы Халкидонского полуострова, низкогорья Истранджа.
На вершинах Пирина, Рилы хорошо выражены следы горного оледенения в виде карлингов, цирков с озерами, остатков морен и т. п. Горы отделены друг от друга тектоническими котловинами и зонами разломов. Наиболее крупной зоной разломов является вытянутая на несколько сотен километров с севера на юг полоса, занятая долинами Моравы и Вардара. В менее крупных прогибах расположены долины Струмы, Месты и др. рек. В пределах этих сбросовых зон и котловин кристаллический фундамент в большинстве случаев перекрыт толщами неогеновых и современных озерных и речных отложений. Следы древних озер хорошо выражены и в серии озерных террас, окаймляющих плоские днища котловин. Крупнейшими котловинами являются Салоншсская, Фессалийская, Верхне-Фракийская и Нижне-Фракийская низменности.Особенности географического положения и рельефа определяют господство в области континентальных типов климата и большое распространение горных климатов (около 1/6 площади области лежит выше 1000 м). Балканская область расположена в двух климатических зонах: большая часть ее лежит в средиземноморской зоне (запад, юг и юго-восток), меньшая северная и северо-восточная в умеренной. В связи с горно-котловинным рельефом широко распространены переходные типы климата от умеренного континентального к средиземноморскому континентальному. Многие горные районы, особенно Родопы и Динарские горы, являются важными климатическими и ботанико-географическими рубежами. Так, южные склоны и предгорья Родоп обладают средиземноморским климатом и несут покров средиземноморских растительных формаций. Северные склоны Родоп имеют умеренный и субсредиземно-морский климат и покрыты лесами среднеевропейского типа.Основные различия между районами с умеренным и средиземноморским климатом проявляются в температурных условиях зимнего полугодия и в распределении по сезонам атмосферных осадков. Зимой северные и северо-восточные районы области имеют довольно низкие для этих широт Западной Европы температуры воздуха: от 2 до -2°С в январе на равнинах. Осадки на равнинах нередко выпадают в виде снега, а в горах снег образует длительный покров, исчезающий на высоких вершинах лишь летом. В районах со средиземноморским климатом зима теплая, непродолжительная, со средней температурой января от 4- 5 грд. C на севере до 10-12°С на Пелопоннесе и Крите. В связи с тем, что вдоль Адриатического побережья и через Грецию проходят наиболее частые пути циклонов, зимняя погода очень неустойчива. Из внутренних районов области зимой через горные перевалы нередко прорывается холодный воздух, вызывающий резкие похолодания на побережье. Особой силы эти ветры достигают в северных районах Адриатического побережья (бора).
Они губительно действуют на растительность, поэтому средиземноморские формации в этих районах приурочены к защищенным от боры местам.Летом различия между средиземноморскими и (умеренными районами менее существенны в отношении термики. Средняя температура июля изменяется от 21-23°С на севере до 26-28°С на юге. Но продолжительность жаркого периода на юге раза в полтора больше, чем на се вере. При этом на юге переходные сезоны года значительно теплее, чем на севере.Общей закономерностью распределения по области атмосферных осадков является уменьшение их суммы при продвижении как с запада на восток, так и с севера на юг. Наибольшую сумму осадков- 1000- 1500 мм и более получают северные районы Адриатического побережья, где характерно частое прохождение циклонов как зимой, так и в переходные сезоны. Наиболее увлажнены западные склоны Динарских гор на высоте от 800 до 2000 м. Даже удаленные от моря горы значительно лучше увлажнены, чем равнины. Наименьшее количество осадков 400-600 мм выпадает на юге Греции, на северном побережье Эгейского моря, во Фракийской низменности. Весьма существенны различия в годовом ходе распределения осадков. Районы со средиземноморским климатом получают максимум осадков зимой (юг Греции) или в переходные сезоны. Районы с (умеренным климатом имеют летний и вторичный весенний максимум. На юге области доля зимних осадков составляет 50% годового количества, в средней части 30-35%, на севере около 20%. Доля летних осадков увеличивается в северном направлении, составляя соответственно 5, 10 и 30%. Продолжительность засухи достигает на юге области 3-5 месяцев, на севере 1,5-3 месяца. Вегетация многих растений на этот период прекращается, а земледелие требует искусственного орошения. В районах с умеренным и субсредиземноморским климатом засуха менее свирепая и продолжительная. В горах неравномерность распределения осадков несколько сглаживается. В наиболее высоких горах создаются большие запасы влаги в виде снега.Дробное расчленение поверхности области неблагоприятно для развития крупных рек, но средних и мелких рек здесь очень много. Почти все крупные реки принадлежат бассейну Дуная и Черного моря (Сава, Морава и др.). В Эгейское море несут свои воды Вардар, Марица, Струма, Места. Наиболее крупными реками бассейна Адриатического моря являются Дрин, Шкумбини. Преобладают горные реки с дождевым и снегово-дождевым питанием. В связи с этим верховья рек, как правило, полноводны, но в средних и нижних течениях, особенно на равнинах, водность рек резко падает. Одновременно нарастает неравномерность их стока. Мелкие реки летом разбиваются на цепочки озер или совсем пересыхают.