Наибольшим постоянством отличаются реки, в питании которых основную роль играют грунтовые воды. Подобный тип рек характерен для Динарского запада с его обильными карстовыми источниками, а также для хорошо облесенных восточных склонов Динарских гор, Родоп и Рилы. Многие реки области имеют крупные энергетические запасы. В последнее время большие работы по использованию водных ресурсов (орошение, водоснабжение, энергостроительство) проведены на реках Искыр, Марица и ее притоках. Широко используются реки для орошения и в Греции.Особенностью гидрографии Балканской области является обилие минеральных и термальных источников, приуроченных к линиям тектонических разломов. В зонах тектонических погружений расположены и крупнейшие озера области: Скадарское, Пресна, Охрида (глубина до 285 м), питающиеся за счет впадающих в них рек. Очень многочисленны карстовые озера (запад и юг области) с резкими колебаниями уровня. В Риле, Пирине, Динарских горах, Северо-Албанских Альпах и в северном Пинде имеются альпийские озера.Для Балканской области характерно большое разнообразие встречающихся здесь растительных формаций и флористическое богатство. Флористическое богатство (около 6500 видов) определяется не только современными, но и палеогеографическими условиями: отсутствием по кровного оледенения, связями с материковой Европой и Азией, благодаря чему сохранились многие реликтовые виды теплолюбивой и умеренной третичной флоры: сербская ель (Picea omorica), румелийская сосна (Pinus рейсе) и др. Вместе с тем, флора области отличается высоким эндемизмом (около 27% всех видов). Наибольшее количество реликтов и эндемиков произрастает на юге и западе области, в средиземноморских ее районах. Ведущее место в растительности области принадлежит различным типам горных лесов, кустарниковым формациям и формациям жестких трав открытых каменистых пространств. Кустарниковые и травянистые формации нередко являются вторичными, возникшими на месте вырубленных лесов.Сочетание средиземноморских европейских, азиатских и среднеевропейских видов характерно и для животного мира области. Среднеевропейские лесные и отчасти степные виды животных распространены преимущественно во внутренних районах области. В остальных районах представлены преимущественно средиземноморские животные. Наиболее характерными из млекопитающих являются дикая кошка, дикий козел, лиса, волк, шакал, куница, кабан, белка, лесные мыши. Довольно богато представлены пресмыкающиеся: много видов ящериц, змей, черепах. Очень разнообразна и своеобразна фауна пресноводных рыб, особенно в озерах Охрида и Преспа. В соответствии с тремя типами климата (средиземноморский, умеренный и переходный субсредиземноморский) в области распространены три группы растительных формаций.
Средиземноморские формации леса и кустарники типа маквиса распространены в соответствующих климатических условиях на равнинах и в горах до высоты 700- 800 м на юге и 200-300 м на севере. Основными лесообразующими породами в лесах этого типа являются каменный и валоновый дубы, алеппская и итальянская сосны, кипарис (горизонтальный). В маквисе обычны кустарниковые виды дуба, древовидный можжевельник, земляничник, лавр, самшит, мирт, вереск. В более сухих восточных районах и во внутренних котловинах маквис часто замещается фриганоидной растительностью с дроком, шалфеем, асфоделией, видами молочая. На севере Адриатического побережья средиземноморская растительность имеет пятнистое распространение в связи с губительным воздействием боры.Выше высотных пределов распространения этих формаций горы покрыты смешанными лесами из вечнозеленых и листопадных пород, которые в свою очередь сменяются горными листопадными и хвойными (пихта, ель, сосна) лесами. Из листопадных наиболее обычны виды дуба (македонский, венгерский, пушистый, зимний, летний), граба, ясеня. Буковые леса менее распространены, а на юге области бук отсутствует (как и на юге Пиренейского полуострова). В целом облесенность гор средиземноморских районов невелика. Это связано с широким распространением карста, многовековым выпасом коз, а на юге еще и с недостаточным увлажнением. С безлесьем связана большая интенсивность эрозии, маломощность и каменистость почв, а нередко и отсутствие почвенного покрова.Под лесами и кустарниками в зависимости от высоты места, степени увлажнения поверхности и литологии развиты коричневые и бурые лесные почвы, характерны также дерново-карбонатные почвы и терра-росса.В районах с субсредиземноморским климатом в лесах и кустарниках наряду с вечнозелеными видами многочисленны и листопадные среднеевропейские и средиземноморские растения. В горах более всего распространены леса из пушистого и других видов дуба, граба, платана, восточного бука (Fagus onentatis). В изолированных сухих котловинах и долинах место вырубленных лесов нередко заняли кустарниковые формации псеводмаквиса, обычно густые, но низкорослые. В них ведущее место принадлежит листопадным видам: держи-дерево, дикая сирень, сумах и др. Наряду с ними весьма обычны мирт, древовидный и красный можжевельник (Junlperus excelsa, J. oxyoedrtts), жасмин (Jasminum fruticans), самшит, филирея, придающие псевдомаквису вид вечнозеленых зарослей. Для этих районов также характерны коричневые и бурые лесные почвы. Вместе с тем в котловинах представлены оригинальные типы почв смолницы, мало где встречающиеся за пределами Балканской области. Смолницы черные (смолистые) почвы, занимающие наиболее плоские слабо дренированные участки котловин, сложенные древнеозерным аллювием.
Они развиваются на коре выветривания основных пород (андезитов, серпентинов) или продуктов переотложения этих пород, преимущественно в древних озерах. Смолницы, очевидно, возникли под луговой или лугово-степной растительностью. При заселении этих почв лесной растительностью или при увеличении дренированности поверхности они быстро деградируют, теряя основные свои свойства. Смолницы отличаются очень большой мощностью гумусового горизонта (до 80-120 см) и плотностью. Последнее обстоятельство сильно затрудняет их обработку. В районах области с умеренным климатом в целом облесенность больше, чем в средиземноморских. Горные леса слагаются в основном теми же видами, что и леса верхних поясов гор на юге. Верхний предел распространения леса доходит до 2000 м. Выше остальных поднимаются еловые леса. Субальпийский и альпийский пояса выражены слабо. В предгорной полосе очень характерны низкорослые густые формации шибляка. В состав его входят многие виды псевдомаквиса, но вечнозеленые кустарники отсутствуют. Типичны держи-дерево, кустарниковые формы пушистого дуба и восточного граба (Carplnus orientalis), пузырник древовидный (Colutea arborescens), сумах, груша, сирень.