Значительны ресурсы руд цветных и редких металлов. В пределах округа находятся уникальные месторождения вольфрамомолибденовых руд — Тырныаузское (Кабардино-Балкарская Республика) и Ктитебердинское (Карачаево-Черкесская Республика). Месторождения свинцово-цинковых руд в основном сосредоточены в Северной Осетии (наиболее крупное — Садонское месторождение). Разведанные месторождения меди имеются в Карачаево-Черкессии (Урупское) и Дагестане (Худесское, Кизил-Дере). В Краснодарском крае и Северной Осетии известны месторождения ртути.
Нерудные полезные ископаемые представлены горно-химическим сырьем (значительны запасы барита, каменной соли, серы). Особенно следует выделить крупнейшие в Российской Федерации месторождения поваренной соли в озерах Баскунчак (Астраханская область) и Эльтон (Волгоградская область). Значительны запасы сырья для производства строительных материалов (цементные мергели в районе Новороссийска, высококачественный мрамор в районе Теберды, кварцевые песчаники, глины для производства кирпича и керамики, мел, граниты и др.).
Южный федеральный округ относится к числу самых малообеспеченных лесными ресурсами районов Российской Федерации. При оценке лесного фонда важно учитывать его особенности: 65% лесов — высокогорного типа, каких больше в Европейской части России нет; здесь сосредоточены все буковые леса России, а также значительная часть таких ценных пород деревьев, как дуб, граб, ясень. Очевидно, что леса района эксплуатационного значения иметь не могут, однако в последние годы в связи с развитием производства мебели велись интенсивные вырубки ценной древесины, запасы которой в нижнем ярусе широколиственных пород практически исчерпаны. Сегодня очень важно резко сократить, а лучше совсем прекратить рубки леса в зоне произрастания широколиственных пород, воздержаться от освоения пояса хвойных лесов, форсировать лесовосстановительные работы. Леса должны рассматриваться исключительно с точки зрения их рекреационно-оздоровительной и природоохранной полезности. Уникальны рекреационные ресурсы федерального округа. Мягкий климат, обилие минеральных источников и лечебных грязей, теплые морские воды создают богатейшие возможности для лечения и отдыха. Горные районы с их неповторимыми ландшафтами имеют все необходимые условия для развития альпинизма и туризма, организации здесь горнолыжных баз международного значения.
Природные условия Сибирского федерального округа разнообразны: от арктических тундр до сухих степей и полупустынь. На большей части района они суровы и неблагоприятны для жизни человека и хозяйственного освоения территории из-за резкой континентальности климата и присущей ей большой амплитуды годовых и суточных температур, открытости влиянию холодных воздушных масс Северного Ледовитого океана, широкого распространения вечной мерзлоты. Разнообразен рельеф федерального округа: здесь расположены южная часть Западно-Сибирской равнины, горы Алтая, Кузнецкого Алатау, Салаирского кряжа; огромную территорию занимает Средне-Сибирское плоскогорье, которое к северу сменяется Северо-Сибирской низменностью, а к югу — системой горных хребтов Западного и Восточного Саяна, гор Забайкалья.
Основой хозяйственного комплекса округа является его уникальный природно-ресурсный потенциал, и прежде всего запаскаменных и бурых углей, нефти и газа, гидроэнергии, древесины хвойных пород, здесь также сосредоточены значительная часть руд черных и цветных металлов и крупные запасы химического сырья. Топливно-энергетические ресурсы Сибири огромны. Запасы углей, по различным оценкам, составляют от 3,8 до 4,4 трлн. т, потенциальные запасы гидроэнергии — около 1 трлн. кВт • ч. Многочисленные угольные месторождения содержат разнообразные по качеству и количеству, условиям залегания угли. Среди них выделяется уникальный по геологическим запасам, качеству и условиям залегания каменных углей Кузнецкий бассейн. Запасы угля оцениваются в 600 млрд. т, мощность пластов в среднем до 4 м, а отдельные пласты — до 20 м, угли обладают высокой теплотворной способностью — до 8,6 тыс. ккал/кг, отличаются низкой зольностью и сернистостью, залегают относительно неглубоко, что дает возможность разрабатывать их не только шахтным, но и открытым способом. Ценность бассейна высока и благодаря наличию коксующихся углей (примерно 30% всех запасов), которые являются дефицитным технологическим топливом для черной металлургии. Марочный состав бассейна также не имеет аналогов. Себестоимость добычи коксующихся углей в бассейне — самая низкая в стране. Значение Кузбасса в экономике трудно переоценить — это главный угольный бассейн России.
К числу уникальных относится и другой буроугольный Канско-Ачинский бассейн. Общегеологические запасы угля составляют 600 млрд. т. Бассейн протянулся на 800 км, ширина его достигает местами 200 км. Угольные пласты мощностью до 100 м залегают неглубоко и почти горизонтально, что позволяет использовать наиболее экономичный, открытый способ добычи. Высокая концентрация угольных запасов позволит создать 200 мощных карьеров с общей годовой добычей в 1 млрд. т. Угли Канско-Ачинского бассейна — энергетические, их теплотворная способность — от 2,8 до 4,7 тыс. ккал/кг; они малозольны (6—12%) и низкосернисты (менее 1%), но содержат повышенное количество влаги (21— 44%), при низких температурах зимой смерзаются, а при высыхании рассыпаются в пыль, приобретают способность самовозгораться и поэтому мало приспособлены к транспортировке, их выгодно использовать на месте. Бассейн располагается в наиболее обжитой и экономически развитой части Восточной Сибири - вдоль Транссибирской железнодорожной магистрали, что и позволило начать его интенсивное использование. Крупнейшие месторождение угля на западе - Березовское, Назаровское, Урюпинское, Итатское, на востоке — Ирша-Бородинское и Абанское.
Другие угольные месторождения Сибирского федерального округа имеют внутрирайонное значение. Среди них следует отметить Горловский бассейн, Иркутский бассейн с каменными углями Черемховского месторождения и бурыми углями Азейского месторождения, Минусинский бассейн в Хакасии, Харанорское месторождение в Читинской области, Тугнуйское и Гусиноозерское в Бурятии.
Территория федерального округа очень богата нефтью и газом. В Западной Сибири выделяются месторождения газа Васюганского нефтегазоносного района — Мыльджинское, Северо-Васюганское, Лугинецкое. В Восточной Сибири пока открыты небольшие месторождения на Верхней Лене, природный газ Мессояхского месторождения в низовьях Енисея.
Гидроэнергетические ресурсы округа огромны; особенно богата ими Восточная Сибирь. Гидроэнергетический потенциал не имеет мировых аналогов не только по своим общим запасам, но и по их высокой концентрации. Запасы оцениваются в 848 млрд. кВт•ч. Мощные источники гидроэнергии — реки Енисей, Ангара, Обь и Иртыш. Регион располагает и богатыми запасами водных ресурсов. На его территории находится озеро Байкал — крупнейшее по ресурсам пресной воды озеро Земли, являющееся национальным достоянием России.
В Сибирском федеральном округе имеются значительные запасы железных руд. Горная Шория, Кузнецкий Алатау и Алтай богаты магнетитами с содержанием железа 40—45% (месторождения Шерегеш, Таштагол, Инское, Белорецкое), в южной части Западно-Сибирского железорудного бассейна геологические запасы одного только Бокчарского месторождения (38% железа) оцениваются в 110 млрд. т железной руды. В Восточной Сибири основная часть запасов железных руд рассредоточена на небольших месторождениях, что существенно удорожает их эксплуатацию. К числу крупных относится Ангаро-Питский железорудный бассейн на юге Красноярского края (месторождения Нижнеангарское, Ишимбинское, Удоронговское). В Ангаро-Илимском железорудном бассейне выделяются крупные месторождения Коршуновское и Рудногорское. Запасы железных руд имеются также в Хакасии, Забайкалье. Благоприятно сочетание железных руд с ресурсами нерудного сырья для черной металлургии: известняками, доломитами, огнеупорными глинами, магнезитами и др. К рудам черных металлов также относятся марганцевые руды, запасы которых в округе составляют свыше 70% от запасов страны (месторождение Усинское в Кузнецком Алатау и др.).
Руды цветных металлов в западной части федерального округа представлены полиметаллическими (Салаир), нефелиновыми (Кия-Шалтырь) и ртутью (Алтай). В Восточной Сибири на севере Красноярского края расположен крупнейший в России Норильский медно-никелевый район с месторождениями Норильск-1, Но-рильск-2, Талнахское, Октябрьское. Попутно руды этих металлов содержат кобальт, золото, серебро, платину и др. В Нижнем Приангарье открыто крупное месторождение свинцово-цинковых руд - Горевское, имеются свинцово-цинковые руды и в Бурятии. На севере Читинской области находится одно из богатейших в стране месторождение медных руд — Удоканское. Известны оловянные руды Хапчерангинского и Шерловогорского месторождений в Читинской области, открыты месторождения в Бурятии. Крупное месторождение кобальтовых руд Хову-Аксинское расположено в Туве. Имеются также запасы молибденовых и молибденово-вольфрамовых руд в Минусинской котловине. Запасами сырья для производства алюминия располагают Красноярский край и Бурятия. Запасы бокситовых руд в Сибири очень ограниченны, качество их значительно ниже уральских и казахстанских. Титановыми рудами богаты Читинская область (месторождение Кручинское) и Бурятия (месторождение Арсентьевское). Крупные месторождения золота находятся в Ленском районе и Забайкалье. В регионе сосредоточено свыше 85% российских запасов свинца, платины, палладия, около 70% никеля, меди, цинка, свыше 40% золота и серебра.