Богатому населению хищных вполне отвечает сравнительно большое количество встречающихся в лесах Приуралья грызунов, за которыми первые главным образом и охотятся. В хвойных лесах водится белка, в смешанных и особенно лиственных - заяц - беляк. Всюду в лесах обыкновенны лесная мышь и лесная полевка; на опушках леса, а также около человеческих жилищ - летучие мыши.
К лесной фауне близко примыкает водная фауна млекопитающих, живущих обыкновенно по берегам лесных рек и озер. Эта фауна представлена в башкирском Приуралье сравнительно большим числом видом. Из хищных распространены норка, выдра, из насекомоядных - водяная землеройка, или кутора, из грызунов - водяная крыса. В прошлом водились бобры. Говорят, что они еще сохранились в верховьях Б. и М. Инзеров.
Животный мир лесостепной и степной части Башкирии изобилует мелкими грызунами. Заяц - русак, мыши: домовая, полевая, и малютка, крыса, или пасюк, хомяк, полевки: житник, рыжая, общественная, экономка - водятся на возделываемых полях и близ человеческих жилищ. Остальные грызуны являются более или менее типичными степными животными, тесно связанными с жизнью в степи; таковы: байбак, живущий в безлесных степных пространствах, а также в ковыльных степях, земляной заяц, или тушканчик, слепушонка, или землекоп. Последнее животное особого вреда хозяйству человека не приносит, даже, напротив, разрыхляет почву и делает ее более плодородной. Рыжеватый суслик, причиняющий зачастую значительный вред хлебным посевам, сеноставка, или чикушка (иначе пищуха).
Птицы Башкирии многочисленны и разнообразны, что объясняется главным образом положением страны на пролетных путях.
Соответственно распространению лесной стихии, Башкирия отличается богатой лесной фауной птиц. Кроме повсеместно встречающихся вороньих, скворцов, воробьев, щеглов, ласточек и голубей, в полосе тайги водится филин, дятлы, из певчих - чиж, дрозд, из семейства куриных - глухарь, рябчик, косач. Голенастые и водоплавающие представлены дупелем, журавлем, цаплей и вальдшнепом - обитателями лесных болот. Песочник малый, куличек - воробей, чернозобик и краснозобик - жители долины р. Белой.
В островных лесах лесостепи, где преобладает лиственный лес и местность разнообразна обилием уремы, заливных лугов, песчаных отмелей, из хищных водятся: коршун, полевой лунь, сокол, ястреб, беркут, совы, филин; из дятловых - кукушка, дятлы; из певчих - зяблик, иволга, соловей, малиновка, пеночка; из голубиных - вяхирь, горлица; из куриных - тетерев, глухарь, серая куропатка. Из голенастых, живущих по берегам рек и озер, а также на болотах, - бекас, пиголица, коростель, или дергач, журавль, серая цапля. Водоплавающие - кряква, чирки, дикие гуси и лебеди.
Птицы открытой степи: хищные - степной лунь, кобчик; певчие - жаворонок степной, желтая трясогузка; из куриных - перепел, живущий близ возделываемых полей; из голенастых - типичные обитатели степи: стрепет, дрофа, или дудак, пиголица степная. Остальные голенастые: лысуха, болотный кулик, степные кулики, выпь, равно как и водоплавающие: белокрылая и черная мартышки, нырки - жители разных водоемов - озер, болот и речек степной полосы.
Пресмыкающиеся и земноводные в Башкирии сравнительно многочисленны и разнообразны. Как известно. Особенность этих животных состоит в том, что они не имеют собственной температуры тела, которая у них всецело зависит от температуры окружающего их воздуха. Отсюда большая потребность пресмыкающихся в солнечном тепле и многочисленность их в более теплых и жарких странах. Из пресмыкающихся в Башкирии распространены ящерицы: живородящая, прыткая, зеленая и веретеница, или медянка, а также змеи: уж и ядовитая гадюка. Из земноводных - лягушки: травяная, или обыкновенная, зеленая, жерлянка, чесночница; жабы: серая и зеленая. Из хвостатых гадов кроме гребенчатого и полосатого тритонов водится чисто сибирский вид - четырехпалый тритон.
В южную часть Зилаирского района заходят черепахи и полоз (огромный желтобрюхий уж, длиною больше сажени).
Наиболее обыкновенные рыбы в Башкирии: из окуневых - окунь, ерш, судак; тресковые - налим; сомовые - сом; из карповых - встречающиеся чаще в озерах, нежели в реках: золотистый и серебристый караси, лань, пескарь, лещ, язь, карп, плотва, головль и елец; вьюновые - голец и щиповка; из лососевых - белорыбица, а также во всех быстротекущих горных реках и речках - хариус и форель; из осетровых, кроме стерляди, постоянной обитательницы пресных вод, иногда заходят в Каму и Белую осетр и белуга.
Фауна беспозвоночных животных в Башкирии также богата и разнообразна формами. Из насекомых наиболее богато представлены отряды жуков, бабочек, перепончатокрылых, а также прямокрылых. Иногда Башкирия посещается саранчевыми из прямокрылых. К ним относятся: особенно вредная по своим сильным периодическим размножениям перелетная саранча, прусик, сибирская кобылка и ширококрылая кобылка. Они поедают траву, а в более засушливые годы, когда трава рано высыхает, уничтожают и хлебные посевы.
Из бабочек гусеница шелкопряда - монашенки в некоторые года появляется массами и портит хвойный лес, поедая хвою. Другой вид, родственный ей, непарный шелкопряд, а также кольчатый шелкопряд объедают листья чернолесья так сильно, что деревья стоят голыми, ка зимой, и вынуждены развивать почки и второй раз выращивать листья.
К вредным насекомым принадлежат еще малярийные комары, своим укусом прививающие заразу перемежающейся лихорадки, иным путем не заразительной. Они более свойственны степной полосе, чем лесной, хотя в последней болот гораздо больше. От обыкновенных серых комаров малярийные отличаются тем, что в состоянии покоя сидят, приподняв заднюю часть тела и заднюю пару ног вверх. Злыми врагами этих комаров являются летучие мыши, истребляющие их в большом количестве.
В степях и лесостепях обычен тарантул.
Обилие на Зауральских озерах мошки и других насекомых, особенно мошкары и поденки, личинки которых живут в воде, привлекает к берегам многих рыб, скрывавшихся до того на глубине.
Еще большее значение в экономии природы Зауральских озер имеют некоторые низшие ракообразные. Среди них первенствующая роль принадлежит маленькому рачку - бокоплаву, или мормышу, который является главной, почти исключительной пищей здешних рыб. Большое значение имеют также паразитические веслоногие рачки, именно свободно плавающий и временно паразитирующий карпоед, называемый рыбаками рыбьей вошью; затем внедряющиеся в мускулы и производящие на теле кровавые язвины лернеоцеры; живущий на жабрах карповых ергазиль и, наконец, нередкий в полости рта окуня окунеед. Эти паразиты составляют главную причину мора, который наблюдается периодически на Зауральских озерах, большей частью в самое жаркое время, и принимает иногда громадные размеры.
Водится в реках Башкирии и обыкновенный речной рак.