В течение Мексиканской борьбы за независимость от Испании (между 1810 и 1821гг.), Испания не имела возможности поддерживать военный контроль над землями Аризоны. Воспользовавшиеся этой ситуацией, местные индейцы атаковали и разрушили все миссии и поселения, за исключением Тубак и Таксон. В 1824 г. Аризона перешла от Испанского правления к Мексиканскому. Уцелевшие миссионерские земли были перераспределены среди мексиканских колонистов, но само правление этого региона изменилось очень незначительно. В эти времена трапперы и торговцы (передвигавшиеся небольшими группами колонистов) из Соединенных Штатов начали двигаться в глубь Аризоны. Возможно первым американцем, открывшим Аризону в конце 1825 г. был Джеймс Огайо Патье (James Ohio Pattie), вслед за ним на эти земли в начале 1826г уже пришли Кит Карсон (Kit Carson) Майкл Робидо (Michel Robidoux) и другие. Число колонистов из США быстро росло, а так как вместе с ним росло и число торговцев, очень скоро перед Мексикой встала проблема сосуществования и развития дальнейших отношений между двумя странами - Мексикой и США.
Присоединение Техаса в 1845г. к территории США, стимулировало интересы Соединенных Штатов ко всем землям юго-запада и Калифорнии, включая Аризону. После того, как войска США вышли к устью реки Рио Гранде, Мексика сочла эти действия провокацией, и в 1846 году президент США Джеймс К. Полк (James K. Polk) официально объявил Мексике войну. В том же 1846 году батальон мормонов (Mormons) (прихожан Церкви Jesus Christ of Latter-day Saints) принял участие в битве за Калифорнию и при поддержке мексиканцев, первым водрузил американский флаг над г. Таксон.
В 1848 г. Мексиканская война (Mexican War) была закончена формальным Договором с эдальго Гвадалупы, по которому земли Нью Мексико переходили к США. По этому же договору к США отходили и все земли Аризоны к северу от реки Джила Ривер. Тысячи американцев устремились на юг Джила Ривер по Великому пути Золотой лихорадки, которая разразилась на берегах Калифорнии в 1848, кода там было найдено золото.
А в 1853 г. американские владения в Аризоне еще более расширились, поскольку США выкупили у Мексики 76 735 кв.км площади южнее берегов Джила Ривер.
В 1850 году Конгресс США упорядочил административное деление и статус земель Нью Мехико, отошедших Соединенным Штатам по договору Идальго Гвадалупы. В это же время - в 1849 году - в Аризоне были основаны города Тусон (Tucson), Тубак (Tubac) и Юма (Yuma), население которых состояло из "белых" поселенцев.
В 1858 г. почтовая компания Butterfield Overland Mail начала организацию службы доставки почты через пустыню Аризоны по длинному, сложному маршруту между городами Сент Луис и Сан Франциско. По всему маршруту были основаны военные посты для защиты почтовых курьеров и путешественников, двигавшихся по этому маршруту - от индейцев племени Апачи, которым не нравилось вторжение чужеземцев на их земли и охотничьи владения. Южнее Джила Ривер, в районе рек Колорадо и Хассаямпа (Hassayampa) начали возникать небольшие шахтерские поселения. Поскольку они располагались слишком далеко от города Санта Фе, в котором располагалась администрация Нью Мехико, их было очень трудно контролировать. Шахтеры и другие колонисты вскоре стали выступать за отделение их территории в самостоятельный округ. Но их требования были проигнорированы.
Вскоре, в 1861 году, разразилась Американская Гражданская война (American Civil War). Колонисты Аризоны - переселенцы с южных земель созвали конвенцию в город Тусон (Tucson), на которой провозгласили Аризону территорией, примкнувшей к лиге Конфедерации. Как бы там ни было, воздействие этой войны на Аризону было крайне незначительным. Конфедерация послала войска с целью захватить территорию Нью Мехико, но они были разбиты. Кроме того, из событий военного времени, произошедших в Аризоне, известна неудачная для войск Конфедерации стычка в районе Пикачо Пик (Picacho Peak) в 1862 году.
24 февраля 1863 году президент США Авраам Линкольн, надеясь, что золото Аризоны пополнило бы исчерпанную войной правительственную казну, обратился к Конгрессу с предложением создать на этой территории административное правление. Конгресс одобрил это предложение, и республиканец Джон Гудвин (John N. Goodwin) был назначен первым губернатором округа Аризона.
Как представитель этой территории и представитель Республиканской партии Гудвин был делегирован в Конгресс США и, в содружестве с другими конгрессменами: Ричардом Маккормиком (Richard C. McCormick) и Анисоном Саффордом (Anson P. K. Safford) сделал очень много для создания на территории Аризоны самостоятельного штата. С 1867 года по 1877 год столицей Аризоны был город Тусон. Но затем правительство территории вернулось в Прескотт (Prescott), который был первой столицей этих земель, а в 1889 года столицей Аризоны был провозглашен город Феникс (Phoenix).
Индейцы племени Апачи с самых первых дней испанского завоевания боролись с европейцами, вторгавшимися на их земли. Опытные воины, выросшие буквально в седле, хорошо организованные, храбрые апачи - контролировавшие юго-восточные холмы Аризоны - были очень серьезными противниками, уничтожить войска которых было крайне трудно. В процессе заселения Аризоны белыми колонистами стычки с враждебно настроенными местными индейцами были постоянным явлением. В историю США вошли два вождя племени Апачи, народности Чирикахуа (Chiricahua Apache): Кочис (Cochise) и Жеронимо (Geronimo), которые прославились во многих битвах с белыми колонистами армии США.
В 1861 году, после нападения воинов апачей народности Койотеро (Coyotero), войсками США был захвачен вождь Кочис и некоторые его родственники, невзирая на тот факт, что Кочис принадлежал к другой народности апачей - Чирикахуа. Кочис бежал, сумев захватить нескольких заложников, в обмен на которых он надеялся выкупить своих родственников из плена. Но белые отказалась производить этот обмен, и Кочис приказал убить всех заложников, которых он захватил. Таким образом, ранее настроенный дружелюбно по отношению к белым, вождь одного из племени апачей Чирикахуа - Кочис, перешел в стан врага и в течение последующих десяти лет провел множество блестящих военных операций, которые теперь были направлены, увы - против белых колонистов Аризоны.
В 1858 году солдаты армии Мексики убили жену, мать и детей другого вождя индейцев апачей народности Чирикахуа - Джеронимо, воины которого участвовали в нападениях на мексиканских и американских колонистов, селившихся на землях апачей. В 1876 году правительство США пыталось выслать индейцев народности Чирикахуа с их исконных земель в резервацию Сан Карлос (San Carlos Reservation). Воины Жеронимо десять лет сражались против этого решения. В марте 1886 года армия США под командованием генерала Джорджа Крука (General George) захватила Джеронимо в плен и вынудила его подписать договор капитуляции, по которому индейцы народности Чирикахуа были переселены во Флориду. Однако через два дня после подписания этого договора Джеронимо бежал из плена и продолжил свою войну с белыми. Войска под командованием генерала Нельсона Майлза (Nelson Miles) прогнали индейских воинов Джеронимо в Мексику и в сентябре снова захватили вождя Джеронимо в плен, а индейцев его народа снова загнали в резервации. В итоге Джеронимо был все-таки вынужден принять христианскую веру и в 1905 году подчиниться власти правительства американского президента Теодора Рузвельта.
Многие из современных городов Аризоны были основаны в течение двух десятилетий со времен окончания Гражданской войны 1865 года. Многие колонисты занимались разработкой полезных ископаемых и торговлей, учреждая новые посты на землях Аризоны. Город Феникс (Phoenix) возник, как шахтерское поселение; Викенбург (Wickenburg) был основан на месте находки золотых копей; Глоб (Globe) - в районе серебряных источников и залежей медно-красной руды; Томбстон (Tombstone) - как золото - и серебро-добывающий поселок; Бисби (Bisbee) - как меднорудная шахта. Иммигранты стекались на эти земли со всех штатов Америки. Представители множества народов и наций работали на шахтах Аризоны. Представители религиозной секты мормонов пришли в Аризону из штата Юта и основали свои города Саффорд (Safford) и Меса (Mesa).
После того, как армия США свела к минимуму нападения индейцев апачей на белых колонистов, фермеры-скотоводы начали широко заселять зеленые долины центральной Аризоны и ее юго-восточных земель. В 1870 году луга Аризоны обжили скотоводы из Мексики и Техаса. Теперь эти территории кормили не только горняков, но и фермеров, а также строителей железных дорог. Развитие скотоводства и увеличение количества фермерских ранчо в Аризоне развернулось по всей территории и стало профилирующим на этих землях в результате интенсивного строительства железных дорог, связавших отдаленные районы территории. В 1877 году железная дорога пролегла между южным тихоокеанским побережьем США и рекой Колорадо, а в 1881 году железнодорожный путь соединил с Аризоной города Атчинсон, Топека и Санта Фе.
Шахтерские города росли очень быстро и вскоре популяция стала значительно превышать численность административных органов управления территориями. Начались беспорядки: возникла вражда между фермерами, занимавшимися разведением рогатого скота и овцеводами; увеличилось количество грабежей; росло число конфликтов с местными индейцами; возникали беспорядки в шахтерских поселках. Индейцы вождя Кочиса, жившие на юго-востоке вышли из повиновения закону. Местные официальные власти были к этому времени уже насквозь коррумпированы, а местечковая администрация - тем более.