Во время турецкого владычества северная Албания с ее непроходимыми горами, близостью к иностранным государствам и воинственными племенами гегов сохраняла полунезависимый режим. Геги не допускали в свои деревни турецких чиновников и сборщиков налогов. В каждом племени внутриклановые отношения регулировались на собраниях и передаваемых по наследству советах старейшин при байрактаре (хранителе знамени). Во время войн геги отбывали службу в качестве солдат нерегулярной армии и в 18 - начале 19 в. составляли весьма существенную часть армии османов. Однако они воевали только под руководством своих племенных вождей и в основном ради добычи (главным образом скота), что было важным подспорьем для их бедных хозяйств в горах. Турки имели большее влияние в центре и на юге страны, где взимали умеренные налоги и разрешали христианским властителям пользоваться своими землями в обмен на службу в кавалерии. С переходом в мусульманство для честолюбивых и способных людей открывался путь к власти.
С начала 17 в. повышение налогов османскими властями и рост поборов в пользу местных феодалов вызвали волнения среди албанских крестьян. В 1645 и 1649 турецкие правители подавили заговоры и бунты, организованные католическими лидерами в прибрежных городах во время войны с Венецией. Различные северные племена сотрудничали с австрийскими и венецианскими войсками во время нескольких войн, происходивших между 1683 и 1739. Поэтому турки усилили давление на албанских католиков, заставляя их принять мусульманство.
В 18 в. происходило ослабление Османской империи. Некоторые члены североалбанских племен организовали кампании по вербовке наемных солдат. Тысячи сербов после 1690 покинули Косовскую равнину, отчасти опасаясь репрессий со стороны турок. Шкодерские паши Бушати правили на севере и в центре страны, а во время наполеоновских войн и в последующий период Али-паша Тепелена (1744-1822) основал полунезависимое государство, Янинский пашалык, в южной Албании, Эпире и западной Македонии. Султан Махмуд II, одержимый реформаторскими идеями и стремившийся централизовать и укрепить Османское государство, разгромил в 1820-1822 войска Али-паши (сам Али-паша был обезглавлен, а его голова послана в Стамбул), а в 1831 пашей Бушати. В 1830-х годах менее видные представители албанской знати выступили против турок, но реорганизованная османская армия подвергла их замки обстрелу из артиллерийских орудий и заставила подчиниться.
После разгрома Бушати и Али-паши, Порта предложила ряд реформ, которые были направлены на укрепление империи. Правительство организовывало программу вербовки в армию и открыло турецкие школы, чтобы поощрять ислам и прививать лояльность к империи. Земли, населенные албанцами, в 1835 были разделены на эйялеты Янина и Румелия, во главе которых ставились чиновники из Константинополя. Позже, в 1846, были созданы пашалыки в Монастире (до 1877) и Ускибе (до 1863). После 1865 Стамбул повторно разделил албанские земли между вилайетами Ишкодра (Шкодер), Янина (с 1867), Битола (Монастир) и Косово (с 1877).
Реформы 1826-1856, закрепившие регулярную выплату налогов, призыв на военную службу в мирное время и назначение чиновников неалбанского происхождения, встретили сильное противодействие и оказались эффективными только в южной Албании. Сопротивление переросло в национальное движение, усилившееся после 1878.
Движение за независимость (1878-1912). Распад Османской империи и стремление балканских народов к независимости впервые получили отклик в Албании после русско-турецкой войны 1877-1878. На Берлинском конгрессе великие державы предложили как одно из условий мирного договора передать Сербии и Черногории районы северной Албании. Против этого решения выступили некоторые албанские вожди и представители знати, в основном мусульмане.10 июня 1878 в Призрене (Косово) ими было объявлено о создании Албанской, или Призренской лиги. Вначале она получала поддержку от османского правительства, собирала средства, вербовала вооруженных бойцов и готовилась к борьбе. Лига приобрела более националистический и независимый характер после присоединения католических племен из Шкодера и православных - с юга. В 1879-1880 было оказано сопротивление попыткам уступить даже незначительные территории Черногории; Лига согласилась на передачу района Улцинь Черногории в 1880 лишь после того, как турецкая армия нанесла поражение албанцам. Южное отделение Лиги решительно отвергало притязания Греции на территории, населенные албанцами в Эпире. Возникли опасения, что после окончательного распада Османской империи Албания может оказаться разделенной на части соседними государствами. Для предотвращения подобного исхода Лига потребовала объединения албанских округов (Шкодер, Янина, Битола и Косово) в одну автономную провинцию с тем, чтобы управление, школьное образование и сбор налогов контролировали сами албанцы. Такая национальная программа привела к расколу Лиги: мусульмане Центральной Албании выступили против программы, сохранив верность Константинополю. Начались вооруженные выступления в Шкодере, Призрене и Янине. После того, как Генеральный совет Призренской Лиги объявил о создании (1880) Временного правительства, разгневанный султан направил в 1881 войска на его подавление. В апреле 1881 турецкая армия заняла Призрен, а затем Улцинь. Некоторые из руководителей Призренской лиги и члены их семей были арестованы, других туркам удалось склонить на свою сторону.
Национальное движение ушло в подполье, распространяясь в албанской зарубежной диаспоре и среди политических лидеров в самой Албании. Наиболее известными обществами, созданными эмигрантами, были: "Стамбульское общество" (оно же - "Общество печати на албанском языке" или "Центральный комитет по защите прав албанской нации") (основано 1879), "Дрита" ("Свет") в Бухаресте (основано 1884), "Дешира" ("Стремление") в Софии (основано 1891), "Башкими" ("Единение") в Египте и др. Однако росту движения мешали региональные, религиозные и классовые противоречия. Католики Севера стремились сохранить свои традиционные привилегии. Мусульмане Косовской равнины оставались верными султану, поддерживавшему их в борьбе со славянами. Мусульмане-землевладельцы Центра не желали иметь отношение к опасному напряжению в пограничных районах, где многие православные христиане причисляли себя скорее к грекам, чем к албанцам.
В начале 20 в. в различных районах страны активизировалось национальное движение. В городах возникали тайные комитеты, в которые входили представители самых разных слоев населения. В январе 1906 Комитетом за свободу Албании было принято решение о создании вооруженных чет, многие из которых, в надежде получить автономию в рамках Османской империи, участвовали в младотурецкой революции.
После свержения султана Абдул-Хамида II в июле 1908 появились албанские школы, возникли газеты и политические клубы, особенно на юге страны. В ноябре 1908 в Монастире (Битоль) состоялся национальный конгресс, обсудивший вопрос о национальной автономии и едином албанском алфавите на основе латиницы. Однако политические требования албанцев отклонялись младотурками, стремившимися укрепить Турцию, облагая налогами и воинской повинностью национальные меньшинства. Вскоре турецкое правительство обрушилось с репрессиями на албанское движение. Стремясь расширить контроль над горцами, младотурками был принят т. н. закон о бандах (1909); запрещалось ношение оружия, вводилось наказание палками и др. Такой подход возмутил даже албанских мусульман.
В начале апреля 1910 протест против турецкого гнета перерос в вооруженное восстание на севере Албании, продолжавшееся пять месяцев. Турецкие власти запретили все албанские организации, разоружили население, закрыли албанские школы и печатные издания. Весной 1911 вспыхнуло второе антитурецкое восстание, требованием которого стало предоставление автономии. Правительство Черногории, которое рассчитывало использовать восстание в своих интересах, также поддержало выступление. Неспособное подавить восстание силой, младотурецкое правительство пошло на некоторые уступки (в школьном образовании, в военной службе, в налогообложении и использовании латиницы в албанском языке), но отказалось объединить четыре населенных албанцами вилайета. Несмотря на это соглашение, в марте 1912 в северных горных районах вспыхнуло третье восстание, распространившееся затем на южную и центральную части страны. К середине августа албанские повстанцы заняли гг. Скопье, Дибра, Эльбасан, Пермети и ряд других. Потеряв контроль над значительной частью страны, турки были вынуждены пойти на перемирие.23 августа 1912 Османская империя согласилась предоставить албанцам (но не Албании) ограниченную автономию, объединив вилайеты Шкодра, Янина, Косово и часть Монастира.