В значительной степени загрязнены воды Татарского пролива. Здесь наблюдалось превышение предельно допустимой концентрации нефтепродуктов в 6 — 9 раз, фенолов в 5 раз. Воды Татарского пролива в прибрежной зоне, в районе Александровска-Сахалинского, оцениваются как грязные.
Высокая загрязненность свойственна водам Амурского и Уссурийского заливов. Заметное превышение предельно допустимой концентрации было отмечено по нефтепродуктам, фенолам, меди, цинку, кадмию. Воды этих заливов нередко относят к грязным.
Открытые воды моря загрязнены в существенно меньшей степени, чем в отмеченных прибрежных зонах. В районах оживленных судоходных трасс на поверхности встречается нефтяная пленка. Экосистемы открытого моря ощущают влияние загрязнения, но естественное самоочищение пока позволяет специалистам оценивать состояние контролируемых морских экосистем как стабильное.
Биологические богатства Японского моря, как и других морей, испытывают негативное влияние как природных, так и антропогенных факторов. К примеру, под совокупным воздействием этих факторов сложилось состояние глубокой депрессии сельди залива Петра Великого.
Вместе с тем в Японском море в течение многих лет ведут интенсивную добычу ценных видов рыбы и морепродуктов рыбаки разных стран. В последние годы систематически нарушаются правила рыболовства, отмечаются случаи значительного перелова, распространилось браконьерство. Все это в известной мере истощило сырьевую базу ценной рыбы, особенно лососевых. Стала очевидной необходимость строгого регулирования рыболовства в целях восстановления и увеличения запасов лососевых и других видов. Местные органы и рыбохозяйственные учреждения принимают защитные меры. Однако необходимо объединить усилия разных стран, прежде всего выходящих к Японскому морю, в деле охраны и рационального использования его биологических богатств.