Секретариат является постоянно действующим административным органом ШОС. На него возложены: организационно-техническое обеспечение мероприятий, проводимых в рамках ШОС, участие в разработке и реализации документов всех органов в рамках Организации, подготовка предложений по ежегодному бюджету. Секретариат возглавляет Генеральный секретарь, который утверждается СГГ. Генеральный секретарь назначается из числа граждан государств-членов ШОС на основе ротации, в порядке русского алфавита названий государств-членов сроком на три года без права продления на следующий срок. До 2006 года должность Генерального секретаря отсутствовала, вместо неё существовал институт исполнительного секретаря, который формально мог действовать только от имени Секретариата ШОС.
Региональная антитеррористическая структура (РАТС) - постоянно действующий орган ШОС со штаб-квартирой в Ташкенте, предназначенный для содействия координации и взаимодействию компетентных органов сторон в борьбе с терроризмом, экстремизмом и сепаратизмом. Он имеет статус юридического лица и право заключать договоры, приобретать движимое и недвижимое имущество и распоряжаться им, открывать и вести банковские счета, возбуждать иски в судах и участвовать в судебных разбирательствах. Эти права от имени РАТС осуществляются директором Исполнительного комитета РАТС. Главные функции этого органа заключаются в координации усилий всех государств-членов ШОС в борьбе с терроризмом, сепаратизмом и экстремизмом - разработка предложений по борьбе с терроризмом, сбор и анализ информации, формирование банка данных о лицах и организациях, оказывающих поддержку преступникам, содействие в подготовке и проведении оперативно-розыскных и иных мероприятий по борьбе с названными явлениями, поддержание контактов с международными организациями РАТС состоит из Совета и Исполнительного комитета (постоянно действующий орган). Совет, в состав которого входят руководители компетентных органов стран Организации, представляет собой руководящий орган, принимающий решения. Председатель Исполком РАТС назначается Советом глав государств.
Решения в органах ШОС принимаются путем консенсуса. Порядок работы всех органов Шанхайской организации сотрудничества был окончательно разработан и принят в 2003 году, на московском саммите. Основные структуры организации приступили к работе с января 2004 года, после чего данное объединение функционирует в качестве полноценной международной организации.
В Декларации о создании ШОС страны - участницы заявили и о необходимости развивать и культурное сотрудничество.
Впервые министры культуры стран-участниц встретились в Пекине 12 апреля 2002 года. Правительства государств активно поддержали проведение Дней культуры, участие художественных коллективов и деятелей искусств. С того времени гуманитарное сотрудничество постепенно интенсифицируется: проводятся совместные мероприятия, приуроченные к знаменательным историческим датам стран, входящих в ШОС, практикуются обмен студентами и профессорско-преподавательским составом, предпринимаются попытки создать совместные учебные центры.
Члены организации
Страны-участницы ШОС: КНР, Казахстан, Киргизия, Россия, Таджикистан, Узбекистан.
Государства-наблюдатели: Индия, Иран, Монголия, Пакистан.
Партнёры по диалогу: Белоруссия, Шри-Ланка.
Главное отличие ШОС от других региональных образований на территории бывшего СССР состоит в том, что помимо стран СНГ в неё входит Китай.
Официальные языки: Русский, Китайский.
Генеральный секретарь: Муратбек Сансызбаевич Иманалиев
(с 1 января 2010 года)