Теория была обоснована, кроме одной проблемы, на которую долго закрывали глаза почти все специалисты в области происхождения жизни. Если спонтанно, путем случайных безматричных синтезов в коацервате возникали единичные удачные конструкции белковых молекул (например, эффективные катализаторы, обеспечивающие преимущество данному коацервату в росте и размножении), то как они могли копироваться для распространения внутри коацервата, а тем более для передачи коацерватам-потомкам? Теория оказалась неспособной предложить решение проблемы точного воспроизведения — внутри коацервата и в поколениях — единичных, случайно появившихся эффективных белковых структур. В конце своей жизни в итоговой статье, опубликованной (посмертно) в журнале «Вопросы философии», академик Опарин сочувственно процитировал один из вариантов известной «теоремы о бесконечных обезьянах»: вероятность случайного первичного возникновения ДНК не больше того, как если бы «обезьяна, случайно ударяя по клавишам пишущей машинки, написала трагедию Шекспира “Гамлет”». Академик П.Л. Капица в своё время писал: «Оставив в стороне вопрос о том, как найти ту обезьяну, которая напишет нам “Гамлета”, простой математический подсчет вероятного числа четвероруких, при котором одно из них напечатает “Гамлета”, легко поддаётся определению: оказывается, что для перепечатывания не всей пьесы, но только одной её страницы, необходимо число обезьян, превосходящее число атомов во Вселенной» [1]. В 1966 г. немецкий биохимик Шрамм подсчитал вероятность случайного сочетания 6000 нуклеотидов в РНК-вирусе табачной мозаики: 1 шанс из 102000. Отметим, что математики считают вероятность события меньше 1 из 1050 равной нулю — то есть нужно говорить не о вероятности, а о невероятности. Поэтому в настоящее время гипотеза случайного соединения аминокислот не пользуется особым признанием.
К гипотезе панспермии примыкает точка зрения астрономов Ч. Викрамасингха (Шри-Ланка) и Ф. Хойла(Великобритания). Они считают, что в космическом пространстве, в основном в газовых и пылевых облаках, в большом количестве присутствуют микроорганизмы, где они, по мнению ученых, и образуются. Далее эти микроорганизмы захватываются кометами, которые затем, проходя вблизи планет, «сеют зародыши жизни».