Более существенны сезонные и пространственные колебания количества атмосферных осадков, поскольку Индонезия находится в зоне влияния муссонов. На большей части Индонезии атмосферные осадки выпадают с декабря по март, когда дует западный муссон. Исключение составляет восточная Суматра, частично прикрываемая территорией п-ова Малакка. Из очага возникновения западный муссон устремляется над просторами Южно-Китайского моря в сторону северо-восточной Суматры, северного Калимантана и Сулавеси. Затем воздушный поток, меняя курс, пересекает экватор и вторгается с северо-запада и запада-северо-запада в пределы южных областей Индонезии. Восточный муссон, дующий с июня или июля по конец сентября, зарождается во внутренних засушливых районах Австралии. Теплая, но обезвоженная воздушная масса движется над Малыми Зондскими о-вами и восточной половиной Явы. Проходя над Индийским океаном, муссон начинает поворот на юго-запад, по пути обильно насыщается влагой и обрушивает ливневые дожди на горное юго-западное побережье Суматры.
Практически на всей территории Индонезии в пределах 5° по обе стороны от экватора ежегодно выпадает в среднем от 1800 до 3500 мм осадков, в некоторых горных районах – до 6100 мм в год. В целом больше осадков выпадает на западном побережье о.Суматра и в горных областях Западной Явы, Калимантана, Сулавеси и Папуа. Хотя распределение осадков по месяцам и по районам неравномерно, ни в одном из них не бывает продолжительного сухого периода. Тем не менее в местностях к юго-востоку от центральной Явы и вплоть до о.Тимор годовое количество осадков менее 1800 мм, хотя, как правило, не ниже 1300 мм. Там выражен сухой сезон: примерно в течение двух месяцев дождей почти нет и еще в течение 2–3 месяцев они идут редко и выпадает не более 50 мм осадков в месяц. Этот сезон имеет чрезвычайно важное значение для урожая риса.
В столь подверженной действию муссонов стране со сложным рельефом и своеобразной конфигурацией островов неизбежно возникают местные погодные аномалии. Так, например, город Палу в глубине длинного и узкого залива на западе Сулавеси расположен всего в 1° к югу от экватора, но в дождевой тени и поэтому ежегодно получает не более 530 мм осадков. В то же время годовая норма осадков в городе Паданге, находящемся на той же географической широте, но у подножия наветренного по отношению к юго-западному муссону склона горного хребта Барисан на о.Суматра, составляет 4200–4500 мм.
Водные ресурсы. Особенности климата и рельефа благоприятствуют образованию густой речной сети. Благодаря обилию атмосферных осадков реки полноводны почти круглый год и играют большую роль в системе ирригации. В горных районах реки представляют потенциальный источник электроэнергии. Вместе с тем в регионе нередки наводнения, а реки несут значительное количество илистого материала, затрудняющего навигацию и отлагающегося в прибрежной зоне.
Самые большие реки Индонезии на о.Калимантан – р.Капуас, или Капуас Бесар (1040 км, площадь бассейна – 97 тыс. кв. км) в Западном Калимантане, Махакам (715 км) в Восточном Калимантане, Мартапура и Барито (650 км) в Южном Калимантане. Большинство рек берут начало в центральном горном массиве; на равнинах, ближе к побережью, они протекают через обширные болота; русла часто меняются. Вдоль многих рек, служащих также в качестве транспортных артерий, образуются поселения.
Крупнейшие реки Суматры берут начало на склонах хребта Букит Барисан и стекают в Малаккский пролив и Южно-Китайское море. Среди них – Хари (Джамби) (800 км), Муси (553 км), Кампар (285 км), Рокан (265 км) и Сиак (260 км). На востоке, вдоль берега, простирается самое обширное в мире тропическое болото. Его площадь – ок. 155 тыс. кв. км. Большинство рек Суматры судоходны. На юго-востоке, вверх по течению расположены речные порты – Джамби на р. Хари и Палембанг на р. Муси.
В индонезийской части о. Новая Гвинея более 30 крупных рек, стекающих с гор Маоке на север в Тихий океан, как р. Мамберамо (св. 500 км), или на юг, в Арафурское море. Реки судоходны в нижнем течении. Одна из наиболее значительных – р.Дигул (400 км), которая берет начало в горах Джаявиджая и стекает в Арафурское море. Реки Сулавеси короткие с бурным течением. Главные реки Явы – Тарум и Манук, берущие начало близ южного побережья в Западной Яве, Серанг в Центральной Яве, Соло и Брантас в Восточной Яве – впадают в Яванской море. Прибрежные зоны на севере заболочены.
В стране много озер, изобилующих рыбой. Большинство из них имеют тектоническое или вулканическое происхождение. Самое крупное – оз. Тоба – расположено в кратере-кальдере на Батакском плоскогорье в северной части Суматры. Площадь этого озера с о-вом Самосир в центре – 1,145 кв. км. Есть пойменные озера, изобилующие рыбой. Другие наиболее крупные озера: Манинджау, Керинчи и Сингкарак – на Суматре; Сиденренг, Посо, Товути, Тондано и Матана – на Сулавеси; Паниай и Сентани – в Новой Гвинее; Джемпанг, Мелинтанг и Семайянг – на р. Махакам, Калимантан; и Луар, Сентарум и Сиаван – на р. Капуас, Калимантан.
Почвы. За исключением засушливого юго-востока страны, где преобладают красно-бурые почвы сухих саванн, почвы в остальной части страны, как правило, подвержены в большей или меньшей степени латеризации, характерной для областей очень влажного тропического климата. Такие красно-желтыеферраллитные почвы низменных районов вполне пригодны для произрастания густых влажных тропических лесов, а также каучуконосов и масличных пальм. В прибрежных районах и равнинах особенно широкое распространение имеют аллювиальные и тропические болотные почвы, а в мангровых лесах – мангровые солончаковые почвы.
Наиболее плодородные почвы Индонезии имеют вулканическое происхождение. На преобладающих кислых изверженных породах формируются почвы среднего качества, более плодородные почвы формируются на породах среднего состава. Такие почвы встречаются на востоке и в центральной части Явы, на Бали, а также на плоскогорье Батак в окрестностях оз. Тоба на Суматре. Таким образом, наиболее подходящие для сельскохозяйственного использования почвы сформировались на вулканических породах, переотложенных водотоками, в основном в долинах среднего и нижнего течения рек на востоке и в центре Явы, юге Бали и северо-востоке Суматры. Плодородные почвы, сформировавшиеся непосредственно на лавах среднего состава, встречаются во многих районах архипелага, но их ареалы имеют небольшую площадь. Для горных районов также характерны горные ферраллитные красно-желтые почвы, красноземы и желтоземы.
Растительный мир. Благодаря жаркому и влажному климату, многообразию рельефа, а также географическому положению Индонезия располагает богатым и разнообразным растительным миром, включающим ок. 40 тыс. видов (только Ява насчитывает ок. 10 тыс. видов). За исключением Явы и Бали, примерно 90% территории страны покрыты лесами, в которых произрастает ок. 3 тыс. видов деревьев. В значительной степени это уже вторичный лес (белукар), который весьма распространен в тех частях Внешних островов, где практикуется подсечно-огневая система земледелия. В более засушливых районах при таком типе землепользования естественная растительность нередко полностью вытеснялась покровом жесткой травы лаланг.
Вечнозеленые влажные тропические леса до высоты 600–700 м, широко распространенные на территории Индонезии, имеют трехъярусное строение. Верхний ярус образуют более или менее обособленно стоящие деревья высотой до 50 м. Средний ярус сложен сомкнутыми кронами деревьев высотой 25–30 м и заметно возвышается над нижним ярусом, представляющим собой густое переплетение подроста и кустарников. На равнинах и в предгорьях наиболее характерны леса из пальм и многоствольных фикусов, встречаются древовидные папоротники и растения-паразиты, как раффлезия арнольди, или «трупная лилия», самый большой цветок в мире.
В менее густых муссонных лесах, приуроченных к тем районам, где ежегодно выпадает менее 1900 мм осадков, особое значение имеют тик, казуариновое («красное») дерево и многочисленные виды бамбука, обеспечивающие население дешевым материалом для строительства и разных кустарных промыслов. На юго-востоке Индонезии распространены также эвкалипт и другие виды австралийской флоры.
Растительность прибрежной полосы существенно отличается от растительности внутренних районов. Аккумуляция илистых отложений на побережье создает условия для образования мангровых болот с вечнозелеными зарослями. Совершенно иначе выглядит свободный от таких отложений песчаный морской берег с пляжем, окаймленным различными солеустойчивыми видами флоры, включая изящные казуарины и кокосовые пальмы.
В возвышенных районах на высотах 450–900 м преобладают растения умеренной зоны, а на высотах более 1500–1850 м их сменяет горная гилея, или моховой тропический лес с преобладанием в нем вечнозеленых (дуб), широколиственных (дуб, бук, каштан) и хвойных (борнейский агатис, подокарпус) пород. В этом поясе также много орхидей, папоротников и мхов. На вершинах гор, выше 2500–3000 м, смешанные леса уступают место зарослям кустарников (горная казуарина) и альпийским лугам.
Животный мир. Условная линия, проведенная английским естествоиспытателем 19 в. А.Р.Уоллесом вдоль внешнего края Зондского континентального шельфа, восточнее Калимантана и Явы, соответствует примерной границе азиатской фауны на западе и австралийской – на востоке. Соответственно такие крупные животные, как слон, носорог (однорогий на Яве и двурогий на Суматре), тигр и орангутанг, обитают к западу от означенной границы, а более мелкие обезьяны встречаются и восточнее – на островах Сулавеси и Тимор. Еще дальше на восток проникают многие азиатские виды птиц, пресмыкающихся и насекомых (включая бабочек). По мере удаления к востоку от этой линии количество австралийских видов животных возрастает, что прежде всего заметно в провинции Папуа, для которой характерны сумчатые животные.