Взаимодействие Президента и Правительства регламентируется Указом от 26 ноября 2001 г., в котором названы постановления и распоряжения Правительства, требующие предварительного согласования с Администрацией Президента РФ. Распоряжением Президента РФ от 5 мая 1998 г. (явно в целях усиления самостоятельности Правительства) было запрещено такое согласование по всем другим вопросам.
К отмеченным полномочиям Президента примыкает его право решающего влияния на назначение Председателя Центрального банка РФ, хотя этот орган в структуру исполнительной власти не входит, занимая автономное положение. Президент единолично определяет и представляет Государственной Думе кандидатуру на должность Председателя Центрального банка РФ и ставит вопрос перед Думой об его освобождении от должности. Если же Дума не утверждает кандидатуру, предложенную Президентом, то последний может назначить свою кандидатуру исполняющим обязанности Председателя Центрального банка РФ, а затем снова предложить эту кандидатуру Думе. Следовательно, никакой орган не имеет инициативного права в этом вопросе, кроме Президента.
Полномочия Президента как главы федеративного государства прописаны в Конституции РФ достаточно скромно, они скорее вытекают из его основных функций как гаранта Конституции. Из конкретных конституционных полномочий важное значение имеют назначение и освобождение полномочных представителей Президента, которые с изданием Указа от 13 мая 2000 г. образуют институт полномочных представителей в федеральных округах.
Согласно ч. 4 ст. 78 Конституции РФ Президент вместе с Правительством обеспечивает «в соответствии с Конституцией Российской Федерации осуществление полномочий федеральной государственной власти на всей территории Российской Федерации». Такая формулировка не составляет сомнений в том, что не только такие грубые формы нарушения правопорядка, как организованное неповиновение властям, мятежи, односторонне провозглашенный выход из состава Федерации или создание незаконных вооруженных формирований, как это было в Чеченской Республике, но и любое уклонение от исполнения правовых актов Федерации и нарушение конституционного правопорядка требуют от Президента и Правительства РФ энергичных действий по восстановлению полномочий федеральной государственной власти.
Важное значение имеет право Президента приостанавливать действие актов органов исполнительной власти субъектов РФ в случае противоречия этих актов Конституции РФ и федеральным законам, международным обязательствам РФ или нарушения прав и свобод человека и гражданина. Президент представляет законодательному собранию субъекта РФ кандидатуру на должность высшего должностного лица, он вправе отрешать от должности это лицо, в определенных случаях распускать законодательное собрание субъекта РФ. Он также обладает правом отрешения от должности глав муниципальных образований и роспуска органа местного самоуправления.
В соответствии с принципами разделения властей и независимости судов Президент не вправе вмешиваться в деятельность судебных органов. Однако он участвует в формировании органов судебной власти. Так, только Президенту предоставлено право выдвижения кандидатур для назначения Советом Федерации на должности судей Конституционного Суда, Верховного Суда, Высшего Арбитражного Суда, т.е. высших судебных органов Российской Федерации. Президент также назначает судей других федеральных судов, что предусмотрено ч. 2 ст. 128 Конституции РФ. Никто не вправе требовать от Президента выдвинуть ту или иную кандидатуру.
С этими полномочиями тесно связано и право Президента влиять на назначение Генерального прокурора РФ. В соответствии с федеральным законом Президент предлагает Совету Федерации кандидатуру на эту должность, и он же вносит предложение об освобождении от должности Генерального прокурора РФ. В случае отклонения Советом Федерации кандидатуры, предложенной Президентом, последний в течение 30 дней представляет новую кандидатуру, но лишен права назначить исполняющего обязанности Генерального прокурора РФ. Неоднократные случаи отклонения Советом Федерации кандидатур, предлагавшихся Президентом на должность Генерального прокурора РФ, как и судей Конституционного Суда РФ, приводили к длительной задержке с формированием этих органов. Конституционный Суд РФ в постановлении от 1 декабря 1999 г. установил, что в случае возбуждения в отношении Генерального прокурора уголовного дела Президент обязан издать акт о временном отстранении Генерального прокурора от должности на время расследования дела.
В военной области полномочия Президента достаточно широки. Он является Верховным Главнокомандующим Вооруженными Силами РФ, утверждает военную доктрину Российской Федерации, назначает и освобождает высшее командование Вооруженных Сил РФ. Военная доктрина является составной частью концепции безопасности РФ. Она представляет собой систему официально принятых в государстве взглядов (установок), определяющих военно-политические, военно-стратегические и военно-экономические основы обеспечения военной безопасности России. Указом Президента РФ от 21 апреля 2000 г. утверждена Военная доктрина Российской Федерации.
Положение Верховного Главнокомандующего позволяет Президенту отдавать любые приказы Министерству обороны, министр обороны работает под непосредственным руководством Президента. Президент вправе в любой момент взять на себя командование Вооруженными Силами в случае войны или угрозы агрессии. Наряду с Вооруженными Силами в структуру воинских формирований, подчиненных различным министерствам и ведомствам, входят: пограничные войска, внутренние войска, железнодорожные войска, войска правительственной связи, войска гражданской обороны. Военная служба предусмотрена также в таком самостоятельном ведомстве, подчиненном Президенту РФ, как Федеральная служба охраны.
Организация воинских формирований в Российской Федерации строится на четком принципе, согласно которому эти формирования могут быть только общефедеральными и подчиненными Президенту РФ, ни один субъект РФ не вправе создавать собственные воинские формирования.
В случае агрессии против России или ее непосредственной угрозы Президент вводит на территории РФ или в отдельных ее местностях военное положение с незамедлительным сообщением об этом Совету Федерации и Государственной Думе. Но объявить состояние войны Президент не вправе.
Конституцией РФ предусмотрено, что режим военного положения определяется федеральным конституционным законом. Конституцией РФ также предусмотрено, что указ Президента РФ о введении военного положения требует утверждения Советом Федерации.
Военные полномочия Президента РФ конкретизированы в некоторых федеральных законах. Так, Федеральным законом «О порядке предоставления Российской Федерацией военного и гражданского персонала для участия в деятельности по поддержанию или восстановлению международного мира и безопасности» от 23 июня 1995 г. установлено, что решение о направлении за пределы территории РФ отдельных военнослужащих для участия в миротворческой деятельности принимает Президент РФ. Он же определяет район действий, задачи, подчиненность, срок пребывания, порядок замены этих военнослужащих и принимает решение об их отзыве. Если же речь идет о направлении за пределы РФ воинских формирований Вооруженных Сил, то решение об этом принимается Президентом РФ на основании постановления Совета Федерации о возможности использования Вооруженных Сил за пределами территории Российской Федерации. Решение об отзыве указанных формирований принимается Президентом РФ самостоятельно, но об этом он обязан информировать Совет Федерации и Государственную Думу. На Президента РФ возлагается основная обязанность по организации подготовки и обеспечению военного и гражданского персонала для участия в миротворческой деятельности, он определяет порядок формирования, состав и численность воинского контингента.
В Федеральном законе «Об обороне» (в редакции от 22 августа 2004г.) закреплен ряд других военных полномочий Президента РФ: определение основных направлений военной политики РФ, осуществление руководства Вооруженными Силами РФ, другими войсками, воинскими формированиями и органами, введение в действие нормативных правовых актов военного времени и прекращение их действия, принятие в соответствии с законами решения о привлечении Вооруженных Сил и других войск к выполнению задач с использованием вооружения не по их предназначению, утверждение концепции и планов строительства и развития Вооруженных Сил, утверждение программ вооружения и развития оборонного промышленного комплекса, утверждение программ ядерных испытаний, утверждение структуры и состава Вооруженных Сил и других войск, ведение переговоров и подписание международных договоров в области обороны, издание указов о призыве на военную службу и др. Федеральным законом «О мобилизационной подготовке и мобилизации в Российской Федерации» (в редакции от 22 августа 2004 г.) на Президента РФ возложена обязанность объявления общей или частичной мобилизации в случае агрессии или угрозы агрессии с незамедлительным сообщением палатам Федерального Собрания. Военные полномочия Президента РФ весьма широки, но они не исчерпывают всех полномочий органов государственной власти в области обороны. Так, например, Совет Федерации и Государственная Дума рассматривают расходы на оборону, Совет Федерации утверждает указы Президента РФ о введении военного положения и т. д. Разделение полномочий в области обороны между Президентом РФ и Федеральным Собранием, как и выделение собственных полномочий Правительства РФ в этой области, отвечает демократическому подходу к определению пределов власти главы государства, исключающему ее чрезмерную концентрацию в его руках в столь важной области.