В состав Администрации входят: Руководитель Администрации, два его заместителя — помощника Президента, помощники Президента, пресс-секретарь, руководитель протокола, полномочные представители Президента РФ в федеральных округах, советники, полномочные представители Президента РФ в Совете Федерации, Государственной Думе, Конституционном Суде РФ, старшие референты, референты и иные должностные лица Администрации; управления Президента РФ; иные самостоятельные подразделения.
Ведущую роль в аппарате Президента играет Руководитель Администрации. Он координирует деятельность помощников Президента и распределяет вопросы, относящиеся к их ведению. Заместители Руководителя Администрации — помощники Президента по поручению Руководителя Администрации осуществляют кадровые назначения в Администрации, решают иные организационные вопросы.
Заместитель Руководителя — помощник Президента по поручению Руководителя в случае его временного отсутствия исполняет его обязанности.
Помощники Президента, пресс-секретарь и руководитель протокола по вопросам, отнесенным к их компетенции, имеют право обращаться к соответствующим федеральным министрам и руководителям иных федеральных органов исполнительной власти. Помощники Президента, пресс-секретарь и руководитель протокола по решению Президента могут возглавлять самостоятельные подразделения Администрации, а также обеспечивать деятельность Государственного совета Российской Федерации, иных совещательных и консультативных органов при Президенте.
Советники Президента подчиняются Президенту и образуют аппарат советников, в состав которого входят департаменты, обеспечивающие их деятельность. Руководитель Администрации координирует деятельность советников и распределяет вопросы, относящиеся к их ведению. Советники имеют право при подготовке докладов Президенту запрашивать от федеральных министров и руководителей иных федеральных органов исполнительной власти информацию по вопросам, отнесенным к их компетенции. Советники по поручению Президента могут обеспечивать деятельность совещательных и консультативных органов при Президенте.
Деятельность полномочных представителей Президента в федеральных округах координирует Руководитель Администрации, а деятельность полномочных представителей Президента в Совете Федерации, Государственной Думе, Конституционном Суде — заместитель Руководителя Администрации — помощник Президента РФ.
Самостоятельные подразделения Администрации имеют различный статус (структура утверждается указами Президента РФ). Среди них Аппараты: Совета Безопасности, полномочных представителей Президента в федеральных округах, советников; Управления (или на правах управления): государственно-правовое, канцелярия, контрольное, референтура, Секретариат Руководителя Администрации, по внешней политике, по внутренней политике, по кадровым вопросам и государственным наградам, по вопросам государственной службы, по обеспечению конституционных прав граждан, информационного и документационного обеспечения, по работе с обращениями граждан, пресс-службы и информации, протокольно-организационное, экспертное, по межрегиональным и культурным связям с зарубежными странами.
Президент РФ возглавляет Совет Безопасности, который является конституционным органом, осуществляющим подготовку решений Президента РФ по вопросам проведения единой государственной политики в области обеспечения безопасности. Этот совещательный орган призван проводить работу по упреждающему выявлению и оценке угроз национальной безопасности, оперативно готовить для Президента проекты решений по их предотвращению, координирует деятельность сил и органов обеспечения национальной безопасности, контролирует реализацию решений в этой области органами исполнительной власти Федерации и субъектов РФ.
Совет Безопасности формируется Президентом РФ в соответствии с Конституцией РФ и Законом РФ «О безопасности» (в редакции от 25 июля 2002 г.). В развитие этого Закона Указом Президента РФ от 7 июня 2004 г. утверждено Положение о Совете Безопасности Российской Федерации.
Основными задачами Совета Безопасности, в частности, являются: определение жизненно важных интересов личности, общества и государства, выявление внутренних и внешних угроз объектам безопасности, разработка основных направлений стратегии обеспечения безопасности, подготовка предложений Президенту РФ для принятия решений по вопросам внутренней и внешней политики в области обеспечения национальной безопасности, подготовка оперативных решений по предотвращению чрезвычайных ситуаций, подготовка предложений Президенту РФ о введении, продлении или отмене чрезвычайного положения, разработка предложений по координации деятельности органов исполнительной власти Федерации и субъектов РФ, разработка предложений по реформированию существующих либо созданию новых органов, обеспечивающих национальную безопасность. В соответствии с этими задачами строятся функции Совета Безопасности, которые весьма широки.
В состав Совета Безопасности входят Председатель (Президент РФ), Секретарь, постоянные члены и члены Совета Безопасности, которые назначаются Президентом РФ по представлению Секретаря Совета Безопасности. Среди постоянных членов: Председатель Правительства РФ, Секретарь Совета Безопасности, Руководитель Администрации Президента, Председатель Совета Федерации, директор ФСБ и СВР, министры обороны, внутренних и иностранных дел. Членами Совета являются Начальник Генерального штаба, полномочные представители в федеральных округах, Генеральный прокурор, министры финансов, МЧС и юстиции, Президент Российской академии наук.
Работой Совета Безопасности руководит Председатель Совета Безопасности. Заседания Совета проводятся на регулярной основе, по планам, утверждаемым Председателем. При необходимости проводятся внеочередные заседания. Повестку дня и порядок рассмотрения вопросов на заседаниях Совета определяет Председатель Совета по представлению Секретаря. Секретарь Совета Безопасности проводит рабочие совещания с членами Совета.
Присутствие на заседаниях Совета Безопасности постоянных членов и членов Совета Безопасности обязательно. Делегирование постоянным членом и членом Совета своих полномочий в Совете Безопасности иным должностным лицам не допускается.
Решения Совета Безопасности принимаются на его заседании постоянными членами Совета простым большинством голосов от их общего числа и вступают в силу только после утверждения Председателем Совета Безопасности, т.е. Президентом РФ (члены Совета обладают совещательными голосами). Решения Совета по важнейшим вопросам оформляются указами Президента РФ, иные решения — протоколами. Проекты указов Президента РФ, выносимые на заседания Совета Безопасности, предварительно рассматриваются на заседаниях постоянных членов и членов Совета, проводимых под руководством Секретаря Совета.
Секретарь Совета Безопасности обладает широкими полномочиями. Он назначается на должность и освобождается от должности Президентом РФ.
Совет Безопасности в соответствии с основными задачами и направлениями его деятельности образует межведомственные комиссии, которые являются рабочими органами Совета Безопасности. В зависимости от возлагаемых на них задач они могут создаваться по функциональному или региональному признаку на постоянной или временной основе. При Совете Безопасности образован научный совет.
В период 1996—1998 гг. в Российской Федерации существовал Совет по обороне, который затем был слит с Советом Безопасности.
При Президенте РФ созданы несколько советов: по содействию развитию институтов гражданского общества и правам человека, по науке, технологиям и образованию, по культуре и искусству, по борьбе с коррупцией, Комиссия по реабилитации жертв политических репрессий и др.
В работе Президента РФ, его связях с общественностью важную роль играет Управление пресс-службы и информации, положение о котором утверждено Указом Президента РФ от 14 мая 2004 г. Оно является самостоятельным подразделением Администрации Президента РФ. В его задачи входят обеспечение связи Президента РФ со средствами массовой информации; организация информационного обеспечения официальных визитов, рабочих поездок, встреч Президента РФ, а также других мероприятий с его участием в России и за рубежом; предоставление средствам массовой информации сведений о деятельности Президента РФ, об издаваемых им актах, о заявлениях, выступлениях, встречах главы государства и других мероприятиях с его участием; оперативное информирование Президента о позиции средств массовой информации по поводу выступлений и решений главы государства, об откликах на них в прессе, на телевидении и радио и др.
Пресс-служба организует брифинги, пресс-конференции, интервью и выступления Президента в средствах массовой информации, участвует в подготовке зарубежных визитов главы государства и т. д.
Управление делами Президента РФ является федеральным органом исполнительной власти, оказывающим государственные услуги, управляющим государственным имуществом. Оно организует и непосредственно осуществляет финансовое, материально-техническое и социально-бытовое обеспечение деятельности Президента РФ, Администрации Президента, Правительства, палат Федерального Собрания, высших судебных органов, Центризбиркома и др.