Подобно предыдущим операм, "Садко" был задуман как двуплановое произведение. Но в отличие от них, здесь фантастика не главенствует над реальным миром.
Композитору было уже за пятьдесят, но в душе расцветала весна - праздничная, ликующая, полная вдохновения. Послушный её призыву, он писал с упоением. Рождались певучие романсы, за ними - две одноактные оперы - "Вера Шелога" и "Моцарт и Сальери", уже зрели мысли о "Царской невесте". Хотелось сделать как можно больше. Быть может потому, что знал: теперь не надо просить о постановке. Сумбурный, но талантливый, артистически чуткий директор Частной оперы Мамонтов ждет его новых опер.
Приступая к работе над "Царской невестой", композитор стремился к тому, чтобы стиль оперы был по преимуществу певучим. Поставленной цели композитор добился. Премьера прошла успешно. Аплодисменты, венки, восхищение почитателей, сочувствие публики, торжество театра... Но не обошлось и без ложки дегтя. Холодно встретили оперу "беляевцы": не одобрил Глазунов, вежливо промолчал Лядов, пожал плечами Кюи.
В 1899 году Россия отмечала столетие со дня рождения Пушкина. Римский-Корсаков принял деятельное участие в торжествах. Знаменательной дате он посвятил кантату "Песнь о вещем Олеге" и оперу "Сказка о царе Салтане, о сыне его славном и могучем богатыре Гвидоне Салтановиче и о прекрасной Царевне Лебеди".
Октябрьским вечером 1900 года сказка ожила на сцене Частной оперы. Она предстала в чудесных декорациях и костюмах Врубеля. Зал был полон... В Москве Римского-Корсакова любили, считали своим. Овациям и венкам не было конца.
Едва закончив "Салтана", композитор начал работать над оперой "Сервилия" на сюжет из эпохи Древнего Рима. Это произведение малоинтересно по содержанию и сценическому решению. Не лучшая участь постигла и "Пана Воеводу" - "оперное интермеццо" из жизни шляхетской Польши, посвященное памяти Шопена.
Напряженная композиторская и педагогическая деятельность сказалась на здоровье Римского-Корсакова. Однако невзирая на мрачные настроения, в 1902 году Римский-Корсаков закончил одно из своих самых новаторских произведений - оперу "Кащей Бессмертный".
Наступил страшный день 9 января 1905 года. Жители Петербурга были потрясены "кровавым воскресеньем". Широкая волна забастовок охватила столицу. В консерватории накалу страстей способствовал вопиющий инцидент: один из вольнослушателей - солдат полковой музыкальной команды - бахвалился своими "подвигами" на Дворцовой площади. Студенческая сходка потребовала исключения погромщика. Дирекция отказала. Сходки следовали за сходками, студенты настаивали на прекращении занятий до осени. Римский-Корсаков поддержал требования студентов. В ответ последовало постановление об увольнении Римского-Корсакова. Это событие всколыхнуло общественность. Вслед за Римским-Корсаковым из консерватории в знак протеста ушли Глазунов, Лядов и другие профессора.
Римского-Корсакова не покидала мысль о создании оперы, обличающей царизм. Композитор, никогда не крививший душой, привыкший смотреть правде в глаза, быть честным в помыслах и поступках, решил запечатлеть в музыке тупость и жестокость власти, ставшей врагом и палачом своих подданных. Он знал, что за ним зорко следят, что его произведение в условиях царской цензуры вряд ли увидит сцену, но решил выполнить, возможно, в последний раз, свой долг гражданина. Осенью 1906 года Римский-Корсаков приступил к работе над "Золотым петушком". Пушкинская сказка привлекла композитора отточенностью пародийного жала, бичующим остроумием, антимонархической направленностью. Составивший либретто Бельский также считал, что опера должна стать достойной отповедью наступившему разгулу реакции.
"Золотой петушок" был закончен летом 1907 года. Директор императорских театров Теляковский хотел сразу осуществить постановку в Большом театре, но московский генерал-губернатор воспротивился: острота сатиры насторожила ревностного царедворца. Опера так и осталась в портфеле композитора. Она была исполнена позже, в 1909 году, но её Римскому-Корсакову уже не удалось увидеть.
Незаметно подкралась тяжёлая болезнь. Вначале она лишь временно выводила из строя. 21 июня 1908 года окончательно сразила. Душной летней ночью композитор ушёл из жизни.