для инструмента с оркестром-
концерт для фортепиано (cis-moll, op. 30, 1883), фантазия для скрипки (op. 33, 1886), Мазурка на 3 польские темы для скрипки (без op., 1888; редакция для скрипки и фортепиано 1893), Серенада для виолончели (ор. 37, 1893);
для инструмента с духовым оркестром-
концерт для тромбона (без op., 1877), концертштюк для кларнета (без op., 1877), вариации на тему Глинки для гобоя (без op., 1878);
камерно-инструментальные ансамбли-
фортепианное трио c-moll (без op., 1897, черновая партитура, редакция М. О. Штейнберга), струнный квартет F-dur (op. 12, 1875), фуга В монастыре (4-я часть из струнного Русского квартета, без op., 1876; первые 3 части переработаны в симфониетту на русские темы), 4 вариации на хорал, для струнного квартета (без op., 1885), 1-я часть из коллективного струнного квартета на тему B-la-f (без op., 1886), Хоровод (3-я часть из коллективного струнного квартета Именины, без op., 1887), струнный квартет G-dur (без op., 1897), Allegro B-dur (из коллективного струнного квартета Пятницы, без op., 1899), тема и 4-я вариация (из коллективных Вариаций на русскую тему, для струнного квартета A-dur, без op., 1899), квинтет B-dur для фортепиано, флейты, кларнета, валторны, фагота (без op., 1876), секстет A-dur для 2 скрипок, 2 альтов и 2 виолончелей (без op., 1876), Канцонетта и Тарантелла для 2 кларнетов (без op., без даты), 2 дуэта для 2 валторн (без op., без даты), Ноктюрн для 4 валторн (без op., предположительно 1888);
для фортепиано-
6 вариаций на тему BACH (Вальс, Интермеццо, Скерцо, Ноктюрн, Прелюдия и фуга, ор. 10, 1878), 4 пьесы (Экспромт, Новелетта, Скерцино, Этюд, ор. II, 1876-77), 3 пьесы (Вальс, Романс, Фуга, ор. 15, 1875- 1876), 6 фуг (op. 17, 1875), 2 пьесы (Прелюдия-экспромт, Мазурка, ор. 38, 1894-97), вариации (1-я, 2-я, 6-я, 11-я, 13-я, 16-я, 19-я) и пьесы (Колыбельная, Маленькая фуга на тему BACH, Тарантелла, Менуэт, Трезвон, Комическая фуга) из коллективных Парафраз на неизменную тему (без op., 1878), фуги и фугетты (без op., 1875-76), Allegretto C-dur (без op., 1895), Прелюдия G-dur (без op., 1896), Тема и 1-я вариация из коллективных вариаций на русскую тему (без op., 1899), фуга C-dur в 4 руки (переложение фуги C-dur в 2 руки, без op., 1875), Вариации на тему Миши (без op., предположительно 1878-79), Песенка (Andantino) из армейского сборника "Арцункнер" ("Слёзы", без op., 1901), Финал из коллективной Шутки-кадрили в 4 руки (без op., 1890);
для хора с оркестром-
Стих об Алексее, божием человеке (ор. 20, 1878), Подблюдная песня Слава (ор. 21,1880);
дляхора a cappella-
два 2-голосных женских хора на слова М. Ю. Лермонтова (ор. 13, 1875), 4 вариации и фугетта на тему русской песни Надоели ночи, для 4-голосного женского хора (ор. 14, 1875), 6 хоров (тетрадь 1-2, op. 16, 1875-76, с фортепиано ad libitum), 2 хора (op. 18, 1876), Русские народные песни, переложенные на народный лад для женского, мужского и смешанного хора без сопровождения (тетрадь 1-3, ор. 19, 1879), четыре З-голосного хора для мужских голосов (ор. 23, 1876), Разбойничья песня Ты взойди, взойди, солнце красное, слова народные, для мужского хора (без op., 1884), 2 хора для детских голосов (без op., 2-й-1884);
камерно-вокальные ансамбли с оркестром-
2 трио для женских голосов (Горный ключ, слова Майкова, op. 52-bis, 1905; Стрекозы, слова А. К. Толстого, ор. 53, 1897; также переложение для голосов с фортепиано);
камерно-вокальные ансамбли с фортепиано-
2 дуэта (ор. 47, 1897), 2 дуэта (ор. 52, 1897-98);
для голоса с фортепиано-
79 романсов (ор. 2, 3, 4, 1866; ор. 7, 1867; op. 8, 1870; op. 25, 1877; ор. 26, 1882; op. 27, 1883; op. 39, 40, 41, 42, 1897; цикл Весной, op. 43, 1897; цикл Поэту, op. 45, 1898; цикл У моря, ор. 46, 1897: ор. 50, 55, 1897-98), 2 ариозо для баса (Анчар, Пророк, слова Пушкина, 1897);
обработки народных песен (для голоса с фортепиано)-
сборники 100 русских народных песен (ор. 24, 1875-76), 40 народных песен, собранных Т. И. Филипповым и гармонизованных Н. А. Римским-Корсаковым (без op., 1875-82);
духовные сочинения-
собрание духовно-музыкальных сочинений (8 номеров из Литургии Иоанна Златоуста, ор. 22, 1884), собрание духовно-музыкальных переложений (ор. 22, 1884), двойной хор Тебе бога хвалим (без op., 1883);
переработки собственных сочинений-
музыка к драме Мея "Псковитянка", сюита из 5 номеров (без op., 1877), сюита из оперы "Снегурочка" (без op.), сюита из оперы-балета "Млада" (без op., 1890), Ночь на горе Триглаве, концертное переложение для оркестра 3-го действия оперы-балета "Млада" (исполнено 1901, издано 1902), сюита из оперы "Ночь перед Рождеством" (без op.), музыкальные картинки к "Сказке о царе Салтане" (в том числе Три чуда, ор. 57, 1899), сюита из оперы "Пан воевода" (ор. 59, 1904), Введение и Свадебное шествие из оперы "Золотой петушок" (1907), 4-я вариация A-dur из коллективных "Вариаций на русскую тему" (без op., 1901);
инструментовка собственных камерно-вокальных сочинений-
2 дуэта (ор. 47, 1897-1905), романсы Ель и пальма (слова Г. Гейне, перевод М. И. Михайлова, 1888), В тёмной роще замолк соловей. Тихо вечер догорает. Ночь (слова И. С. Никитина, А. А. Фета, А. Н. Плещеева, черновой автограф, 1891, издано под редакция М. О. Штейнберга), Пророк (слова Пушкина. 1899), Нимфа (слова Майкова, 1905), Анчар (слова Пушкина, 1906), Сон в летнюю ночь (слова Майкова, 1906);
редакция и оркестровка произведений других авторов-
в том числе "Иван Сусанин" и "Руслан и Людмила" Глинки (редакция: совместно с М. А. Балакиревым и А. К. Лядовым, 1877-81; совместно с А. К. Глазуновым, 1904), "Каменный гость" Даргомыжского (оркестровка, 1-я редакция 1870, 2-я редакция 1897-1902), "Князь Игорь" Бородина (завершение, редакция, оркестровка: совместно с Глазуновым, 1887-90), романсы Бородина, "Хованщина" (завершение, редакция, оркестровка, 1881-83), "Борис Годунов" (редакция, оркестровка, 1895-96), "Ночь на Лысой горе" (обработка и оркестровая редакция, 1886), фрагменты из "Саламбо" (оркестровка), "Женитьба" (подготовка к изданию, 1906) Мусоргского.