Восемь профессиональных музыкантов (четыре трубача и четыре скрипача) сопровождали пение. Несмотря на их официальные титулы, они могли играть на нескольких инструментах, проявляя в этом большое искусство. Небольшой оркестр составляли 18 – 20 студентов Thomasschule и университета.
На время канторства Кунау в Лейпциге приходится множество праздничных торжеств. В 1704 году он сочиняет два псалма и две латинские оды, посвященные новому анатомическому театру, в 1706 году празднуется мир между Саксонией и Швецией, в 1709 году (26 июля) день рождения императора Иосифа.
С особой торжественностью отмечалось 300-летие университета в 1709 году. День начался в пять утра с пушечной канонады, после чего зазвучали все колокола города. В шесть и семь утра два оркестра городских музыкантов с трубами и литаврами, разместившиеся на главных башнях, исполняли торжественную музыку. Затем большая процессия двинулась к Nikolauskirche, где в восемь часов начиналось богослужение. По его окончании снова звучала канонада, и процессия под звуки труб и литавр направилась в Paulinerkirche. Здесь, после исполнения Veni sancte spiritus, профессор университета, доктор Менге, произнес речь. Затем звучала торжественная ода и Tedeum. Процессия, сопровождаемая музыкой, снова направлялась к Nikolauskirche, делала круг вокруг княжеского дома. В шесть вечера опять исполнялась музыка. На следующий день в университете происходило присуждение ученых степеней, звучала торжественная ода, а затем процессия следовала к дому князя, где студенты выступали с концертом под управлением органиста Новой церкви. Подобным же образом проходил и третий день праздника, завершившийся исполнением оперы И. Д. Хайнихена. Для этих торжеств Кунау написал три кантаты: сначала звучала "Dies ist der Tag, den der Herr gemacht hat", перед проповедью "Der Herr hat Zion erwählet", после проповеди "Halleluja, lobet den Herrn in seinen Heiligtum".
В 1717 году праздновалось 200-летие Реформации. Торжества также длились три дня, и в каждый из них исполнялась новая кантата Кунау. В первый день "Zion auf, ermuntre dich", во второй "Tobet ihr Pforten der Hollen", на третий "Herr, der Feinde sind so viel". Кроме того, третьего ноября в Paulinerkirche прозвучала треххорная Oda secularis (юбилейная ода). При этом надо учесть, что приближались рождественские праздники, для которых тоже требовалась музыка.
Несмотря на это, Кунау очень редко пользовался чужими сочинениями. Им написано множество годовых циклов церковных кантат. Рихтер опубликовал списки его сочинений для церкви за 1707-1721гг. Однако сохранилась лишь малая часть.
Вместе с тем, канторство Кунау отнюдь не было безоблачным. Thomasschule переживала сложные времена. Ректором в этот период был Эрнести, человек высоко ученый, но не способный поддерживать порядок в школе. Дисциплина студентов расшаталась, так что при назначении Кунау спросили, сможет ли он исправить сложившееся положение. Кунау ответил положительно, но, видимо, он недооценил ситуацию.
Голоса большинства певчих были довольно слабы. Кунау неоднократно писал письма, адресованные магистрату. В одном из них содержится просьба назначить двух сверхштатных дискантистов, освободив их от других обязанностей, но он получил отказ. Условия, в которых содержались певчие, также оставляли желать лучшего. Другая докладная записка Кунау гласит: "Ученики ... в церкви St.Thomas выходят и сами читают проповедь, при этом обычно присутствует господин ректор. Но мы с этим не можем согласиться. И во время причастия хористы не бывают все вместе, ибо многие должны таскать кастрюли и заниматься другими необходимыми для еды приготовлениями, а это также ни к чему. Было бы лучше ... если бы префект один начинал и подпевал песни и стихи".
Другая проблема, с которой столкнулся Кунау, касалась новых поветрий, связанных с всеобщим увлечением оперой. В 1693 году в Брюле появляется оперный театр, который находится под покровительством аристократов. Опера имеет большой успех у молодежи, в то же время интерес к церковной музыке постепенно падает. Многие студенты оставляют школу, чтобы попробовать себя на этом новом поприще. Среди них и ученик Кунау Граупнер, который уехал в Гамбург учиться у Кайзера и вскоре стал автором нескольких опер.
В своих петициях консулу Кунау неоднократно с презрением отзывается об "оперистах" ("operisten"), именуя так оперных композиторов, считает речитатив и арию da capo в церковной музыке светским влиянием, против которого должен бороться каждый истинный слуга церкви.
Вряд ли Кунау отвергал сам жанр оперы как таковой. Скорее всего, его нападки были обращены против отдельных произведений, отличавшихся, по его мнению, фривольностью и легкомыслием. Известно, что Кунау являлся автором, по крайней мере, двух опер. В молодости он написал оперу "Орфей", сделав перевод либретто с французского [1](автор оригинала Дю Булле, Du Boullay). Этот факт нашел отражение в романе "Der musicalische Quacksalber", где Кунау так говорит о своем герое: " Это был безрассудный молодой человек, который взял оперу "Орфей", перевел с французского на немецкий и одновременно положил на музыку". О другой опере упомянуто у Шайбе "Известный Кунау, предшественник Баха по канторату, был выдающимся ученым своего времени и выразил свои знания в теории и практике музыки. Однако, несмотря на все его великие заслуги, хорошо известно, какую он потерпел неудачу, когда поставил перед собой задачу положить на музыку зингшпиль и вынести его на сцену". Из этого можно сделать вывод, что попытки самого Кунау сочинить оперу относились к более раннему периоду его жизни. И, может быть, неудача, которую он потерпел, явилась причиной его отвращения к этому жанру.
В 1701 году в Лейпциг прибывает Телеман, тоже изучающий право в университете. В его лице Кунау вскоре находит серьезного соперника. Молодой композитор пользуется большой популярностью у студентов, явившись организатором собственного Collegium Musicum, а в 1704 году становится музикдиректором в Neukirche. Управление музыкой в этой церкви переходит к нему. Это, естественно, ущемляет права кантора. Кроме того, Телеман представляет одну из своих композиций в Thomaskirche. Это сочинение так понравилось бургомистру Романусу, что он заказал молодому композитору каждые сорок дней писать новую пьесу для исполнения в церкви. Это также подрывало авторитет Кунау.
Манера композиций Телемана, его мелодический стиль в большой степени способствуют его популярности у публики. Приехав в Лейпциг для занятий в университете на юридическом факультете, Телеман все более склоняется к тому, чтобы полностью посвятить себя музыке. Но сильнее всего его притягивает опера. Вскоре его произведения появляются на Лейпцигской сцене. К работе в оперном театре привлекаются также и студенты.
Кунау неоднократно протестует против деятельности "нового органиста, который сочиняет оперы".[2] Записка от 14 декабря 1704 года гласит: "В обеих наших главных церквях жалуются на музыку, особенно в праздничные дни и во время месс, тогда как в Новой церкви руководствуются изменениями и предложениями нового органиста, который сочиняет здесь оперы и который без вознаграждения обычно занимается с хором и отчасти с моими студентами, в то время как они извлекают доход из оперы и помогают оперистам, а я теряю лучших и сильнейших музыкантов из нашего хора. Вопреки этому, наша музыка во всех трех церквях была бы в лучшем положении, если бы мне позволили заниматься только с музыкантами, которые, получая за это плату и стипендию, исполняют музыку в церкви ... и сделать распределение их по всем трем церквам. В этом случае были бы предотвращены все разногласия посредством разделения и распределения всех несогласных и конкурирующих друг с другом участников, появилась бы возможность ничего не отнимать у органиста и, напротив, тем и иным, которые сами проявили себя в композиции, и если они и ранее показывали мне свои работы и я находил их достойными для этого святого места, дать попробовать себя, тогда и в музыке, и в необходимых исполнителях нигде не будет недостатка, и, кроме того, каждый свободный участник будет побуждаем к постоянным упражнениям в музыке и посещению Chori Musici". Через год Телеман уезжает. Но его преемники в Neukirche Хофман, Фоглер, Шатт не выпускают из рук бразды правления. Судя по докладу Кунау от 1709 года, положение дел не изменилось.
Другим конкурентом Кунау становится его собственный ученик Иоганн Фридрих Фаш. Его отец Георг Фридрих Фаш был, видимо, другом Кунау. В 1701 году Фаш-младший поступает в Thomasschule, а в 1707 году основывает новый Colleguim Musicum, в который вошли двадцать талантливых певцов, составляя существенную конкуренцию хору St.Thomas. Фаш также сблизился с Телеманом и впоследствии говорил, что почти всеми своими познаниями он обязан превосходным сочинениям капельмейстера Телемана. В 1710 году Фаш ищет возможность представить свою музыку на Рождественские праздники, тем самым, вмешиваясь в обязанности кантора. Затем он предлагает консулу, чтобы музыка для университетской церкви постоянно сочинялась им и его коллегами. Но Кунау воспрепятствовал этому. В 1712 году Фаш отправляется в Дармштадт учиться у Граупнера.[3]
В годы своего канторства Кунау ведет переписку с Маттезоном. Возможно, некоторые из этих писем послужили основой для биографии композитора, помещенной Маттезоном в "Ehrenpforte". В письмах обсуждается также ряд теоретических проблем. Так в письмах начала 1717 года содержатся замечания по поводу спора Маттезона и Буттштедта о сольмизации. Кунау также состоит в переписке с Иоганном Кригером в Циттау.
Особый интерес представляют сведения о встречах Кунау и Иоганна Себастьяна Баха. Таковые происходили неоднократно. В 1714 году Бах побывал в Лейпциге, посетил Кунау, и играл на органе во время службы, а также дирижировал кантатой "Nun komm der Heiden Heiland". Через два года Кунау, Бах и Христиан Фридрих Ролле испытывают новый орган в Liebfrauenkirche в Галле.