Для гениального композитора наступило тяжелое время. Моцарт бал лишен даже самых необходимых средств для сносного существования его и семьи — жены и детей.
Большим событием для Моцарта был громадный успех «Свадьбы Фигаро» в Праге, она вошла в постоянный репертуар оперного театра. Дирекция его предложила Моцарту написать оперу на сюжет по собственному выбору. Это было очень выгодно Моцарту, ведь он временно избавлялся от материальных затруднений.
Пребывание Моцарта в Праге было счастливым. Там его ценили и понимали, он много и с успехом выступал, слушал чешскую народную музыку, с большим увлечением работал над «Дон Жуаном», который вызвал восторг исполнителей. Премьера «Дон Жуана» в Праге состоялась 29 октября 1787 года.
Эту оперу нельзя отнести к какой-либо определенной жанровой категории. «Дон Жуан» представляет собой синтез и взаимопроникновение высокой музыкальной трагедии и оперы-сериа. Сам Моцарт назвал ее «веселая драма», желая тем самым подчеркнуть драматическую сущность оперы.
В мае 1788 года «Дон Жуан» был поставлен в Вене. Но там его приняли холоднее. После возвращения Моцарта в Вену снова началась полоса материальных невзгод. В конце 1788 года, после смерти Глюка, занимавшего должность камерного музыканта при императорском дворе, Моцарт получил его место.
В течение лета 1788 года Моцарт написал три последние и величайшие симфонии. Симфония ми-бемоль мажор проникнув танцевальными ритмами и интонациями. Лирико-драматическая симфония соль минор - самая популярная из симфоний Моцарта - по своей задушевности и лирической взволнованности представляет собой уникальное явление в симфонической музыке XVIII века и предвосхищает многое в романтическом симфонизме XIX века. Монументальная симфония до мажор, получившая название «Юпитер», с грандиозным финалом, сочетает сонатную форму с тройной фугой. Ее финал демонстрирует поразительное полифоническое мастерство композитора.
Материальное положение семьи Моцарта не улучшилось. Перенапряженность в работе, постоянные материальные трудности угнетали, приводили в отчаяние великого композитора и постепенно подтачивали его организм. Чтобы облегчить свое положение, Моцарт предпринимал концертные турне. Но они приносили ему мало дохода. Заказов на оперу давно не было.
Лишь в начале 1790 года в Вене была поставлена новая опера «Так поступают все». А летом 1791 года по случаю коронования Леопольда II королем Чехии Моцарту была заказана опера «Милосердие Тита». В творчестве Моцарта эти оперы занимают второстепенное место.
Последняя опера Моцарта «Волшебная флейта» - одно из величайших его созданий. По предложению своего антрепренера и друга Шиканедера, желавшего постановкой оперы на сказочно-волшебный сюжет поправить свои пошатнувшиеся дела, Моцарт начал работу над «Волшебной флейтой». Шиканедер, создавая либретто оперы, использовал поэму-сказку Виланда «Лулу».
Опера эта представляет собой философскую сказку; в музыке ярко противопоставляются образы света и тьмы, психологически тонко выражены чувства любящих друг друга Тамино и Памины; не менее ярки простодушно- комедийные образы Папагено и Папагены - подлинных персонажей австрийско-немецкого народного театра. Так персонажи сказки становятся живыми людьми, наделенными определенными индивидуальными чертами.
Премьера «Волшебной флейты» состоялась незадолго до смерти Моцарта. Еще до окончания оперы Моцарт получил заказ на Реквием при довольно странных обстоятельствах, казавшихся долгое время загадочными. К нему явился человек, одетый в черное, заказал Реквием и скрылся. Моцарт его больше не видел. Это посещение произвело на него подавляющее впечатление: давно уже испытывая недомогание, Моцарт воспринял этот заказ на заупокойную мессу как пророчество своей близкой смерти. Позднее все это объяснилось: странный посетитель оказался слугой графа Вальзегга цу Штуппаха, имевшего обыкновение заказывать нуждающимся композиторам различные произведения, покупать их за бесценок и издавать под своим именем. Так он собирался поступить и с Реквиемом Моцарта.
С лихорадочной поспешностью принялся Моцарт за Реквием - свое последнее произведение, - сочиняя его одновременно с «Волшебной флейтой». Композитору не удалось закончить Реквием: работу над этим великим произведением прервала смерть.
Закончил его используя оставшиеся эскизы и черновые записи, ученик Моцарта Зюсмайер.
Реквием написанный на традиционный латинский текст заупокойной мессы, выходит за рамки богослужебного культа. Средством хора, вокального квартета и симфонического оркестра Моцарт воплощает глубочайший мир человеческих чувств и переживаний: Драматизм душевных конфликтов, стихийную, грандиозную картину Страшного суда, великую скорбь и горе по утраченным близким, любовь и веру в человека.
Скончался Моцарт в ночь с 4-го на 5-е декабря 1791 года (натридцать шестом году жизни). За несколько часов до смерти оннапевал песенку Папагено «Известный всем я птицелов» из «Волшебной флейты». Причина смерти Моцарта до сих пор являете предметом споров. Знаменитая легенда об отравлении Моцартакомпозитором Сальери и сейчас поддерживается некоторым, музыковедами. Но документальные доказательства этой версии отсутствуют.
Похороны Моцарта проходили при трагических обстоятельствах. Из-за отсутствия денег у его осиротевшей семьи великий композитор был похоронен не в отдельной, а в общей могиле. Точное место погребения до сих пор неизвестно.