Властный патр. Никон, ставший свидетелем фактического устранения патр. Иосифа от церковных дел партией «боголюбцев» во главе с И. Нероновым, естественно после вступления в права патриарха постарался возвратить церковную власть в свои руки и свести на нет влияние протопопов-реформаторов, борцов за упорядочение обряда и богослужения, за утверждение старого русского устава. Печатный Двор был переведен из ведения Дворцового Приказа в подчинение патриарху. В штате Печатного Двора с целью укрепления позиций сторонников пересмотра обряда были произведены значительные изменения: к работе допушены представители киевской учености - киевский иеромонах Епифаний Славинецкий и его ученик чудовский иеродиакон Евфимий, проделавший огромный труд по систематизации и переписи русских богослужебных книг. Честность и компетентность Епифания не вызывала никаких сомнений, но проблема «исправления» книг была для него чисто техническим вопросом, не представлявшем особых трудностей. Самой одиозной фигурой книжной справы, во многом затруднившей ход принятия никоновских реформ русской церковью и скомпрометировавшей идею книжной справы, стал Арсений Грек. Этот «квалифицированный ренегат» [3, c. 205], успевший побывать и униатом, и римо-католиком, и магометанином прибыл на Русь вместе с патр. Паисием и после раскрытия всей правды был отправлен для покаяния на Соловки. В 1652 г. Арсений вызволен из Соловецкого монастыря тогда ещё митрополитом Никоном и помещен для учительства при патриаршем дворе. Через год Арсений Грек становится справшиком книг.
Для квалифицированного проведения исправления книг в русские и греческие монастыри и библиотеки были посланы экспедиции с целью собрать как можно больше старых служебников, уставов, псалтырей, евангелий и других богослужебных и церковных книг. В результате в распоряжении Печатного Двора оказалось около 2700 ценнейших церковных книг. В 1653 г. библиотека Печатного Двора ещё более расширяется: Арсений Суханов привозит с Востока более пятисот книг, пятьдесят старинных книг приходит с Афона, около двухсот старых уставов и служебников присылают восточные патриархи. Естественно, что серьёзное исследование и сличение текстов требовало значительного времени и тщательной научной работы. Но при Никоне этого не произошло - уже 9 октября 1652 г., до прибытия в Москву старых книг, начинается печататься новое исправленное издание Псалтыри. В данном случае исправления коснулись крестного знамения и поклонов при чтении молитвы св. Ефрема Сирина. Т.о., несмотря на заявление о необходимости книжной справы по древним греческим и славянским рукописям, исправления проводились по современным греческим книгам венецианской печати конца XVI и начала XVII в. Одним из главных аргументов старообрядцев в полемике с официальной церковью стал именно «факт некритического покорного следования новогреческому печатному тексту» [2, c. 161]. «А печатано с книг, иже греческие словут, а печатают их рстленно в трех латинских градех: в Риме и в Париже и в Венеции» - писал в своем объемном труде о нововведениях Никона о. Никита Добрынин (Пустосвят) [2, c. 161].
Исправления вызвали недовольство со стороны старых справщиков и в том же году Иван Наседка и Сила Григорьев были уволены. В конце лета 1652 г. скончался и Ш. Мартемьянов, друг Неронова и Вонифатьева. Позиции боголюбцев были ослаблены: при Печатном Дворе оказались ставленники Никона, беспрекословно выполнявшие указания патриарха.
1653 г. становится годом открытой конфронтации между сторонниками никоновских реформ и боголюбцами. Неронов, Аввакум, Павел Коломенский и др. подают царю челобитную с протестом против действий патриарха, против оскорбления национального достоинства и фактического принижения древнерусского (древневизантийского) православного предания в пользу «падшего» Второго Рима. После ряда конфликтных ситуаций начинается открытая травля боголюбцев: взят под стражу и расстрижен о. Логгин Муромский, запрещен в служении и выслан прот. И. Неронов, уволен и арестован Михаил Рогов. Та же участь постигла и длинный ряд других соратников Неронова. Для оправдания своих действий и с целью удовлетворения требований оппозиции весной 1654 патр. Никон собирает поместный собор. Результатом его деятельности становится постановление о признании русских чинов «неправыми и нововводными» и о необходимости проведения проверки русских уставов «по старым и харатейным славянским и греческим» оригиналам. Как мы видели, вопреки данному постановлению исправление проводилось согласно новопечатным греческим книгам. Единственный епископ, подписавший деяния собора с оговоркой в защиту московской практики - Павел Коломенский-, был запрещен и сослан в Новгородско-Олонецкий край, где и безвестно погиб.
Новые книги вызвали законный протест у большинства православного населения. В отличие от поправок начала века, большинство исправлений были совершенно бесполезны и крайне спорны, т.к. основывались на более поздних греческих текстах. При фактическом отсутствии улучшений текстов и порядка богослужений был внесен хаос в церковную службу и легковесное изменение устава подрывало веру прихожан в его значимость и осмысленность [3, c. 225].
Постепенно при усилении напора реформ усиливается и оппозиция. Число челобитных, посланий и др. произведений в защиту древнего устава увеличивалось с каждым днем. «Некоторые из них были значительными литургическо-богословскими сочинениями, методически и глубоко разбиравшими правку книг» [3, c. 262]. В «Слове на еретики» старец Спиридон Потемкин выдвигает аргумент о непогрешимости литургических текстов и священнодействий - «все бо святая суть и держание [истины]не пресечется ни на один час». Уже с древних времен аргумент от богослужебных текстов принимался в богословских спорах, и в этом Потемкин прав, но грань между деталями богослужения и догматами Церкви старцем явно не различается. По словам грамоты КПого патр. Паисия, написанной в ответ на запрос патр. Никона, «если случится, что какая-нибудь церковь будет отличаться от другой порядками, неважными и несущественными для веры... Это не должно производить никакого разделения, если только сохраняется неизменно одна и та же вера» [2, c. 157].
В большинстве трактатов так или иначе встает вопрос о принципиальной правомочности книжных исправлений. Если Москва - Третий Рим, то только её авторитет и предания значимы для вселенского православия. Духовное падение Москвы напрямую связано с эсхатологическими временами. Т.е. правка книг в угоду еретичествующему Западу и подозрительным вселенским патриархам является началом конца, сигналом к ожиданию близкого явления антихриста. Сама по себе любая идеология, как ряд идей, отчужденных от первоначального смысла, неизбежно имеет разрушительное действие для общества. И раскол с его катастрофическими последствиями стал следствием развития паразитирующей на народном благочестии идеологии «Москва - Третий Рим».
В уже упоминавшемся труде Никиты Добрынина (Пустосвята) основной упор делается на независимость русской церкви, в отличие от восточных церквей, находящихся под игом неверных. Поэтому чистота веры должна сохраниться именно здесь, что и подтверждало не одно поколение восточных патриархов. Подробный разбор правок приводит Добрынина к выводу об их бесполезности, т.к. зачастую они сведены единственно к замене некоторых слов на синонимы («Давыд»- «Давид»; «певцы» - «песнословцы»; «отроча рождаеши» - «деторождаеши» и пр.). Т.о. такая мелочная правка м.б. вызвана только сознательным вредительством по научению темных сил, стремлением внести «еретическую новизну». Распространенным аргументом в споре с «никонианами» стал довод о том, что русские святители и великие святые спасались, пользуясь старыми книгами. В ответ на это из уст патриархов и епископов на соборе 1667 г. Аввакум услышал поразившие его слова: «глупы-де были и не мыслили наши русские святые; неученые-де люди были, - чему им верить!» [3, c. 307]. Неудивительно, что после таких оскорблений русских святых русскими же епископами значительная часть церкви соблазнилась и ушла в раскол.
Обобщение многих идей раннего старообрядчества представлено в «Ответе Православных», написанном дьяконом Федором во время пустозерского заточения. Здесь в полной мере предстают все плоды идологии «Москва - Третий Рим». «Нигде несть такия правыя веры якоже в Московском государстве; аще и быша и ещё есть в иных землях вера христианская, но много с ересьми смешашася; а такия уже под солнцем веры несть, какова в русстей земли...» [3, c. 316]. Продолжая эти логические рассуждения, идеологи старообрядчества приходили к выводу о близости эсхатологической развязки - раз пал последний оплот правой веры, то и антихрист уже ходит по земле. Наиболее радикальные религиозные вожди настаивали на необходимости самоубийства (в разных его формах) для спасения души.