В 1880 г. в Петербург прибыл известный миссионер архимандрит Николай (Касаткин). Победоносцев 6 января 1880 г. советует присутствовать на приеме его цесаревной: «Он человек поистине замечательный, всеми уважаемый и пользуется популярность в Японии, где живет уже около 20 лет, посвятив себе всего делу миссии.» [ Ответ от ] 7 января: «Сегодня не успел видеть архм. Николая, т.к. было уже поздно, но непременно назначу ему день. А.» В то время Победоносцев еще не был обер-прокурором, это показывает насколько сильно было его влияние на цесаревича. Происходили покушения на жизнь императора Александра 2. Победонсцев резко осуждал в своих письмах к цесаревичу государственных людей, трудящихся, раздвоенных в мыслях, идущих врозь. 28 января 1881 г. скончался Ф.М. Достоевский по этому поводу на следующий день Победоносцев пишет письмо цесаревичу: « Вчера вечером скончался Ф.М. Достоевский. Он был близкий мне приятель, и грустно, что нет его. Но смерть его – большая потеря и для России. В среде литераторов он – едва ли не один – был горячим проповедником основных начал веры, народности, любви к Отечеству. Несчастное наше юношество, блуждающее, как овцы без пастыря, к нему питало доверие, и действие его было весьма велико и благодетельно. Многие – несчастные люди – обращались к нему, как к духовнику, словесно и письменно. Теперь некому заменить его. Он был беден и ничего не оставил, кроме книг. Семейство его в нужде. Сегодня пишу к графу Лорис-Меликову и прошу доложить не соизволит ли государь император принять участие. Не подкрепите ли, Ваше Высочество, это ходатайство.» 1 февраля новое письмо: « Похоронили сегодня Ф.М. Достоевского в Невской лавре. Грустно очень. Вечная ему память. Мне очень чувствительна потеря его: у меня для него был отведен тихий час, в субботу после всенощной, и он нередко ходил ко мне, и мы говорили долго и много за полночь...» На что цесаревич отвечал: «Граф Лорис-Меликов уже докладывал сегодня государю об этом и просил разрешения материально помочь семейству Достоевского. Вдове Достоевского была назначена пенсия в 2000 рублей.
1 марта 1881 г. был убит император Александр 2. Престол занял его сын, в прошлом воспитанник Победоносцева, с которым он когда-то совершил путешествие по России. Теперь на плечи Победоносцева легла двойная тяжесть: с одной стороны – опекание молодого монарха, а с другой – тяжесть высокого государственного поста.(обер-прокурора). Спустя 2 недели по убийстве царя, из Ясной Поляны придет, переправленное через Страхова, письмо от известнейшего писателя, графа Льва Толстого: «Милостивый государь Константин Петрович! Я знаю Вас за христианина и , не поминая всего того, что я знаю о Вас, мне этого достаточно, чтобы смело обратиться к Вам с важной и трудной просьбой передать государю письмо, написанное мною по поводу страшных событий последнего времени...
Толстой просил Победоносцева передать Александру 3 письмо, в котором умолял молодого монарха не карать смертной казнью цареубийц. По долгу службы обер-прокурор св. Синода прежде ознакомился с содержанием адресованного государю послания. Как ни корил Лев Николаевич террористов, как ни взывал адресата последовать Христову милосердию, но не могли не вызвать резкого протеста его слова о том, что убили Александра 2 «не личные враги его, но враги существующего порядка вещей; убили во имя какого-то высшего блага человечества». По мнению Толстого получалось, что вина убийц состоит только в том, что они неправильно понимали «благо всего человечества», а пойми они это самое «благо» правильно, то и кровавое злодеяние подлежало бы нравственной амнистии. Толстой, оставляя за собой монопольное право на истинное толкование учения Христа, по сути дела, отвергал и существующую российскую государственность, и православную церковь, когда называл убийц царя «врагами существующего порядка вещей», будто бы боровшихся « за высшее благо всего человечества». Победоносцев не стал прибегать ни к каким бюрократическим хитростям, он отклонил прошение Толстого и прямо написал ему: «Прочитав Ваше письмо, я увидел, что Ваша вера одна, а моя церковная другая, и что наш Христос – не Ваш Христос. Своего я знаю мужем силы и истины, исцеляющим расслабленных, а в Вашем показались мне черты расслабленного, которы сам требует исцеления. Вот почему я по своей вере не мог исполнить Ваше поручение.» Однако письмо Толстого все-таки достигло своего адресата: Страхов передал его через профессора истории К.Н. Бестужев-Рюмина великому князю Сергею Александровичу, а тот вручил его Александру 3. По словам Софьи Андреевны Толстой, государь будто бы велел передать Льву Николаевичу такие слова: «Если б покушение было на него самого, он мог бы помиловать, но убийц отца не имеет права просить.» После убийства Александра 2 было много разговоров об отмене смертной казни, многие выступали за это и Л.Н. Толстой и В.Н. Соловьев и многие другие. К.П. Победоносцев выступает категорически против отмены смертной казни, в своем письме Александру 3 он пишет: « Сегодня пущена в ход мысль, которая приводит меня в ужас. Люди так развратились в мыслях, что иные считают возможным избавление осужденных преступников от смертной казни... Может ли это случиться? Нет, нет, и тысячу раз нет – этого быть не может, чтобы Вы пред лицом всего русского народа, в такую минуту простили убийц отца Вашего, русского Государя, за кровь которого вся земля (кроме немногих, ослабевших умом и сердцем) требует мщения и громко ропщет, что оно замедляется. Если бы это могло случиться, верьте мне, Государь, это будет принято за грех великий, и поколеблет сердца всех Ваших поданных... Тот из этих злодеев, кто избежит смерти, будет тотчас же строить новые ковы. Ради Бога, Ваше Величество, - да не проникнет в сердце Вам голос лести и мечтательности». Победоносцев призывает Государя «править крепкою рукою и твердой волей». В письмах Победоносцева говориться, что новому градоначальнику Н.М. Баранову удалось арестом 19 заговорщиков предотвратить покушение на Государя Александра 3 и наследного принца Прусского во время погребения Императора Александра 2. Победоносцев пишет царю, что в Тамбовской губернии крестьяне порешили поститься, из рода в род, в день 1 марта. (убийство Александра 2).
Граф М.Т. Лорис-Меликов министр внутренних дел предложил программу изменений в государственном устройстве. Против этого выступает Победоносцев и журналист М.Н. Катков. Император Александр 3 поручил Победоносцеву составление исторического манифеста «о незыблемости самодержавия», утверждающего Самодержавие, подписанного им 29 апреля 1881 года. Представляя 26 апреля соответственный проект, Победоносцев писал, что его одобряет граф С.Г. Строганов. Когда манифест был оглашен министром юстиции Д.Н. Набоковым в совещании, происходившем в кабинете Лорис-Меликова в доме Министерства внутренних дел на Фонтанке, А.А. Абаза и его единомышленники открыто возмущались и требовали назвать имя составителя. Победоносцев отвечал, что написал его он по приказанию государя. Абаза сильно возмущался, кричал чтобы Государь взял назад это нарушение контракта. Вскоре последовало увольнение либеральных министров, во главе с графом Лорис-Меликовым, просившего Государя 30 апреля уволить его в отставку. Преемником Лорис-Меликова на посту министра внутренних дел стал Н.П. Игнатьев. Он попытался увенчать политику «народного самодержавия» созывом всесословного Земского собора, однако против этого резко выступили Катков и Победоносцев. В мае 1882 Александр 3 заменил Игнатьева Д.А. Толстым – убежденным сторонником самодержавия. Отвергая либеральные начала, Победоносцев в то же время критически относился к контрреформам–административно-законодательной ломке институтов 1860-70-х годов. Это обусловило разногласия Победоносцева с другими деятелями консервативного лагеря (М.Н. Катковым, Д.А. Толстым). В первые годы царствования Император Александр советовался иногда с Победоносцевым касательно перемен в составе правительства. Победоносцев настаивал на ужесточении цензуры, ограничении прав ( не запрещении) неправославных исповеданий. Особое внимание уделял повышению общественной роли Православной церкви. Победоносцев постоянно обращался к царю, высказывая откровенно суждения по отдельным вопросам, нарочито, когда они касались Церкви. Победоносцев в начале 1883 г. был взволнован намерением министра Императорского двора графа И.И. Воронцова-Дашкова допустить театральные представления во время Великого поста, о чем тот испрашивал Высочайшее разрешение. Также Победоносцев отрицательно отзывается по поводу написания Л.Н. Толстым драмы «Власть тьмы». Победоносцев считал необходимой борьбу со штундой, сильно развившейся в юго-западных и южных губерниях. В конце апреля 1889 скончался министр внутренних дел граф Д. А. Толстой. Ценя графа Д.А.Толстого, Победоносцев, со свойственной ему прямотой и независимостью, высказывался против тех его мероприятий, которым не сочувствовал. Так было в отношении детища Толстого- учреждение земских начальников. 30 сентября 1888 г. в « Московских ведомостях» появилась основательная критика брошюры Владимира Соловьева «L idee russe». 1 октября Победоносцев писал: Вот до какого мог дойти русский умный и ученый человек – и еще сын Сергея Михайловича Соловьева.» Государь часто поручал Победоносцеву составление важных бумаг и своих обращений. Знакомил Победоносцев Государя с местными нуждами и передавал впечатления, воспринимаемые при поездках, которые он делал часто. Победоносцев всегда заботился об улучшении материального положения сельского духовенства. В марте 1887 г. Победоносцев побывал в Смоленске и Витебске. В 1890 побывал в Перми и Екатеринбурге, в Полтаве. В 1891 в Пскове. В 1890 году К.П. Победоносцев побывал в Курске. Позволю себе более подробно осветить это событие. Победоносцев прибыл в Курск 27 августа вечером на почтовом поезде из Харькова в сопровождении Управляющего канцелярией Синода - В.К. Саблера. На вокзале они были встречены Преосвященным Иустином, Епископом Курским и Белгородским, вице-губернатором, который в этот момент управлял губернией, представителями духовных и гражданских ведомств. После этого Обер-прокурор и Владыка отправились в дом Архиерея, где для Победоносцева было подготовлено помещение. После небольшого отдыха Обер-прокурор и Архиерей посетили духовную семинарию, где Победоносцев осмотрел церковь, актовый зал, классные комнаты, спальни воспитанников, правление, библиотеку и столовую. 28 августа в 6 часов утра К.П. Победоносцев прибыл в Троицкий женский монастырь. Там он выслушал обедню, а по окончании ее навестил настоятельницу - игуменью Софью, так много сделавшею для этой обители. После этого К.П. Победоносцев прибыл в архиерейский дом, затем осмотрел Знаменский собор, в котором тогда производилось обновление купола и стенной росписи, а также Воскресенский храм, привлекавший особое внимание гостя. Затем Обер-прокурор осмотрел новоустроенную трапезу и несколько келий монашествующих. После этого Победоносцев осмотрел ряд городских учебных заведений. В епархиальном женском училище на улице Дворянской (ныне – Л. Толстого), в здании которого сейчас находится завод медицинского стекла, он осмотрел домовую церковь во имя святых апостолов Петра и Павла и все училищные помещения. По пути от епархиального женского училища в духовное мужское, Обер-прокурор посетил учительскую семинарию (располагалось в здании современного епархиального управления) и Мариинскую женскую гимназии на Флоровской (ныне – Радищева) улице. Также Победоносцев побывал в духовном училище, находившемся на северо-заподном углу улиц Пастуховой (Белинского) и Троицкой (Пионеров). Там с особым вниманием осмотрел создающуюся домовую церковь во имя равноапостольных Кирилла и Мефодия и посетил классы. После этого Победоносцев был в Курской духовной консистории (улица Сонина), в которой осмотрел комнату присутствия, канцелярию и Архив. В 5-м часу вечера Победоносцев вместе с Владыкой Иустином отбыл на вокзал Московско-Киево-Воронежской железной дороги, куда прибыли также некоторые представители городского общества и местного духовенства. На вокзале Константин Петрович около получаса беседовал с провожающими его лицами. Затем, сердечно простившись с Преосвященным Иустином и выразив ему искреннюю благодарность за прием, К.П. Победоносцев, сопровождаемый В.К. Саблером, отправился почтовым поездом в Москву...( Курские епархиальные ведомости №8 1998г.)