Перед лицом приближавшейся Красной Армии, в 1944 г. 40000 немцев и немецкоязычных литовцев покинуло страну. В их числе было 27 из 33 пасторов. Около 30000 лютеран остались в Литве. Шести пасторам, не покинувшим родные места, довелось опекать 26 общин. Как и везде в Советском Союзе, Церкви в Литве пострадали от экспроприации культовых сооружений, ликвидации теологического факультета в Каунасе, депортации интеллигенции и разнообразных репрессий.
В 1955 г. состоялся первый лютеранский Синод, второй - заседал в 1970 г. в Тауроггене (Таураге). На нем сеньором был избран Йонас Кальванас (в 1976 г. он стал епископом). Теперешние пасторы - это миряне, чаще всего без теологического образования. Лишь немногие пасторы получили определенные знания в Теологическом институте в Риге. Как правило, пасторы вынуждены работать где-нибудь на стороне, чтобы содержать себя и семью, так как очень маленькие общины не в состоянии полностью обеспечивать их. Синод как постоянный институт, т. е. как законодательная и контролирующая инстанция, созывается только раз в пять лет. Важнейшей задачей Евангелической Церкви Литвы после прекращения советских репрессий стало создание собственного Устава.
После смерти епископа Йонаса Кальванаса, последовавшей 16 января 1995 г., Синод 29 июля 1995 г. избрал пастора Йонаса Кальванаса-младшего преемником его отца на посту епископа. Было положено начало созданию Устава, но продолжение этой работы перенесено на Синод, который будет созван в 2000 г.
После "поворота", который начался в Литве в 1988 г., там развернулась трудная борьба с государством за возврат старых церквей и пасторатов. Но даже если эти строения будут возвращены, они находятся в таком состоянии, что нуждаются в капитальном ремонте. Евангелическое теологическое образование начинает организовываться в рамках религиозно-научного факультета Клайпедского (Мемельского) университета.
/Цит. по: Хорошего держитесь. Пер. с нем. Ю.А. Голубкина. Х.; Майдан, 1998./