Советская оккупация 1940 года и немецкая оккупация 1941-1944 годов нанесли непоправимый урон староверческой жизни Эстонии. Часть старообрядцев стали жертвами репрессий, их дома были национализированы, началась агрессивная атеистическая пропаганда в русской периодической печати Эстонии и на местах. В Причудье были созданы кружки воинствующих безбожников.
В начале II мировой войны некоторые семьи из Причудья были эвакуированы в тыл СССР. Некоторая часть из оставшегося и попавшего под немецкую оккупацию староверческого населения вывозилась на работу в Германию или отправлялась в лагеря, за попытку укрыться - расстреливали. Староверы всячески уклонялись от сотрудничества с немецкой оккупационной властью, и в немецких войсках из них служили считанные единицы. Во время войны сильно пострадали храмы. В июле 1941 года от зажигательной бомбы сгорела староверческая молельня в Тарту. В результате военных действий были сожжены Межавская и Кикитовская моленные, старая Муствеэская церковь, а в 1944 году погиб Раюшский храм .
В первые послевоенные годы, несмотря на трудные условия жизни и жесткие ограничения, заново были отстроены ряд молелен в Причудье. Наставники должны были фиксировать своих прихожан, и сами постоянно находились под контролем органов внутренних дел и уполномоченного совета по делам религий при Совете Министров СССР в Эстонской ССР. Моленные посещали, в основном, женщины и старики. Причудье пустело, молодежь перебиралась в города. Велась широкая антирелигиозная пропаганда, причем старообрядцы высмеивались как темные и отсталые люди. Выдающегося диалектолога Т. Ф. Мурникову (ур. Пруссакову), работавшую в Тартуском университете, постоянно "прорабатывали" как сектантку. Неоднократно вставал вопрос об ее увольнении. Власти чинили наставникам всевозможные препятствия в деле распространения веры.
Возрождение старообрядчества стало возможным с восстановлением независимости Эстонии в 1991 году. В 1995 г. после многолетнего перерыва продолжил работу Союз Старообрядческих Общин в Эстонии. Была восстановлена 50-метровая колокольня в Раюшах, началась реставрация уникальных книг из Раюшской библиотеки. В Кольках, в Варнья и Муствеэ возникли музеи старообрядческого быта. В школах Причудья детям староверов начали преподавать церковно-славянский язык и Закон Божий. Многолюдные престольные праздники устраивались в Муствеэ, Калласте и на Пийрисааре.
Об интересе к староверию и поддержке его со стороны различных организаций свидетельствуют такие факты, как проведение в апреле 2000 года в Тартуском университете международного научного семинара "Русские староверы за рубежом", труды которого вошли в специальный сборник с одноименным названием. В 2003-2004 годах под руководством председателя Общества развития и культуры П.Г. Варунина осуществился проект "Исследование культуры русских староверов". Проект финансировался Фондом развития предпринимательства в рамках программы местной инициативы. В результате вышел первый сборник "Очерки по истории и культуре староверов Эстонии" (Тарту, 2004), часть материалов из которого можно найти на сайте www.starover.ee. Эстонский научный фонд выделил средства на научные проекты по изучение староверия. Фильм об эстонских старообрядцах режиссёра П. Симма прошел по телевидению и был показан на многих научно-культурных мероприятиях.
Хотя эстонцы доброжелательно относятся к старообрядцам, но десятилетия атеистического воспитания дают себя знать. Наставники - люди, как правило, преклонного возраста, но в некоторых моленных их нет или и. о. наставника служат женщины. Молодежь приходит в храм по праздникам. Недостаёт знатоков знаменного пения. Староверы нарушают запреты: курят, не соблюдают посты. По сравнению с довоенным временем число старообрядцев уменьшилось вдвое - 5000 вместо 10000. Исчезла староверческая община в деревня Межа. В Эстонии не выходит ни староверческих газет, ни журналов. То, что Причудье постепенно становится туристическим центром, мешает развитию традиционной религиозной жизни староверов. После закрытия российско-эстонской границы и развала богатых рыболовецких колхозов жители Причудья потеряли рынок в Петербурге, ощущается безработица. Ловить рыбу в Чудском озере можно только на расстоянии 12 километров от эстонского берега. Трудно сбыть выращенные овощи, поэтому площадь обрабатываемой земли уменьшилась в 8 раз. Молодёжь уезжает в город, и местное население стареет. Экономические трудности не могут не оказывать негативного влияния на причудцев, они боятся будущих перемен. В сентябре 2003 г. большинство жителей Причудья проголосовали против вступления Эстонии в Европейский Союз, но несмотря на это, с мая 2004 г. Чудское озеро стало границей Евросоюза.