Исконно русское население Эстонии - древлеправославные русские проживали здесь с XII-XIII веков. Первые старообрядцы из России появились в Южной Эстонии (Лифляндии) в конце XVII века. В начале XVIII века федосеевцами был основан Ряпинский монастырь. Сам основатель федосеевского согласия Феодосий Васильев в монастыре не жил, но был перезахоронен на старообрядческом кладбище Ряпинской мызы.
Монастырь процветал до тех пор, пока в 1718 г. настоятель Константин Фёдоров перешел на сторону новоoбрядцев, и вскоре в монастырь по ложному доносу была вызвана воинская команда. Несколько старообрядцев арестовали, и в 1722 г. ряпинские скиты были уничтожены окончательно. Часть спасшихся староверов обосновалась в деревне Черной (Mustjõe) неподалеку от Нарвы. Большинство же осели в Причудье и в Дерпте (Tartu).
В XVIII веке началось строительство староверческих деревянных молелен. Достоверно известно об открытии моленной в Кикита в 1740 году. К началу XIX века были моленные в городах Ревеле и Дерпте, в деревнях: Казапели (Kasepää), Красных горах (Kallaste), в селе Черном (Мustvee), Воронье (Varnja), Межах (Piirisaare) и Кольки (Kolkja). В Южной Эстонии (Лифляндии) старообрядцы проживали компактно числом около 3000 человек в 19 деревнях по берегам Чудского озера в Дерптском уезде в имениях: Флемингсгоф (Laius-Tähkvere), Вотикфер (Võtikvere), Кокора (Kokora), Алацкиви (Alatskivi), Кавасту (Kavastu), Кастер (Kastre) и Айа (Ahja). В самом Дерпте в этот период числилось около 150 староверов.
В Северной Эстонии (т.е. в Эстляндской губернии - Г. П.) до середины XIX века староверческое население концентрировалось в двух основных центрах: на северо-западе - в Ревеле и на северо-востоке - вдоль северного побережья Чудского озера (Олешница, эст. Alajõe), а также в деревнях близ Нарвы - Чорная (Mustjõe) и Уха (Uhha). С 1827 по 1857 годы старообрядческое население Эстляндии сократилось с 208 человек до 27 человек. Таллиннская (Ревельская) община уменьшилась почти в 6 раз по сравнению с 1811 годом, но все же до начала 1870-х гг. в Таллинне была моленная и кладбище с богадельней. В 1880-е гг. староверы появились в окрестностях Нарвы в Кренгольме, что связано с развитием легкой промышленности в этом районе. На Йоальской мануфактуре в конце ХIХ века число рабочих-староверов достигало 91. Почти исчезнувшее из Эстляндии староверческое население к концу столетия стало постепенно возрождаться за счет старообрядцев, приехавших из других местностей.
Во время правления Николая I на прибалтийские губернии также распространялась репрессивная правительственная политика в отношении староверческого населения, хотя в гораздо меньшей степени, чем во внутренних российских губерниях. Начиная с 1820-х гг. велся строгий погодный учет численности старообрядцев, запрещалось строительство новых молелен, закрывались старые. В Таллинне продолжала существовать моленная при кладбище, но было строжайше запрещено приписывать к ней новых членов. В Причудье почти все деревенские моленные были опечатаны, кроме молельни в Казепяэ. Часть старообрядческих наставников, уличенных в перекрещении православных, агитации в пользу староверия или в критике православия, были определены в православные монастыри или высланы в Везенберг (Rakvere, Эстляндия). Потерпев неудачу привить Причудским старообрядцам никоновскую веру, правительство с начала 1840-х попыталось насадить единоверие. В 1848 году в селе Черном (Mustvee) в здании запечатанной молельни была открыта единоверческая часовня, освещенная в 1849 г. в церковь. Сюда же было передано реквизированное имущество из староверческих моленных Кикита и Муствеэ. После смерти Николая I положение староверов несколько улучшилось, но их моленные по-прежнему вели полулегальное существование. В 1860-е годы староверы, воспользовавшись более либеральной политикой правительства, сами стали возводить новые моленные, но только в 1883 году власти официально разрешили их строительство и ремонт, правда, с определенными ограничениями. В этот период обновились моленные в Тарту, Калласте, Казепяэ, Раюшах и Кикита. Староверческих наставников или специально избранных лиц от общины обязали вести шнуровые метрические книги, бывшие ранее в ведении волостных или полицейских управлений. Их скрепляли особыми печатями с названиями староверческих обществ.
Развитие капиталистических отношений наложило свой отпечаток на жизнь староверов Эстонии. Многие из них работали на промышленных предприятиях в городах. К концу XIX века небольшая Таллиннская община пополнялась, в основном, за счет приезжих староверов. По всероссийской переписи населения 1897 г. старообрядцами объявили себя 46 человек. Более быстрыми темпами в этот период росло старообрядческое население Тарту - 438 человек, что объясняется притоком староверов в город из близлежащих Причудских деревень.
Начало ХХ века ознаменовалось принятием важных для старообрядцев законов о свободе вероисповедания (17 апреля 1905 г.) и порядке организации староверческих общин (17 октября 1906 г.). С 1907 по 1913 годы были официально зарегистрированы: Юрьевская (поморская), Казепеская (старопоморская), Мало- Колецкая (федосеевская), Колецкая старообрядческая поморская община, Красногорская (старопоморская), Черновская (поморская), всего шесть общин. Был построен и великолепно оформлен знаменитым иконописцем и ревнителем старины Г.Е. Фроловым храм в Раюшах, построены или отремонтированы моленные в Казепяэ, Варнье и Межах. Началось постепенное приобщение старообрядцев к общественной и политической жизни. В 1906 г. воронейский наставник К.Т. Красовский участвовал в съезде старообрядцев Северо-западного края в Вильнюсе. В 1909 году наставник Ф.П. Савосткин представлял причудских староверов на 1-м Всероссийском соборе старообрядцев в Москве.
В начале ХХ века консервативные политические силы стремились привлечь староверов Эстонии на свою сторону. В 1907 году был образован отдел Союза Русского Народа на острове Пийрисаар, основанный православным священником А. Лебедевым, куда входили не только православные, но и старообрядцы. Все же журнал прибалтийских староверов "Старая Русь", издаваемый в Риге, призывал на выборах в Государственную Думу в 1912 году голосовать за прогрессивные партии.
Начало I Мировой войны привнесло в налаженный быт староверов много изменений. Часть мужчин призвали в действующую армию солдатами, право получить офицерский чин, не переходя в православие, старообрядцы получили только в январе 1917 г. В Эстонии сосредоточилось большое число беженцев и раненых. Приток новых людей и уменьшение работоспособного населения, призванного в действующую армию, способствовал ухудшению экономического положения.
После февральской революции в марте 1917 года Эстляндская губерния приобрела новые границы и воссоединилась с частью Лифляндской губернии, населенной эстонцами - Тартумаа, Вырумаа, Вильяндимаа, Пярнумаа и Сааремаа. Встал вопрос об автономии Эстонии. В связи с этим весной 1917 г. проходили собрания представителей русских деревень в Тартумаа, куда принадлежали Причудские деревни с русским населением. Была послана делегация в Петроград с ходатайством об автономии края и пожеланием о выделении Причудья в особую административную единицу Причудский русский уезд в пределах Российской империи. В состав депутации от Муствеэской общины был избран старообрядец П.П. Баранин. В результате падения Временного правительства и поражения российской армии на Западном фронте Эстонии объявила себя независимой республикой в феврале 1918 г. В феврале 1920 г. в Тарту был заключен мирный договор между Эстонией и Советской Россией, по которому Причудье и Печорский край отошли к Эстонии. Начался новый этап в развитии старообрядчества Эстонии как равноправного национального и конфессионального меньшинства. Впервые старообрядцы легально принимали участие в политической жизни страны, участвуя в выборах в парламент. Они входили в Русский Национальный Союз и Русскую крестьянскую трудовую партию. Старообрядец П.П. Баранин был избран депутатом от Причудского края во 2-й (1923-1926) и 3-й (1926-1929) составы Рийгикогу Эстонии.
В течение неполных 20 лет прошло 14 Всеэстонских старообрядческих съездов. К 1926 году, согласно новому закону Эстонии об обществах, прошла перерегистрация 12 староверческих обществ Эстонии городов и посадов - Таллинн, Тарту, Муствеэ и Калласте, а также деревень - Рая, Колькья (две), Казапель, Кикита, Варнья, Пийрисаар (Межа), Саарекюла (Желачек). В этот период в Эстонии было около. 10 000 старообрядцев. В июле 1928 г. в Калласте на V Всеэстонском старообрядческом съезде был принят устав Старообрядческой Церкви (Союза) в Эстонии и создан Центральный Совет в составе: Е.Я. Гришаков, З.А. Кузнецов, П.П. Баранин, Ф.Ф. Пруссаков, И.А. Долгошев, Д.С. Блохин. В Духовную Комиссию избраны наставники: Ф.П. Савосткин, С.А. Кузнецов, Г.Я. Сыщиков, в Ревизионную комиссию - Ф.Ф. Павлов, К.А. Малышев, Ф.И. Кисляков. 1936 г. произошла перерегистрация устава. Центральный Совет Старообрядческого Союза с 1928 г. находился в Тарту, с 1936 г. - в Таллинне и с конца 1938 - в Муствеэ.
В 1930-е старообрядчество оказывало большое влияние на русское население Причудья в целом, но всё же ощущалась тенденция к нарушению традиционного уклада жизни, что неоднократно отмечалось на Всеэстонских старообрядческих съездах. Необходимо было прилагать определенные усилия для поддержания традиций и веры, применять новые методы работы с молодежью, чтобы не утерять своих позиций. Эту цель преследовал работавший с 1932 по 1940 год в Тарту староверческий кружок молодёжи под руководством З.А. Кузнецова и Л.Г. Гришакова. В нем молодежь не только слушала доклады и изучала историю старообрядчества, но и под руководством И. С. Кулева обучалась крюковскому напеву. В Муствеэ и Кикита были организованы культурно-просветительные курсы.
Начало 1930-х годов ознаменовалось открытием самой большой в Эстонии моленной в посаде Чёрном. Новая моленная была построена в Таллинне, надстроена колокольня молитвенного храма в Тарту, обновлена Кикитовская моленная. Было окончено обустройство и роспись красивейшего в Эстонии Раюшского храма, расписанного Г.Е. Фроловым с учениками. Староверческие общины Эстонии регулярно общались с духовным центром балтийских староверов Ригой. В Эстонию несколько раз приезжал рижский староверческий хор и выдающий деятель прибалтийского старообрядчества И.Н. Заволоко. Здесь он записывал духовные песни и выступал с чтением лекций. Получила широкую известность знаменитая иконописная мастерская Г.Е. Фролова. Его ученик П.М. Софронов перед началом 2-й Мировой войны был приглашён в Ватикан. Выходили книги, посвященные знаменному пению и духовной жизни старообрядцев.