Характерны для Феофила и средства борьбы с противниками. Св. Василий Великий, обвиняемый в аполлинарианстве, в одном из своих писем сказал: "У нас всегда так: кто нам неприятен, тот и не православен". Таким образом, прием, столь распространенный в наши дни, - сводить счеты с противником на почве догматических укоризн - имеет за собой почтенную давность. Феофил был особенно искусен в этом отношении. Он не был первоначально врагом Оригена. При возникновении среди монахов антропоморфистского движения он доказывал и с церковной кафедры, и в пасхальном послании, что Богу, как существу бестелесному, не следует приписывать человеческий образ. Он порицал также св. Епифания за его сочувствие антропоморфизму. После того как исчезли поводы скрывать симпатии к Оригену, Феофил снова стал читать его открыто, заявляя, что "оригеновы сочинения подобны лугу, усеянному цветами всякого рода, что хорошее он срывает, а тернистое оставляет, как колючее". Но было время, когда Феофил отрекался от Оригена и преследовал своих противников под предлогом недопустимости оригенизма. Когда монахи узнали, что епископ не разделяет их антропоморфистских представлений, то, оставив свои монастыри, пришли в Александрию с целью убить Феофила. Находясь в столь затруднительном положении, последний, однако, не растерялся. Он вышел к антропоморфитам с ласковой улыбкой и приветствовал их словами: "Созерцая вас, я как будто созерцаю лицо Бога". Но монахи потребовали более определенных заявлений. "Если правда, что у Бога такое же лицо, какое и у нас, — ответили они, — то предай проклятию сочинения Оригена… а если не сделаешь этого, то прими от нас жребий людей нечестивых и богопротивных". "Исполню ваше желание, — сказал на это Феофил, — не гневайтесь на меня: я сам не люблю оригеновых сочинений и порицаю тех, которые принимают их". После этого, преследуя по личным мотивам "длинных братьев", он добился их изгнания из Нитрии путем обвинения их в оригенизме, а затем возбудил простосердечную ревность Епифания Кипрского к тому, чтобы тот обвинил в оригенизме и св. Иоанна Златоуста.
Таковы были враги великого святителя. Они представляют собой как бы темный фон, на котором тем яснее выделяется исключительная личность вселенского учителя.
Св. Иоанн Златоуст был совестью Церкви своего времени, и в лице его врагов против него, как против голоса совести, восстали все страсти. Они восторжествовали. Насилие заставило смолкнуть его негодующее слово. Но совесть нельзя заглушить надолго. В 407 г. Златоуст скончался в изгнании. В 417 г. его имя было внесено в диптихи Аттиком, патриархом Константинопольским, а в 419 г. Кириллом Александрийским. В 428 г. память святителя в первый раз была почтена празднованием при дворе, а десять лет спустя мощи его были перенесены в Константинополь и погребены в церкви Апостолов. Сын императрицы Евдоксии, Феодосий II, склонился перед ними, прося святителя о прощении своих родителей. В своих сочинениях вселенский учитель по-прежнему призывает верующих к жизни по Евангелию, к милосердию и нравственной свободе. Да будет же для нас священным его завет: сила и слава Церкви созидается не железным мечом императора, не пышностью культа, не привилегиями духовенства, не проклятиями иномыслящих, а единственно осуществлением евангельской любви во взаимных отношениях верующих.