Митрополит Пантелеимон принял эти условия с оговоркой, что отделение от Русской церкви возможно только после того, как Белорусская церковь организуется, созреет для автокефалии и оформит своё отделение канонически, т. е. с разрешения Матери-Церкви .
Церковное руководство в Минске беспокоилось о том, чтобы возобновить церковную жизнь в окружающих сельских районах и разыскать бывших там ранее священников. Белорусские церковные власти с санкции оккупационных властей направили в Восточную Белоруссию для организации церковной жизни архимандрита Серафима Шахмуть и священника Владимира Кударенко. По данным белорусского епископата к 1942 году число православных верующих достигало 12 миллионов человек, что составляло примерно 85 % от всего населения оккупированной Белоруссии. Действовало в годы оккупации 1044 храма, но они располагались по территории Белоруссии неравномерно, в основном в центральных и западных областях.
Немецкая политика в отношении Православной Церкви в Белоруссии была сформулирована Розенбергом 13 мая 1942 года, после свидания с Гитлером и Борманом. 8 мая 1942 г. Розенберг писал своим двум рейхскомиссарам, что Русская православная церковь не должна распространять своё влияние на православных белорусов и её деятельность не должна простираться за границу расселения великороссов .
Борьба оккупационных властей с русским влиянием проводилась в Белоруссии настойчиво и последовательно. Однако быстро обнаружилось, что белорусы не настроены сепаратистски, и немцам пришлось привезти около 30 белорусских сепаратистов-эмигрантов, которых православное духовенство называло «активом». Они не пользовался влиянием среди местного населения, в том числе и потому, что настойчиво выступали за отделения от Московского патриархата.
В марте 1942 года Собор белорусских епископов избрал Пантелеимона митрополитом Белоруссии, но он, вопреки желанию белорусских националистов и немецких властей, не провозгласил Белорусскую церковь автокефальной. На богослужениях продолжало возноситься имя митрополита Сергия (Страгородского), а сам митрополит Пантелеимон отказывался проповедовать по-белорусски на том основании, что языком городского населения является не белорусский, а русский. Митрополит Пантелеимон оставался твердым сторонником сохранения канонической связи с Московским патриархатом. Но эта позиция не удовлетворяла белорусских политических деятелей, которые пользовались доверием оккупационных властей и, будучи людьми далекими от Церкви, пытались навязать свою линию белорусской иерархии, беспрестанно плели интриги и доносили в генеральный комиссариат на митрополита Пантелеимона, которого обвиняли в сочувствии Московской патриархии.
По настоянию националистов оккупационные власти в конце мая 1942 г. отстранили митрополита Пантелеимона от управления Белорусской церковью. Однако под давлением общественности и по просьбам архиепископа Филофея и епископа Афанасия немцы были вынуждены в апреле 1943 г. вернуть его в Минск. Однако активного участия в церковных делах он уже не принимал, хотя и являлся Белорусским митрополитом .
После отстранения митрополита Пантелеимона от церковных дел, генеральный комиссар приказал передать управление Церковью архиепископу Филофею (Нарко), который вначале тоже противился всяким нововведениям на том основании, что он не имеет права принимать решения без ведома митрополита Пантелеимона . Архиепископ Филофей не захотел безропотно следовать указам белорусских националистов и оккупационных властей. Тогда его обвинили в том, что он «через Церковь укрепляет российскость Беларуси» . Получив эти доносы, немцы решили проверить национальную принадлежность белорусского духовенства. Проведено было анкетирование, в результате которого выяснилось, что 90% православных священнослужителей считают себя белорусами, остальные — русскими и украинцами. 30 июля 1942 г. архиепископ Филофей писал гауляйтеру Белоруссии о ненужности излишней торопливости в ведении автокефалии: «Это очень важное и ответственное положение, требующее точности и правильности церковного канона священной всеобщей Православной Церкви. Нас торопят в этой работе» .
Архиепископ Филофей по настоянию немцев и приехавших с ними белорусских националистов начал подготовку созыва «Всебелорусского Православного Собора» для провозглашения автокефальной православной Белорусской церкви. Незадолго до этого митрополит Пантелеимон был вынужден письменно передать ему все свои полномочия.
Этот Собор, который епископ Венедикт назвал просто съездом из-за отсутствия на нём представителей большинства епархий, проходил с 30 августа по 2 сентября 1942 года под председательством архиепископа Филофея. По своему составу это был не собор, а расширенное епархиальное собрание Минской епархии.
Националисты приложили все усилия, чтобы склонить собор на свою сторону. Немецкими властями было запрещено дискутировать об автокефалии в ходе работы Собора. Вместо этого, в порядке информации был прочитан доклад «Канонические принципы автокефалии», где было объективно и согласно с канонами сказано, что нужно для того, чтобы какая-нибудь Церковь стала автокефальной. Затем был выслушан доклад протоиерея Иоанна Кушнера «Исторические предпосылки Белорусской автокефалии» .
Собор молча выслушал эти информационные доклады и выработал статут для Белорусской автокефальной церкви. В параграфе 113 статута было сказано, что «Каноническое объявление автокефалии наступит после признания её всеми автокефальными церквами» — начиная с Русской церкви и восточных патриархов. Были составлены обращения к автокефальным церквам с просьбой признать автокефалию Белорусской церкви. Политический отдел Генерального комиссариата потребовал от архиепископа Филофея немедленно разослать эти обращения. В связи с этим в марте 1943 г. архиепископ Филофей созвал Священный синод. Но на его заседание прибыл только епископ Витебский и Полоцкий Афанасий. Не имея возможности вдвоем решать дела, они обратились с просьбой к генеральному комиссару Белоруссии о возвращении в Минск митрополита Пантелеимона, что и было исполнено. 20 апреля 1943 г. было составлено послание Константинопольскому патриарху, в котором упомянутые иерархи просили дать благословение на автокефалию Белорусской церкви . Это послание было передано германским властям в Генеральный комиссариат для пересылки по назначению только через год, но так и не было отправлено в связи с освобождением Белоруссии советскими войсками .
12 мая 1944 г. митрополит Пантелеимон созвал в Минске Собор епископов. На Собор прибыло 10 иерархов. Подчиняясь диктату немецких властей, Собор вынужден был также вынести решение о незаконности избрания патриарха в Москве. Собор проходил в канун освобождения Белоруссии советскими войсками . Самым важным деянием Собора 1944 года было объявление постановления Собора 1942 г. недействительным на том основании, что на Соборе отсутствовали два старших белорусских епископа, которые не были допущены на Собор оккупационными властями . На Соборе 1944 г. был заслушан и принят с поправками внутренний статут Белорусской православной церкви, разработанный Собором 1942 г.
В связи с нехваткой кадров в годы оккупации стали открываться курсы для подготовки кандидатов на священно-церковнослужительские должности. Обучение велось ускоренным образом, и сколько-нибудь обучившихся студентов тотчас же посвящали и отправляли на приходы. 15 апреля 1944 года открылись вторые богословско-пастырские и псаломщицко-певческие курсы. В апреле 1944 года было выпущено двадцать два кандидата на священников. А всего с 1941 по 1944 год в сан священника было посвящено 213 человек. Однако за годы войны полностью решить кадровую проблему не удалось.
На оккупированных территориях Белоруссии население продолжало открыто проявлять религиозность, хотя фашистские власти безуспешно пытались направить её в сепаратистское русло. Оккупационные власти, с одной стороны, не препятствовали стихийному народному религиозному подъёму, а с другой — предпринимали шаги, негативно воспринимавшиеся церковными массами. Согласно указу второго отдела Генерального комиссариата Белоруссии от 18 апреля 1942 года начался сбор цветных металлов у православных церквей. Ограничили оккупационные власти и время проведения богослужений. В будние дни богослужения запрещались, а в воскресные дни богослужения должны были заканчиваться не позднее 8 часов утра. Затем это распоряжение было смягчено. Были разрешены церковные службы в будни, однако их продолжительность была ограничена двумя часами. Все попытки добиться еще большего смягчения режима проведения богослужений оккупационными властями отвергались всякий раз со ссылкой на военное время. Кроме того, по распоряжению немецких властей празднование православных праздников, выпадавших на будние дни, было перенесено на воскресенье.
В период оккупации в Белоруссии было открыто около 300 храмов, что составляло 29,7% от их общего количества .
Воссозданный епископат и духовенство Белорусской церкви на 90% состояли из белорусов. Тем не менее, немцы признали провал проводимой ими политики сепаратизма в церковной области. В своих сводках они отмечали, что, несмотря на их стремление отделить Белоруссию от России, как в церковном, так и в политическом отношении, Белорусская православная церковь стала центром великорусского по настроениям духовенства, священников-сепаратистов не существует, а митрополит Пантелеимон и его окружение не хотят проводить белоруссизацию Церкви. Архиепископ же Венедикт характеризовался как «ревностнейший великорусский организатор», через которого шла связь с русскими центрами в Польше .