Попытка реализовать на практике религиозно-национальную идею в рамках создания автокефальной православной церкви как объединяющую силу, потерпела поражение, прежде всего, из-за неприятия основной частью православного клира условий объявления автокефалии в период нацистской оккупации. Немаловажную роль в этом процессе сыграли изменение в годы войны политики Советского государства по отношению к Православной церкви и выборы Московского патриарха.
Лишь небольшая часть белорусского духовенства полностью восприняла идею автокефалии. Часть духовенства заняла выжидательную позицию. Но подавляющее большинство духовенства не пошло на признание идеи автокефалии и ориентировалась на Московскую патриархию. Именно эта третья часть духовенства поддерживала партизанское и подпольное движение.
На территории оккупированной Украины образовались две церкви: откровенно схизматическая автокефальная во главе с Поликарпом (Сикорским) и автономная во главе с митрополитом Алексием (Громадским), иерархия которой не избежала частных канонических нарушений, отчасти объяснимых исключительными обстоятельствами времени, не признанная Московской Патриархией, но все-таки дорожившая единством с РПЦ и стремившаяся в главном не сойти с канонической почвы. Что касается автокефалистов, то они, как и обновленцы, рукополагали в епископов женатых и семейных, принимали священнослужителей, рукоположенных Липкивским и его «епископами», ставили политику и национализм выше чисто церковных интересов, совершали богослужение на украинском языке. Между ними сразу же началась борьба за влияние на население, которая в дальнейшем только обострилась.
Каждая из сторон начала рукополагать новых епископов из своих единомышленников. На одну архиерейскую кафедру назначались епископы одной и другой стороной. В свою очередь, священники, назначенные на приход одним епископом, не признавались другим.
18 ноября 1941 г. министр оккупированных территорий Розенберг направил рейхскомиссару Украины Э. Коху секретные инструкции, в которых рекомендовалось запретить церковным и сектантских деятелям и общинам заниматься политикой и делать публичные заявления. Епископы должны были стать, по сути, чиновниками, назначаемыми министерством оккупированных территорий Востока . Церковный организм должен был структурно соответствовать военно-административному делению Украины: каждому генеральному округу соответствовала церковная единица во главе с епископом. Допускалось, что возглавлять окружную епархию могли и два епископа, представлявшие две основные церкви на территории рейхскомиссариата — автокефальную и автономную. В своём директивном письме от 13 мая 1942 года на имя рейхскомиссаров Остланда и Украины Розенберг писал, что украинцы должны иметь свою, отдельную от русских Православную церковь, особо подчеркнув, что главным врагом германской политики расчленения России является Русская православная церковь .
Следуя указаниям Розенберга о поощрении антирусских настроений на Украине, немцы вначале сочувствовали автокефальникам. Вместе с тем, Эрих Кох опасался сильного украинского возрождения, в особенности после того, как в 1943 г. начало расти националистическое украинское партизанское движение. Следуя принципу «разделяй и властвуй», оккупационные власти решили не вмешиваться в церковные распри, которые были им выгодны. Начальник политического отдела рейхскомиссариата Украины Пальце так высказался по поводу наличия двух противостоящих друг другу церквей: «Власть в этот вопрос не вмешивается и будет лишь наблюдать, какой оборот примет этот вопрос в дальнейшем — это зависит от верующих в приходах» . В создавшейся обстановке Украинская автономная церковь развивалась и росла гораздо быстрее, чем автокефальная.
На Волыни, где находились оба церковных центра, и на Левобережной Украине у автономной церкви был несомненный перевес в районах, расположенных ближе к Почаевской лавре. Опорой автокефалистов были северо-западные районы.
Несмотря на каноническую незаконность статуса автокефальной церкви, усугубленную тем, что она приняли в свой клир без перерукоположений лжеклириков-самосвятов, иерархами этой Церкви в октябре 1942 г. была предпринята попытка объединиться с автономистами в лице митрополита Алексия, которая из-за противодействия большинства духовенства и верующих не удалась .
Первоначально немецкие власти положительно относились к идее объединения автокефальной и автономной церквей. По мнению нацистского руководства, в случае объединения автокефальная церковь стала бы канонической и потеряла бы свой национальный характер. Однако позже оккупанты, заинтересованные больше в разобщенности людей на оккупированной территории, чем в их единстве, пересмотрели свою позицию.
На исходе 1942 г. отношение немецких властей к двум церковным группировкам на Украине заметно изменилось. Общая стратегическая линия — разделять и властвовать на оккупированных землях — оставалась, конечно, неизменной, но прежняя ориентация на поддержку по преимуществу автокефалистов уступила место более благосклонному отношению к автономной церкви. Причина перемены была в том, что автокефалисты, тесно связанные с украинским политическим национализмом, постепенно превращались в силу, оппозиционную гитлеровскому режиму.
Германская политика сводилась к стремлению отделить республику от России, но не к созданию независимой Украины. Со временем украинские националисты начали вооруженную партизанскую борьбу одновременно и против оккупантов, и против красных партизан. С украинским националистическим партизанским движением поддерживали контакты автокефальные епископы Мстислав (Скрыпник) и Платон (Артемюк). Им сочувствовал и администратор Поликарп (Сикорский).
Автономная же церковь, объединившая людей искренней и глубокой религиозности, от начала до конца оккупации старалась держаться как можно более аполитично, и немецкие власти со временем стали считать ее более приемлемой для себя.
Среди жертв террористических актов партизан-националистов, связанных с автокефалистами, были и священнослужители автономной церкви, в которых самочинники видели хранителей традиций ненавистной им России. 7 мая 1943 г. украинскими партизанами-бендеровцами был убит глава автономной церкви митрополит Алексий (Громадский). Произошло это из-за того, что митрополита Алексия епископы автономной церкви поставили перед выбором: или отречься от объединения с автокефальной церковью, или отказаться от руководства автономной церковью. Митрополит Алексий предпочел отречься от сговора с «автокефалистами». Это решение стоило ему жизни .
В августе 1943 г., епископ автономной церкви Мануил (Тарнавский) был убит бендеровцами после разговора «с глазу на глаз» с епископом Мстиславом (Скрыпником). Кроме него ещё 27 священников автономной церкви, настроенных прорусски, были убиты украинскими националистами только на Волыни в течение лета 1943 года. В некоторых случаях были убиты также и члены их семей. Следствием террора был «внезапный» рост числа «автокефальных» приходов, в особенности на Волыни, где в течение 1943 г. более 600 приходов перешло в автокефальную церковь. В юрисдикции автономной церкви решались оставаться только приходы в городах, где террор был менее ощутимым.
К концу 1942 г. в автокефальной церкви было пятнадцать, а в автономной — шестнадцать правящих епископов. «Автокефальные» епископы сильно отличались от «автономных». Они активно занимались политической деятельностью и в своем поведении, одежде (вне богослужений) и речах походили скорее на светских деятелей. С другой стороны, почти все 16 епископов автономной церкви были настоящими монахами, многие из них отличались высокой духовной жизнью и аскетизмом .
Всего на бывшей советской части Украины было воссоздано 36 монастырей. Число их насельников превысило 2000 человек. Большинство обителей относилось к автономной церкви, и лишь два небольших монастыря на Волыни — Белевский и Дерманский — с 70 иноками перешли в 1943 г. к автокефалистам. Женские монастыри росли гораздо быстрее, чем мужские, так как немецкие власти запрещали пострижение мужчин рабочего возраста на том основании, что таким путем многие украинцы могли уклониться от трудовой повинности. Поэтому в восстановлении монастырей могли участвовать главным образом монахи, уцелевшие от гонений 20-30-х гг.
В 1943 г. автономная церковь вновь открыла семинарию в Кременце, которая была закрыта советскими властями в 1939 г. Автокефальная церковь хотела открыть в Киеве семинарию и духовную академию, но оккупационные власти этого не допустили. Тогда для пополнения духовенства епископ Никанор (Абрамович) организовал в Киеве проверочную комиссию из нескольких лиц, имевших богословское образование. Комиссия проверила 71 кандидата в священники, но главное пополнение шло через обучение кандидатов на краткосрочных курсах, продолжавшееся от одного до шести месяцев. Вскоре оккупационные власти запретили такие курсы, как запретили организацию среднего и высшего образования. В 1941–1942 гг. в начальных школах стали было вводить обучение Закону Божиему, но уже в следующем году его преподавание оккупационными властями было прекращено . Тогда автокефальная церковь дала распоряжение священникам собирать детей в церквах для обучения Закону Божиему. В других городах и автономная, и автокефальная церкви организовали пастырские курсы. В течение двух лет в автономной церкви было рукоположено более 400 священников и более 200 — в автокефальной .
Нацистские оккупационные власти, учитывая роль христианства в жизни населения, осуществляли небезуспешные попытки заручиться поддержкой духовенства. Этому содействовали весьма распространенные в его среде иллюзии относительно возможностей создания украинского государства под крылом рейха. Провозглашение акта о независимой Украинской державе (30 июня 1941 г. в Львове) было встречено с энтузиазмом и сопровождалось специальными посланиями и пастырскими письмами епископа Поликарпа Сикорского (УАПЦ) и митрополита Шептицкого (УГКЦ).