Вторым положением законопроекта было упразднение Римско-католической духовной коллегии и учреждение в качестве нового органа центрального управления административно-хозяйственными и финансовыми делами Съезда римско-католических епархиальных начальников. Непосредственная организация данного съезда и его исполнительного органа предоставлялась соглашению самих католических начальников.
В тесной связи с отношением к Римско-католической церкви новая государственная власть рассматривала и вопрос о положении униатов, общины которых действовали в ряде городов центральных губерний России и особенно много на Западной Украине. В пределах Российской империи Униатская церковь никогда не была официально признаваема, а императорское правительство всячески (материально, организационно и морально) поддерживало противоуниатскую деятельность государственной Российской православной церкви. В стремлении как можно скорее решить униатский вопрос, который для государства был политическим, а не церковным, подчас использовались и насилие, и административные меры в отношении инаковерующих. И это не было чем-то особенным для политики царской России в вероисповедных вопросах, которая в предшествующее время вся зиждилась на преследовании свободомыслия и инакомыслия, на всемерном ограничении инаковерия.
В годы революция 1905–1907 гг. российская общественность впервые смогла публично выразить мнение о политике государства в отношении униатов, о методах, с помощью которых происходило их «присоединение» к государственной Православной церкви в 1875 г. Как только в апреле 1905 года был опубликован Указ «Об укреплении начал веротерпимости», первый пункт которого гласил: «Признать, что отпадение от православной веры в другое христианское исповедание или вероучение не подлежит преследованию и не должно влечь за собою каких-либо невыгодных в отношении личных или гражданских прав последствий, причем отпавшее по достижении совершеннолетия от православия лицо признается принадлежащим к тому вероисповеданию или вероучению, которое оно для себя избрало» , так сразу же тысячи «воссоединенных» униатов стали переходить из православия в католичество. За 1905–1906 гг. таких набралось более 170 тысяч человек.
Характерное свидетельство об этом времени оставил в своих воспоминаниях митрополит Евлогий (Георгиевский). «При воссоединении, — писал он, — допущено было много ошибок. Не посчитались с народной душой. Вмешалась администрация: губернаторы, полиция… стали народ загонять в православие. Многие приходы переходили фиктивно; появились, так называемые »упорствующие« — лишь на бумаге православные люди, а по существу те же униаты. В условиях фиктивного воссоединения с православной церковью они лишь дичали, тянулись к католическому зарубежью, а с местными православными духовными властями ладили путем хитрых уловок. Иногда из Галиции перебегали к ним униатские священники и тайно, по ночам, их »окормляли«.
Об этом же писал и известный российский юрист А.Ф. Кони, которому довелось в конце ХIХ столетия защищать во время судебных процессов униатов. Он назвал «присоединение» униатов к православию в 1875 г. «административным миражом». Выяснилось, что гминные приговоры были составлены не только не добровольно, но явились результатом настойчивого давления и всяческого воздействия, до угроз включительно, со стороны ближайшего полицейского начальства. «Присоединенные униаты» продолжали сопротивляться этому присоединению и началось массовое их судебное преследование.
Былую позицию властей к Униатской церкви хорошо обрисовал секретарь Российской миссии в Ватикане Н.И. Бок, который неоднократно в своих обращениях весной 1917 г. в МИД России призывал к скорейшему разрешению этой застаревшей, но «самой жизнью поставленной ныне на очередь» проблемы. В частности, в письме к министру иностранных дел Временного правительства М.И. Терещенко он писал: «В прежнее время вопрос этот разрешался крайне просто. »Законодательство наше знает лишь римско-католиков и армяно-католиков, о греко-католиках оно не упоминает« — говорил Г. Менкин , закрывая униатские храмы и не допуская въезда в Россию русско-подданных католических священников из-за принадлежности их к восточному обряду. Довод, что фактические русские униаты существуют, и что поэтому следует определить положение их в России, не признавался убедительным. Все красноречие миссии оставалось втуне, вопросы ее принимались за риторические. Нынешнее правительство наше, как подтверждает отношение его к Шептицкому, не могло, конечно, остаться на прежней точке зрения и, очевидно, не преминет принять соответствующие решения для устройства униатских дел и создания их епархиального управления. Естественным для сего выходом казался бы путь соглашения с Ватиканом» .
Временное правительство последовательно шло по пути легализации Униатской церкви. Вслед за освобождением митрополита Андрея Шептицкого освобождались из тюрем и возвращались из ссылок униатские священники и верующие, арестованные и сосланные за принадлежность к униатству.
К слову сказать, освобождение Шептицкого в православной среде вызвало острое недовольство. Характерный эпизод об этом содержится в воспоминаниях члена Святейшего Синода протопресвитера Николая Любимова. Он передает слова товарища обер-прокурора А.В. Карташева в связи с сообщением о согласии австрийского правительства лишь посредством выкупа освободить от смертной казни православного священника Рыжова, находившего в пражской тюрьме за «государственную измену». «А мы-то, — записал в дневнике Любимов, — дураки, именно дураки, не только великодушно отпустили зловреднейшего пропагандиста Шептицкого, но чуть что не с великими почестями проводили его домой; не желали даже и обменять его на кого-либо из наших пленных. И вот за наше поистине дурацкое великодушие чем платят нам изверги-немцы» .
После освобождения Шептицкий получил от Временного правительства разрешение выехать на родину через нейтральную Швецию. Но прежде чем покинуть Россию он стремится организационно укрепить Униатскую церковь. В обеих столицах образуются униатские приходы, а затем они начинают действовать в Киеве, Могилеве, Одессе, Екатеринославле, Виннице и Каменец-Подольском.
В конце мая в Петрограде состоялся первый русский собор Греко-католической церкви и учрежден был экзархат Греко-католической церкви, во главе которого был поставлен протопресвитер Леонид Федоров. По настоятельной просьбе Андрея Шептицкого Временное правительство выдало Федорову специальное в том удостоверение.
Активность свою Андрей Шептицкий объяснял данными ему Пием Х полномочиями в отношении учреждения в России католицизма и униатства. Но подлинность этого утверждения остается до сих пор спорной из-за отсутствия документальных материалов. Тогда же отношение к Шептицкому было неоднозначным. Как неоднократно сообщал Н.И. Бок, Ватикан дистанцировался от политической деятельности Шептицкого, открыто не поддерживал его рьяных усилий по насаждению католицизма в России, ибо, как выразился однажды Бок, «на прививаемом им католицизме клеймо, если не австрофильства, то украинского сепаратизма, клеймо, дающее сильное оружие против католичества всем врагам его» . Да и русские католики за рубежом были «смущены» и «озадачены» тем, что Русскую церковь организовывал, подчинял себе духовенство и мирян подданный чуждого России государства — Австрии, сенатор вражеской монархии и глава политической партии, доброжелательство которой к России было весьма сомнительно.
Весна-лето 1917 года для Униатской церкви были периодом высшей активности: проводятся съезды, соборы, диспуты, образуются ордена, монашеские общины и приходы; зарождаются печатные издания; организуются встречи с представителями православных, старообрядческих, протестантских общин.
Шептицкий неоднократно обращался к новым властям с просьбой вернуть ему изъятый во Львове архив. На тот момент он хранился в здании Российской академии наук, перевезенный туда в дни февральской революции, когда толпа громила департамент полиции. На запрос правительства о состоянии архива и возможности его возвращения, секретарь Российской академии С.Ф. Ольденбург ответил: «архив не может быть выдан без предварительного тщательного его просмотра; даже… выдача нами графу Шептицкому каких-либо письменных удостоверений о возвращении архива и церковных капиталов представляется весьма рискованной,… если бы, однако, признано было возможным таковые удостоверения ему выдать, то следовало бы составить их в чрезвычайно осторожной форме и с соответствующими оговорками» .
Вопрос о формировании органов управления Униатской церкви и их государственного признания рассматривался Комиссией по делам Римско-Католической церкви. Последняя, исходя из того, что согласно вероучению католической церкви, на первое место выдвигается принцип полного единства догмы, а обрядовая сторона признается второстепенной, предложила следующее решение вопроса — распространить на Униатскую церковь те законодательные нормы, которые определяли деятельность и положение Католической церкви в России.
Предложение было реализовано включением в законопроект «Об изменении действующих законоположений по делам Римско-католической церкви в России» отдельного пункта (V), гласившего: «Действие законоположения по делам Римско-католической церкви в России распространяется на церковное управление этой церкви всех обрядов, с теми изъятиями, которые будут особо установлены для управления каждого из этих обрядов в законодательном порядке» .