Жестокая реальность жизни на захваченной фашистами земле — грабежи, насилие, расстрелы мирных жителей, — очень быстро изменила и саму атмосферу в Церкви. Чувство радости, характерное для первых месяцев войны, сменялось скорбью, ненавистью, страхом. Храмы заполнили слезы, страдания, боль.
В этих условиях «молчаливость пастыря», «его некасательство к переживаемому паствой», как писал митрополит Сергий (Страгородский), действительно становились невозможными. Перед духовенством встала проблема выбора. На оккупированной земле священник православной церкви оставался единственно «своей», национальной публичной фигурой, его храм единственным местом, связывающим и объединяющим население. Жизнь, обстоятельства делали священника пастырем в самом глубинном, первоначальном смысле этого слова. От него ждали не только утешения, от него ждали ответа на вопросы, «что делать?», «как жить дальше?». Но сначала он должен был эти же самые вопросы решить для себя сам.
Были священники, которые молились за Адольфа Гитлера, проявляя «ревность не по разуму», чтили власть оккупантов. Были откровенно предатели Родины. Были и такие, кто, не будучи героем, молился втайне о даровании победы русскому оружию, терпеливо ожидая встречи «со своими».
И все же патриотическое начало, присущее православию, стало определяющим для большинства духовенства на занятой немцами территории. Оно доминировало тем активнее, чем активнее проявляла себя дикая, бесчеловечная природа гитлеровского «нового порядка».
В укреплении этого внутреннего стержня — принадлежности к Родине, в придании патриотическому чувству действенного характера огромную роль сыграла патриотическая позиция Московской патриархии.
Самое раннее свидетельство об ознакомлении с обращением митрополита Сергия от 22 июня 1941г. духовенства оккупированной территории относится к июлю 1941г. Настоятелю Одрижинской Успенской церкви Пинской области Василию Копычко его передали партизаны. Несмотря на то, что фашисты расстреливали тех, у кого находили текст послания, отец Василий прочитал его прихожанам13.
Последующие обращения иерархов Московской патриархии с помощью партизан и подпольщиков передавались священникам, зачитывались в храмах и распространялись среди прихожан. И не только послания церковного руководства, но и Сводки Информбюро, информацию о положении в области, районе. Священники обращались к верующим с собственными патриотическими проповедями и даже открытыми призывами. Так, протоиерей Александр Романушко из Белорусского Полесья, вместо того, чтобы отпеть убитого полицая, при множестве народа и вооруженной охране заявил: «не наших молитв заслужил предлежащий во гробе. Он — изменник Родины. Вместо »Вечной памяти« произнесем же »Анафема«. Люди стояли как громом пораженные. А о. Александр, подойдя к полицаям, продолжал: »К вам, заблудшим, моя последняя просьба: искупите перед Богом и людьми свою вину и обратите свое оружие против тех, кто уничтожает наш народ, кто в могилы закапывает живых людей, а в Божиих храмах заживо сжигает верующих и священников"14.
Некоторые священники сами искали и устанавливали связь с партизанами. Для других это решалось до наивности просто. Так, Пинский подпольный обком докладывал в ЦК ВКП(б) в июне 1943 года: «попы деревень Дятловичи, Востынь, Лунинец, Лунин, Вулько Лунинецкого района в первые дни войны оказывали свои услуги немцам. Проведя разъяснительную работу с этим духовенством, партизаны доказали им, что, помогая немцам, они изменяют своему народу, родине и в этом случае не могут быть попами, а только предателями своего народа. После этого они начали работать против немцев — в пользу партизан». Далее в отчете — примеры выполнения «попами» заданий подпольного обкома15.
Православные храмы на оккупированной территории становились явками партизан и подпольщиков, местом хранения оружия и медикаментов, укрытием для раненых красноармейцев. Фактов активного участия духовенства в движении сопротивления множество, десятки из них после войны были награждены медалью «Партизану Великой Отечественной войны». Обобщенный же образ «партизанского попа» народная память сохранила в фольклоре военных лет: «Поп у нас объявился при немцах из наших же селян: служил, детей крестил, потом в партизаны ушел…Он шутник был. В церкви кадит перед немецкими солдатами-курощупами Им кадит, а нам подмигивает и нараспев говорит, как молитву:
— Господи помилуй, Господи помилуй, пришли эти привередники, пришли эти яйцеедники, Господи помилуй…
— Как были наши красные, жили люди согласные, а пришли германияки, кусаются, как собаки, Господи помилуй…
— Люди наши слушают да на ус мотают, а немцы не понимают, думают, что им акафист читает батюшка"16.
Вот такие «попы» через религиозную веру укрепляли и взращивали веру в Победу. Православные храмы и молитвенные дома становились не только местом утешения, и даже не только подпольными явками. На оккупированной территории они стали центрами формирования национального самосознания народа.
Учитывая патриотическую позицию Русской православной церкви, активно проявлявшуюся на советской и оккупированной территориях, а также внешнеполитические обстоятельства, И.В. Сталин сделал шаг навстречу Русской церкви. В ночь с 4 на 5 сентября 1943 г. он встретился в Кремле с представителями Московской патриархии. На встрече шел разговор о возрождении Церкви, о расширении ее патриотической деятельности.
Для обеспечения постоянной связи между государством и Церковью был создан специальный государственный орган — Совет по делам Русской православной церкви при СНК СССР. Его председателем был назначен полковник госбезопасности Г.Г. Карпов.
После восстановления в сентябре 1943 г. традиционной системы церковного управления — избрания патриарха и образования Синода — Патриархия активно начала формировать штат высшего духовенства. На Соборе 1943 г. присутствовало 19 архиереев (3 митрополита, 11 архиепископов, 5 епископов). К январю 1945 года епископат Церкви представляли уже 46 архиереев: 4 митрополита, 13 архиепископов, 29 епископов.
Епископат пополнялся, в том числе, и за счет бывших обновленцев, представителей других церковных расколов (григориане, истинно-православная церковь, иосифляне), заявлявших о своем раскаянии и стремлении воссоединиться с Православной церковью. Процесс формирования епископата, безусловно, находился под контролем Совета. Однако в годы войны вопрос о назначении решался в целом достаточно свободно. Отрицательное мнение Г.Г. Карпова при обсуждении той или иной кандидатуры было редким. Более распространенной была такая реакция Совета: «возражений со стороны Совета нет».
Особая ситуация складывалась в отношении иерархов бывших оккупированных территорий. Их судьба решалась другими органами, и патриарх мог только позволить себе поинтересоваться их участью. Как, например, во время встречи 24 февраля 1944 года, когда, как свидетельствует архивный источник: «Патриарх Сергий спросил Г. Карпова: »верны ли слухи об аресте в г. Чернигове архиепископа Симона Ивановского и в г. Нежине — Панкратия Гладкова?« — »Да, они арестованы как изменники Родины и пособники немецких оккупантов«.
Жизнь и деятельность Церкви находилась под бдительным оком государства. Совет, подчас, обладал более полной информацией об иерархах, чем церковное руководство. Активная деятельность таких епископов как Лука (Войно-Ясенецкий), Мануил (Лемешевский) и некоторых других вызывала беспокойство и недовольство власти. В августе 1944 года начальник Управления пропаганды и агитации ЦК ВКП(б) Г. Александров направил секретарю ЦК Г.М. Маленкову письмо архиепископа Луки (Войно-Ясенецкого) со следующим сопровождением: «В своем письме Войно-Ясенецкий выдвигает широкую программу активизации деятельности духовенства и непримиримой борьбы церковников против материализма. Письмо показывает, насколько далеко идут планы некоторых видных деятелей духовенства"17.
Патриарх Сергий, а в дальнейшем и патриарх Алексий (Симанский) в своих письмах, посланиях призывали наиболее активных иерархов к сдержанности, осторожности в своих действиях. Боязнь новых жертв, возвращения ужаса 30-х годов обостряло чувство самосохранения, заставляло не только не выходить за рамки дозволенного, но и беспрестанно благодарить советскую власть «за предоставленную свободу для всех религиозных обществ», сознательно идти на заведомую ложь, преувеличивая благополучие церкви в стране.
В свою очередь, высший епископат Православной церкви был включен в систему отношений и «традиций» советской номенклатуры. Одаривание руководства патриархии стало частью церковной политики И. Сталина. С осени 1943 года на церковное руководство как из рога изобилия падали различные блага: квартиры, машины, «подарки», дачи, возможность отдыха и лечения в лучших санаториях страны. Руководство Московской патриархии принимало дорогие подарки с признательностью и удовольствием, рассматривая эти знаки внимания как своего рода оценку своей деятельности со стороны правительства.
Иерархи Русской православной церкви с благодарностью принимали и правительственные награды — патриарх Алексий был в 1943 году награжден медалью «За оборону Ленинграда», митрополит Николай — медалью «За оборону Москвы» в 1944 году.