Всего, по данным Совета, на оккупированной территории под молитвенные цели было занято 1701 общественное здание. После войны 1150 зданий было изъято у Церкви. Складывалась парадоксальная ситуация — ходатайства верующих продолжали поступать, но в большинстве своем они не удовлетворялись; здания действующих храмов изымались, но в то же время на август 1945 г. было учтено 2953 непереоборудованных и незанятых культовых зданий. И однако власти не спешили их предоставить верующим.
И все же за период Великой Отечественной войны численность православных церквей и молитвенных домов в стране значительно увеличилась: на 1 октября 1943 г. Советом было учтено 9829 церквей; на 1 октября 1945 г. — 10358. Абсолютное их большинство (7405) было открыто на оккупированной территории; 3021 храм не прекращал своей деятельности в стране.
В связи с резким увеличением численности православных храмов, формированием новых епархий перед Московской патриархией остро встал кадровый вопрос. По рекомендации Г.Г. Карпова Синод назначал епископов в «первую очередь» в епархии на освобожденной от немцев территории, а затем уже в тыловых епархиях. Многие епископские кафедры восточной части страны оставались незамещенными. Некоторым епископам приходилось брать «под свое водительство» приходы двух, а то и трех областей.
Также остро стояла проблема с кадрами рядовых священнослужителей. В ее решении патриархия опиралась на поддержку правительства. Бывшие служители культа при согласии вернуться к церковной службе демобилизовывались из действующей армии; во вновь открывавшиеся храмы приглашались бывшие священники, ушедшие в свое время на работу в государственные учреждения; возвращались в лоно патриаршей церкви обновленческие священнослужители; приглашались и «благочестивые миряне», желавшие принять духовный сан и служить церкви; духовенство освобождалось от мобилизации в действующую армию.
В годы Великой Отечественной воины священник, настоятель прихода становится достаточно заметной и значимой фигурой, особенно в сельской местности. Телеграммы на имя Сталина с информацией о суммах, сданных приходом в Фонд Обороны, печатались в местных газетах, в официальном издании Церкви — «Журнале Московской патриархии». Ответная телеграмма за подписью И. Сталина делала прежнего «мракобеса» и «реакционера» героем дня, местной знаменитостью, вызывала новый патриотический подъем. Не случайно Г.Г. Карпов докладывал в правительство и в ЦК, что некоторые священнослужители рассматривают свою деятельность как деятельность государственного значения, они считают, что «церковь стала составной частью государства» («церковное дело — государственное дело») и от местных властей требуют соответствующего отношения ко всему, что связано с жизнью церковной общины.
Со своей стороны, Московская патриархия была озабочена низким уровнем богословского образования приходского духовенства, особенно сельского — отсутствие проповеднической работы, уклонение от богослужебных норм, применение общей исповеди, обливание при крещении взрослых и пр. Поведение отдельных представителей духовенства, в том числе и аморальные поступки, также вызывали жалобы. Особенно частыми стали конфликты между священником и церковным советом после принятия Поместным Собором положения об управлении Церковью, по которому настоятель прихода получил право доступа к церковной кассе.
Некоторые епископы своими силами пытались повысить образовательный и моральный уровень приходского духовенства. Они распространяли по приходам так называемые «Памятки пастырю», объезжали церкви и молитвенные дома епархии с «поучениями», организовывали краткосрочные курсы повышения квалификации священнослужителей.
В решении кадровой проблемы Московская патриархия большие надежды возлагала на духовные учебные заведения. Разрешению этой проблемы всемерную помощь оказывал Карпов, который в одном из выступлений перед членами Совета говорил: «Церковь нуждается в кадрах. Подготовка новых священнослужителей несколько освежит и даст возможность иметь молодой состав, который родился и обжился в условиях советской современной обстановки. Они не вкусили ту психологию, мораль, политику, которая была в период монархизма». Существовала, по признанию Карпова, еще одна цель, «узкая» — использовать новые кадры для выхода церкви на международную арену"23. Кроме Москвы, разрешено было открыть богословско-пастырские курсы в Саратове, Киеве, Ленинграде, Львове, Луцке, Минске, Одессе, Ставрополе.
В годы Великой Отечественной войны Московская патриархия возобновила издательскую деятельность. С осени 1943 года начался выпуск «Журнала Московской патриархии», в этом году вышло 4 номера. Регулярно с 1944 года издавались стенные и настольные православные календари, молитвы, венчики и другая богослужебная литература. Это имело значение для повышения авторитета Церкви внутри страны и на международной арене.
К концу войны в юрисдикции Московской патриархии находились 75 монастырей (29 из них вновь было открыто в период оккупации). По ходатайству патриархии и при поддержке Совета правительство СССР в особом постановлении предложило СНК республик, на территории которых имелись монастыри, «впредь до особых указаний не препятствовать их деятельности и сохранить за ними занимаемые ими жилые и служебные помещения, находящиеся в их пользовании земли, скот, сельскохозяйственный инвентарь и подсобные мастерские».
Весной-осенью 1944 года по предложениям Совета Наркомфин СССР принял ряд поправок в существующий порядок налогообложения религиозных организаций и духовенства. В частности, запрещено было взимать налоги и страховки с недействующих церквей; был установлен порядок обложения подоходным налогом преподавателей духовных учебных заведений и лиц, работающих в религиозных обществах по найму; было принято решение об освобождении служителей культа, проживающих в сельской местности, от поставок мяса, яиц, если у них не было скота и птицы.
Вопрос о налогообложении духовенства решался сложно. Дело в том, что такая категория налогоплательщиков вообще отсутствовала в перечне, предусмотренном Указом Президиума Верховного Совета СССР «О подоходном налоге с населения» от 30 апреля 1943 года. В апреле 1944 года Наркомфин разослал на места Циркулярное письмо, согласно которому священнослужители при обложении налогами относились к некооперированным кустарям по ст. 19 этого Указа, Но жалобы с мест не прекращались. В ноябре 1944 года по заданию Совета уполномоченными различных областей было произведено обследование 66 православных приходов «в целях установления существующего порядка законности обложения духовенства подоходным и военным налогами». Раскрылись многочисленные факты переобложения духовенства местными финансовыми органами.
Результатом изучения этого вопроса была рекомендация Московской патриархии о необходимости разработки системы учета доходов священников, а также рекомендация в адрес Наркомфина СССР о «целесообразности установления для духовенства особой группы плательщиков, а не приравнивать духовенство к некооперированным кустарям"24.
В целом в годы Великой Отечественной войны материальное положение Церкви заметно окрепло. Доходы церкви росли. Это позволило ей значительно увеличить патриотические взносы в Фонд обороны. Увеличивающиеся взносы церкви — это не только свидетельство патриотизма советских граждан. Это еще и свидетельство растущей религиозности населения. Храмы неизменно собирали большое количество верующих. В дни религиозных праздников церкви не могли вместить всех желающих. Об этом уполномоченные Совета всех регионов постоянно информировали Совет, а он, в свою очередь, правительство СССР и ЦК партии. Только в Москве на пасхальных службах в апреле 1944 года присутствовало по данным Совета 148 тысяч человек, в том числе, представители офицерского и рядового состава. Из месяца в месяц увеличивалось число учтенных религиозных обрядов. Например, в г. Свердловске в январе-феврале 1945 года было зарегистрировано 179 крещений, в марте — 152, в апреле — 187, в мае — 229. В одном только храме города Куйбышева количество церковных браков в 1943 г. составило 139, в 1944 году — 403, в 1945 — 867; число крещений в 1944 году -20403, в 1945г.-22045.
Существенные изменения в государственно-церковных отношениях в военные годы делали необходимым внесение изменений в действующие акты, касавшиеся религиозных объединений. Руководство Совета придерживалось мнения о необходимости принятия нового Закона, призванного регулировать государственно-церковные отношения в новых исторических условиях. Уже на заседании Совета 3 декабря 1943 года юрисконсульту Совета было поручено подготовить соответствующие предложения: «1. а) пересмотреть закон 1929 года в целом … изучить, что отменяется полностью, что видоизменяется, что сохраняется в прежнем виде; б) составить на основании этой работы проект нового постановления СНК. 2. Подготовить вопрос о юридических правах церкви. Внести изменения в ч. II. п. 6; ч. III. п. 9 и целиком в пп. 10 и 12 Декрета »Об отделении церкви от государства и школы от церкви«.
По итогам проделанной работы, в январе 1944 г. Карпов представил в проект союзного закона «О положении церкви в СССР». Однако правительство не пошло на изменение законодательства.
Таким образом, война с фашистской Германией оказалась — как это ни парадоксально — спасением для Русской православной церкви. Война заставила власть отказаться от антирелигиозной политики и признать религиозный фактор одним из составляющих Победы над Германией. Результаты войны с необходимостью поставили пред нею задачу возрождения Церкви в стране.