В Нидерландах сложилась иная ситуация. В XVI веке Нидерланды, наряду с другими германскими странами, оказались охвачены движением Реформации, и если в Бельгии пылал костер католический нетерпимости, то в Голландии и Зеландии единственным дозволенным религиозным культом стало протестантство в форме кальвинизма.
Так называемый религиозный мир в Антверпене (1578 г.), казалось, должен был положить конец религиозной вражде, признав за католиками ту же свободу отправления культа, что и за кальвинистами. Однако последние заявили, что их привилегии нарушены. В результате семь евангелических провинций в 1579 году создали Утрехтский союз, положивший начало протестантской республике. Католики же при поддержке Габсбургов создали Арраский союз. Однако статус-кво сохранялся недолго. Шаткое положение католиков в Голландии, обусловленное их симпатиями в отношении католической Испании, а также отсутствие официальной церкви в государстве привели к тому, что, начиная с 1579 года, в Голландии начинает действовать серия ордонансов против католиков. Таким образом, впервые в Европе на государственном уровне были закреплены доминирующие права протестантов. В условиях властвования в Европе католицизма это стало ярким примером проявления свободы вероисповедания.
К концу XVI века протестантская Голландия была, наряду с Чешскими землями, своеобразным «островом спасения» для беглецов от римского католицизма, ортодоксального англиканства, шотландского пресвитериализма. Здесь находили убежище многие философы, мыслители.
Во французской общественной мысли второй половины XVI века вопрос свободы совести занимал значительное место потому, что с началом гражданской войны во Франции религиозные противоречия приобрели политическую окраску. Проблема веротерпимости имела огромное значение для идеологов партии «политиков», большинство из которых были гуманистами, католиками, но стремились к достижению религиозного согласия в обществе.
Канцлер М. де Лопиталь, видный политический деятель Франции того времени, в своей деятельности утверждал принципы свободы совести в сфере идеологии и веротерпимости в политике. Объясняя свою позицию по религиозному вопросу. Лопиталь ссылался на естественное право, обосновывая свободу совести как нечто независящее от «законов людей». Для Лопиталя без свободы духовной немыслимо подлинное благочестие, без духовного раскрепощения, без свободы выбора немыслима и подлинная религиозность. Как политик канцлер предполагал предоставление всех гражданских прав инаковерующим и сохранение их за ними. Он также не видел необходимости защищать господствующую религию, что, по сути, отделяло церковь от государства. По мнению Лопиталя, отсутствие терпимости изменяет характер власти, превращая государя в тирана. «Государство не может приобщаться к религии, проливая потоки крови и проявляя жестокость», — настаивал Лопиталь. Таким образом, Лопиталь однозначно полагал, что государство не может вмешиваться в дела совести, но обязано охранять права всех граждан независимо от их вероисповедания и гарантировать им защиту от преследований. То есть, он переносит проблему свободы совести из рамок этики в рамки политики и права.
Развитие гражданской войны во Франции привело к пониманию недопустимости насилия по отношению к инакомыслящим, но, в свою очередь, перед политическими и общественными деятелями встала дилемма: признать абсолютную свободу совести либо отстаивать единую религию. Однако очевиден тот факт, что уровень развития общества делал невозможным достижение духовной и религиозной свободы. Например, Л. Леруа, рассматривавший религию как формообразующий элемент государства, не считл христианство идеальной религией, напротив — источником политических столкновений и противоречий. Жан Боден — крупный политический деятель XVI века — разделял религию в государственной политике и индивидуальное религиозное сознание человека. Религия, по его мнению, нравственная основа общества и государства, но последнее не должно насаждать ее насильно, но обязано вмешиваться в религиозные расколы и ликвидировать их в целях стабильности всего общества. Таким образом, он стремился разрешить существующую дилемму — власть обязана пресекать религиозные распри, в случае невозможности этого, должен срабатывать принцип веротерпимости, при этом принуждение в делах совести абсолютно недопустимо. Кроме того, Боден полагал, что разные религиозные убеждения не могут служить препятствием для интеллектуального и бытового общения и сосуществования людей.
Одной из значительных фигур в плеяде мыслителей XVII века был Джон Локк (1632–1704), английский философ, бежавший из Англии от папистской реакции. Именно в Голландии Локк пишет свои знаменитые письма о веротерпимости, рассматривая свободу совести через отношение к Богу и церкви. Более того, Локк ставит вопрос о свободе совести во всей его современной широте, с учетом всех внутренних противоречий.
Локк пишет: «То, что открыл Бог, есть достоверная истина, по отношению к которой не может быть места никаким сомнениям». Однако он рассматривает Бога шире, нежели догматическая Католическая церковь: «…есть вечное, всемогущее и всеведущее существо. Не важно, буду ли Его называть »Богом«, очевидно само бытие Его». Говоря о свободе совести, Локк настаивает на том, что ее признание не приведет к установлению анархии, наоборот, терпимость лишь усилит общественную интеграцию, так как «благодарность граждан, чувствующих, что им позволено жить по велению их совести, выливается в лояльность по отношению к терпимому государству». В то же время, отдавая дань требованиям эпохи, Локк, допуская свободу вероисповедания для католиков и право не придерживаться никакой веры для атеистов, не предполагал предоставления им всей полноты гражданских прав. Первым — за участие в феодальных заговорах, вторым — за отрицание существования Бога.
Другой английский философ-материалист Джон Толанд (1678–1722), младший современник Локка, в противоположность ему полагал, что атеизм предпочтительнее суеверий и имеет бесспорные достоинства в системе общественных и мировоззренческих ценностей. Таким образом, лозунг свободы совести Толанд относил не только к верующим, но и к атеистам.
Французская школа мыслителей, как уже говорилось, впервые вынесла свободу совести из рамок религиозных интересов в рамки гражданских прав и свобод личности.
Французский философ Пьер Бейль (1647–1706) настаивал, что свободу совести следует понимать не только как право исповедывать любую религию, но и как право не верить в Бога вообще.
К концу XVII века принцип равенства всех религий получает отражение в законодательстве ряда европейских государств, в основном тех, кого коснулась Реформация. В 1689 году в Англии королем был подписан Акт о терпимости, последствия которого для общества были весьма скромные: он распространялся только на протестантов, веривших в Троицу, их религиозные собрания легализировались при условии, что их места официально зарегистрированы. Католики преследовались по-прежнему, вплоть до 1832 года, принадлежность к католической церкви считалась государственной изменой. До сих пор права католиков в Англии в некоторой степени ограничены, а религиозная свобода базируется на законодательстве XVII-XIX веков, так как единая конституция в стране отсутствует.
Во Франции Эдикт о терпимости был подписан Людовиком XIV лишь в 1785 г. Эдикт обязывал не отказывать людям в их основных правах по причине принадлежности к некатолическим конфессиям. А в 1789 г. в период Великой Французской революции была принята Декларация прав человека и гражданина, десятый параграф которой постановлял: «Никто не должен испытывать стеснений в выражении своих мнений, даже религиозных, поскольку это выражение не нарушает общественного порядка, установленного законом».
Бельгия не знала религиозной терпимости до 1781 года (Барриерский трактат), когда Испания и Голландия заключили между собой перемирие: голландские протестанты при проезде через Бельгию получили право отправлять свое богослужение, равно как и голландские солдаты в рядах бельгийского гарнизона.
В Германии свобода совести была закреплена законодательно только после объединения в 1870 году. До этого момента в большинстве королевств, герцогств, земель имелись официальные церкви, а неофициальные подвергались всяческим притеснениям. Хотя еще Фридрих Великий четко выразил свою позицию в отношении свободы совести: «В моем королевстве каждый может спасать свою душу так, как считает нужным». Однако до середины XX века определенные ограничения накладывались на неофициальные церкви.
Уникальная в смысле отношения к церкви и религии ситуация сложилась в Испании. Традиционные глубокие и тесные связи государства и церкви сохранялись здесь до XX века. Все испанские конституции (1812, 1837, 1869 и 1876 годов), включая конституцию Первой испанской республики объявляли католицизм официальной религией, поэтому проблема свободы вероисповедания не существовала в Испании до середины XX века.
С особым вниманием взглянуть на проблемы обеспечения свободы совести заставила страны Европы вторая мировая война.
Еще в 1948 году, потрясенные недавней войной, Объединенные Нации «принимая во внимание, что пренебрежение и презрение к правам человека привели к варварским актам, которые возмущают совесть человечества, и что создание такого мира, в котором люди будут иметь свободу слова и убеждений и будут свободны от страха и нужды, провозглашено как высокое стремление людей» провозгласили Всеобщую декларацию прав человека.
Статья 18 Декларации устанавливала, что каждый человек имеет право на свободу мысли, совести и религии. Это право, во-первых, включает свободу менять свою религию или убеждения — здесь можно видеть отголоски проблем прошлого — и свободу исповедывать свою религию или убеждения как единолично, так и сообща с другими, публичным или частным порядком, в учении, богослужении и выполнении религиозных и ритуальных порядков.