За девять лет до своей кончины о. Алексей вышел за штат и передал свое место о. Павлу Вигилянскому, женатому на его внучке от старшей дочери Надежды. Передав свое место, он передал также и все заботы по дому и хозяйству о. Павлу и уже больше не входил в них. Сам он перешел в малую келью, построенную под одной крышей с домом. В келье этой было одно окно, всегда занавешенное, которое выходило к церкви. Удалив от себя всякие мирские хлопоты, о. Алексей предался молитвенному подвигу. Домашние не тревожили его в уединении и приходили только в тех редких случаях, когда требовались их услуги.
На вид о. Алексей в это время был совсем дряхлым и согбенным старцем. Лицом своим, как говорят, он был очень похож на преподобного Серафима. Глаза светились миром и любовью, какой-то внутренней духовной радостью и словно озаряли все вокруг него. Взор у него был проникновенный. Казалось, что он насквозь видел каждого человека и читал в его душе самые сокровенные мысли. Роста о. Алексей был небольшого и очень худ. Голос у него был тихий и мягкий, как в обыденной жизни, так и при совершении службы Божией. В одежде он придерживался крайней простоты и суровости, как и вообще во всей своей обстановке. Белье носил из простого крестьянского холста; рясы он почти не надевал, а ходил в полукафтане из нанки. Последние тридцать лет своей жизни он совсем не ходил в баню, а под конец носил власяницу, в которой его и похоронили по его желанию. Спал он на жестком войлоке; ходил постоянно в лаптях, а сапоги надевал только в храм Божий. К старости от долгих молитвенных стояний у него сильно болели и пухли ноги, и он дома иногда ходил в вязанках. В маленькой убогой келье его были только небольшая печь, жесткая постель; стол с несколькими стульями и аналой, поставленный перед образом с теплящейся лампадкой.
Главным занятием его была молитва и совершение служб церковных. По заповеди апостольской о. Алексей молился непрестанно. Он и раньше придерживался монастырских уставов и келейных правил, а тут, с переходом в келью, он уже со всей строгостью мог исполнять их. В какое бы время ни входили к нему, его всегда заставали молящимся. Служил о. Алексей почти каждый день даже и тогда, когда вышел за штат. Уставов он не любил сокращать и всегда строго относился к небрежности в службе. Пищу вкушал только один раз в день. Мяса не употреблял совсем. По средам и пятницам не вкушал ничего горячего; строго соблюдал посты и во время постов не вкушал ни рыбы, ни масла. В первую и последнюю неделю Великого поста никто в доме не знал, чем он питался; в эти дни, по его приказанию, ему вовсе не приносили никакой пищи.
Так велика была его вера и любовь ко Всемогущему Богу, так глубоки и искренни были его молитвы, что враг рода человеческого, по своей исконной злобе к Богу и людям, не мог оставить его в покое и посылал ему многие искушения. Про искушения эти о. Алексей рассказывал игумений Марии, и вот что ею было записано с его слов: во время ночных молитв и поклонов враг так сильно смущал его, что приподымал от земли и сильно ударял об пол, и только Божие подкрепление и защита хранили его. Когда же, по немощи телесной, он успокаивался сном, то и тут бесы не оставляли его разными видениями; например, толкали его и кричали: "Что ты спишь? Царь едет", или: "Пожар у тебя в келье, и ты погибнешь", или: "Воры расхитят все у тебя!" Каждый раз, пробуждаясь от таких видений, праведный иерей творил поклоны или читал Псалтирь и тем укреплял телесную немощь. В собственных записках о. Алексея есть такие слова: "Попусти Бог на мя искушение и множество многое дьяволов снидеся; едва-едва мог именем Господа Бога моего избавитися от них. И литургию едва мог отправити, сопротивляхся им и заступи мя Пречистая Богородица Владычица и святые Ангелы и угодники Христовы, а, впрочем, что скорбей и болезней от злых диаволов принял, также нощных злых видений Божиим попущением за грехи мои тяжкие, но милостию Божиею спасен был". Однажды, измученный диавольскими искушениями, о. Алексей молился перед образом Спасителя, чтобы Господь разлучил его душу с телом. В ответ на эту молитву о. Алексей увидал, что образ Спасителя прослезился, и услыхал голос, который обещал ему венец праведный.
Как сам о. Алексей молитвой и постом отгонял от себя искушения, так он и других всю жизнь учил бороться с ними и твердо верить в помощь Божию. Вот какими словами поучал он, например, игумению Марию в одном своем письме к ней: "Терпи и надейся получить помощь Божию, а с ней можешь победить и все восстания врага душ человеческих. Не было бы искушений, не было бы венцов. Воина за то венчают, что он грудью стоит против врага за свое отечество. Враг же души нашей гораздо опасней всех тех врагов, которые бывают в обыкновенном сражении".
Предавшись посту и молитве, о. Алексей последние годы своей жизни никуда не ходил, кроме храма Божия, и все время пребывал в своей келье. До выхода заштат, о. Алексею много приходилось ездить по приходу и исполнять всевозможные требы, и ездил он ко всем с великой радостью и готовностью. Ходить же в гости он не любил, не любил праздно проводить время, не любил праздных разговоров и всегда отказывался от всяких приглашений. Бывал он только, да и то в самых крайних случаях, у своей внучки, у сына Льва (бездетного священника в соседнем селе) и в барском доме у помещика села Бортсурманы Д. С. Пазухина, которого он очень любил и уважал.
Сам помещик и вся его семья в свою очередь глубоко почитали о. Алексея, преклонялись перед его многотрудной и святой жизнью и оказывали ему всякое внимание и почтение. Уважали и глубоко почитали его и многие другие помещики, не только из его округи, но и из соседних губерний; ездили к нему, писали ему письма, просили его благословения, совета, его святых молитв. Все, кто только знал его, признавали его за великого угодника, молитвенника и целителя.
И немудрено, что шла такая молва о нем.
Вот примеры чудесных исцелений. В сороковых годах XIX века в городе Курмыше жили муж с женой Растригины. У них была дочь Татьяна, которая с рождения не владела ногами. Они у нее были сухими. Наслышавшись много про святость о. Алексея, родители решили отправиться к нему и попросить его помолиться о ребенке. Девочке в это время было шесть лет. Несмотря на то, что сам Растригин был человек состоятельный (он торговал красным лесом и держал паром на реке Суре) и мог бы нанять лошадей, жена его из усердия отправилась в Бортсурманы (двадцать пять верст от Курмыша) пешком, неся всю дорогу ребенка на руках. В Бортсурманы пришли они уже к вечеру. Когда вошли в келью к о. Алексею, он тут же назвал девочку по имени, хотя видел ее первый раз в жизни, положил руку ей на голову, благословил их обеих и помолился с ними. На другое утро опять помолился и помазал больные ноги ребенка маслом из горящей перед образом лампадки. Благословив, он отпустил их, сказав, что будет молиться о них.
Когда Растригина со своею дочерью отошла двенадцать верст от Бортсурман, девочка стала просить спустить ее на землю. Хорошо знала мать, что дочка не может сама двигаться, и так ей стало горько от ее просьбы, что она даже заплакала; но все-таки спустила девочку на землю. К великому удивлению своему, она увидала, что дочка ее, слабо шевеля ножками, поползла вперед. Вскоре она опять взяла ее на руки, но несколько раз по просьбе ее спускала на землю, и каждый раз девочка все лучше и лучше владела ногами. Когда же они пришли в Курмыш, то девочка, уже совсем твердо стоя на ногах, вошла к себе в дом.
Приблизительно в то же время жил в городе Курмыше один рыбак, Лука Шулаев. Раз как-то ему в руку вошел крючок от удочки. Рука сильно вспухла и разболелась. Его уговаривали идти к доктору, но он все отказывался. Стало ему очень плохо, день ото дня все хуже; он решился, наконец, последовать доброму совету и отправился к доктору. Доктор, увидев его руку, сказал ему, что он пришел слишком поздно и что теперь ему ничем нельзя помочь. Тогда он в страхе пошел в Бортсурманы к о. Алексею и попросил его помолиться о себе. В ту же ночь он увидел во сне, будто к нему подбежала крыса и выкусила все то место, куда вошел крючок, наутро он проснулся здоровым.
Умер в приходе о. Алексея мальчик. Родители души в нем не чаяли, и все в селе любили его. Неделю не хоронили его, пока не показались признаки разложения. Тогда принесли в церковь гробик и началось отпевание. От слез о. Алексей едва мог служить, а певчие петь.
Отец Алексей стоял в алтаре перед престолом с высоко поднятыми руками и с дерзновением взывал к Богу: "Боже мой, Боже мой, Ты видишь, что нет у меня сил дать отроку сему последнего целования. Не попусти же меня, старца, раба Твоего, иерея, уйти из храма сего посрамленным, да не посмеется надо мною, служителем Твоим, враг рода человеческого, что я, по немощи своей, прервал требу сию... Внемли стенанию и плачу народа Твоего, внемли страданиям родительского сердца, внемли моему старческому иерейскому прошению... Не отнимай от нас отрока, Тобою нам данного во исправление, для вразумления, для прославления Имени Твоего Святаго... Не Ты ли, Господи, сказал, что дашь нам все, о чем мы с верою будем просить Тебя. Не Ты ли, Милосердный, сказал нам: просите и дастся вам... О, Боже Праведный, в храме сем нет никого, кто бы смог подойти к отроку сему с целованием последним... Нет этих сил и у меня, старца, Боже наш, помилуй нас, услыши нас, Господь наш и Бог наш..."
И вдруг в алтаре все стихло.
Несколько мгновений спустя священник упал на колени и все услышали: "Так, Господи, так, но воскреси же отрока сего, ибо Ты все можешь... по смирению, а не по гордости дерзаю..."
И вслед за этим раздался пронзительный крик.
Оглянувшись, священник увидел, что мальчик сидит в гробу и смотрит по сторонам. Отец Алексей снова встал на колени перед престолом, чтобы поблагодарить Бога за совершенное чудо, а затем, опираясь на руку диакона, молча подошел ко гробу.