В 1911 году праздновалось пятидесятилетие миссионерской деятельности святителя Николая. К тому времени в 266 общинах Японской Православной Церкви насчитывалось 33017 христиан, 1 архиепископ, 1 епископ, 35 священников, 6 диаконов, 14 учителей пения и 116 проповедников-катехизаторов. За время своего служения Николай Японский приезжал в Россию дважды, на короткий срок. В его дневнике описана встреча с философом и поэтом Владимиром Соловьевым, который признался ему, что хочет постричься в монахи и провести некоторое время в японской миссии. "Я прямо стал отсоветовать ему монашество, - пишет Николай, - на том основании, что и для Церкви полезней, если он, стоя вне духовенства, будет писать в пользу Церкви." Он также беседовал с Ф.М.Достоевским: "Вернувшись, у Преосвященного Алексия встретил знаменитого писателя Федора Михайловича Достоевского. Уверения его о нигилистах, что скоро совсем переродятся в религиозных людей и теперь-де из пределов экономических вышли на нравственную почву; о Японии: "Это желтое племя, нет ли особенностей при принятии христианства? Лицо резкое, типичное, глаза гордые, хрипота в голосе и кашель, кажется, чахоточный". Есть в дневнике резкое суждение о царе и его духовнике Бажанове: "Царский поп, этот отец, ставит себя на такую высоту, что и с архиереями служить не хочет, чтобы не стоять-де ниже их! Уж в этом одном факте высказываются и поп царя, да и сам царь : недаром, стало быть, бьют царей, ставящих себя вне законов Божьих. Пусть справляются своими и своих попов законами, коли не хотят знать законов Христа Спасителя и Его Церкви!". Дневники Николая Японского 25 лет назад обнаружил в архиве японский профессор Кэнносукэ Накамура во время своей командировки в СССР, в Ленинград. В течение последующих лет он расшифровал и напечатал эти рукописи, при этом подчеркнув: "Святитель Николай - наиболее известный русский в Японии".
Дневники теперь опубликованы в Японии в издании Хакодатского университета, именно на том самом острове Хоккайдо, где начал свое служение Николай Японский. Отца Николая мы можем назвать одним из первых русских японистов, он активно печатал свои исследования, касающиеся культуры Японии, ее истории в таких изданиях как "Русский вестник", "Морской сборник" и других. В 1872 году Николай Японский переехал из Хакодатэ в Токио. А в 1891 году в Токио появился храм Светлого Воскресения Христова. Этот храм был построен по проекту архитектора Щурупова и освящен в 1892 году. Православная миссия занималась изданием различных журналов на японском языке - "Подкладка из парчи", "Православные вести" и другие, в которых печатались тексты не только религиозного характера, но и произведения русской литературы. В частности, переводы с русского на японский Короленко, Горького, Пушкина, Толстого. Я исследовал письма, которые еще не были опубликованы ни в Японии, ни в России, они находятся в архиве знаменитого собора Воскресения Христова или, как его называют японцы, Никорай-до. Это переписка между Николаем Японским и японским священником, катехизатором Иоанном Сакая. Письма датированы 1904-1912 годами. Они показывают действие русской духовной миссии, катехизацию, постройку православных храмов. Эти письма написаны на японском языке. Идея-то была, чтобы в Японии была не Русская Православная Церковь, а Японская Православная Церковь, что, в конце концов, и получилось.
Николай Японский скончался в Токио 3 февраля 1912 года. Японцы (не только православные) любили и чтили его, память о нем жива до сих пор. Во время русско-японской войны отец Николай не уехал на родину, он как мог, помогал русским пленным, а своим духовным детям-японцам говорил: "Делайте то, чего требует от вас любовь к отечеству, но помните, что "есть еще Отечество Небесное. К нему принадлежат люди без различия народностей, потому что все - дети Отца Небесного и братья".