К деятельности Духовного Управления относится: рассмотрение и утверждение планов текущей деятельности церкви; принятие годового бюджета ее и утверждение отчета об исполнении бюджета; принятие решения об исключении религиозного объединения из членов; утверждение штатного расписания, должностных инструкций и должностных окладов работников; создание организаций и учреждений, являющихся религиозными организациями, в том числе учреждений профессионального религиозного образования (духовных образовательных учреждений), обителей (монастырей, скитов, подворий и др.), братств, сестричеств и проч., открытие представительств церкви, учреждение некоммерческих организаций, хозяйственных обществ, средств массовой информации, издательств религиознопросветительской и богослужебной литературы, создание внутренних структурных подразделений, отделов, управлений.
Именно Духовное Управление обязано ежегодно информировать зарегистрировавший церковь орган о продолжении своей деятельности с указанием сведений, включаемых в единый государственный реестр, а также уведомлять регистрирующий орган об изменении указанных сведений.
Назначаемые заместители Главы Духовного Управления занимаются решением вопросов, связанных с административнохозяйственной работой, с социальным служением и благотворительностью, духовнопросветительской деятельностью, религиознообразовательной и с иными сферами деятельности церкви.
Для проведения проверок по финансовохозяйственной деятельности и учета материальных ценностей Собором Епископов Церкви назначается ревизионная комиссия в составе трех человек. Она создается для проверки правильности использования средств и наличия имущества.
Средства церкви формируются за счет: пожертвований и вкладов религиозных объединений (обителей и учреждений, входящих в структуру церкви; добровольных пожертвований организаций и граждан, в т.ч. иностранных; доходов от издательской и другой предпринимательской деятельности; имущества, переданного в собственность церкви государством; имущества, завещанного церкви гражданами; других источников, не запрещенных действующим законодательством).
Средства церкви расходуются на возмещение материальных затрат, связанных с осуществлением уставной деятельности, приобретение необходимого имущества, строительство культовых зданий и сооружений, благотворительные и другие, не противоречащие настоящему Уставу, цели, на оплату труда работников церкви, уплату налогов и других платежей в бюджет и внебюджетные фонды.
Работники церкви, а также священнослужители, подлежат социальному обеспечению, социальному страхованию и пенсионному обеспечению в соответствии с законодательством Российской Федерации.
В Церкви остается традиционное деление её членов на духовенство и мирян, но заметно стремление к установлению братских отношений между ними, то есть к единению во Христе. Это заметно в том, что в церкви не употребляются некоторые формы обращений к духовенству, в которых заметно сильное выделение из церковной среды, не употребляются такие формы обращения как: Ваше Преосвященство, Ваше Преподобие. Даже не существует такого обращения "владыка" к Епископам. Предстоятель церкви имеет сан архиепископа. Епископы во время хиротонии (их около 10) не получают титулов, включающих географические названия. Епископ, насколько надо понимать, выполняет регулятивную и интегрирующую функции на ограниченном географическом пространстве, где имеются общины и престолы. В настоящее время в церкви епископов, священников, диаконов до ста человек. Многие из них получили высшее светское образование и только за редким исключением богословское, которое продолжается беспрерывно. Некоторые священноцерковнослужители (таких немного) перешли в Богородичную организацию из других религиозных формирований, преимущественно из православных, среди них есть священнослужители, вышедшие из катакомб и Русской православной Зарубежной Церкви.
Расширяя свои межконфессиональные, церковь продолжает налаживать контакты с представителями Марианского движения за рубежом. Они существуют с марианами, находящимися в ограде РимскоКатолической Церкви. Прежде всего можно говорить о таких странах, как Испания, Италия, Хорватия, Израиль, Япония, Украина, Австралия… В некоторых странах действует священнослужители, получившие хиротонию от Богородичной ветви русского православия. С некоторыми представителями Марианского движения ведется оживленная переписка. Некоторые из них уже неоднократно были гостями Соборов церкви. В частности, на последнем Соборе среди гостей была известная боговидица, получающая Откровения Богоматери, мать МарияРоза (Розетта) из Японии.
К другим организационным структурам церкви относятся отдельные общины, престолы и обители, а также своеобразные жилищнохозяйственные комплексы, имеющие название "поселения".
В настоящее время церковь имеет общины во многих частях России и за рубежом. Как правило, общины состоят из группы верующих числом более 10 человек. Во главе общины стоит священник, иногда епископ. Другой вид организации верующих престол. Этим понятием обычно пользуются члены внутри самой церкви, оно имеет мистическое значение. Престол может состоять даже из двух или трёх человек, обычно не регистрируется в государственных органах, в отличие от общин, часть которых зарегистрирована. Во главе престола также стоит священник.
Церковь имеет ряд монастырей и обителей, в которых живут верующие, избравшие формой своей жизни монашество. Монастыри могут быть мужскими или женскими. Обители церкви братскосестринские, что является феноменом для России, но, в тоже время, в какойто степени это возвращение к древней традиции, так как в Древней Руси подобные обители существовали. В качестве примера можно привести Покровский Хотьковский монастырь, где в XIV в. постригались родители преп. Сергия Радонежского и пребывали там до своей смерти.
Вступлению в число монахов предшествует период послушничества, когда послушник (инок) учится нести послушание. Личность приобщается к новой жизни. Игумен помогает духовному становлению каждого послушника. Этот период длится у каждого человека разное время. Затем послушник может принять монашество на 1 или 3 года это называется "временным обетом целибата". В это время человек определяет свой дальнейший путь дать вечные обеты и остаться монахом или вернуться в мир. Окончательный выбор зависит только от него самого, а не от руководства.
Как и все катакомбные молитвенные помещения, обители располагаются в домах, мало чем отличающихся от прочих построек. Например, в Подмосковье они находятся в коттеджных посёлках. Некоторые детали являются общими для них. Например, во дворе обители устраивается подобие святого места, связанное с дорогими для каждого члена церкви образами: крест белого цвета среди камнейвалунов, символизирующих Соловецкую Голгофу (в Гефсиманской обители братия говорят, что эти камни в самом деле очень похожи на те, которые можно встретить на Соловках) и напоминающий о Кресте, по преданию церкви являвшемся в небе над Соловками. Абрис этого места очертание Соловецкого острова, внутри заложен булыжниками, в центре возвышается белый деревянный крест высотой до трёх метров. Также можно встретить (например, в Триникольской обители) статую Божией Матери, тоже среди камней, в память о явлении Девы Марии в каменном гроте (в Лурде). Во дворе обители также выкапывается бассейн купель для омовений. Совершать омовения завещала преп. Евфросиния.
На территорию обителей паломники и посторонние допускаются по благословению игумена. Мирской человек при любых обстоятельствах несёт в себе сферу мира, ценности, несовместимые с монашеской жизнью, отвлекающие от молитвы. Общение священников с верующими происходит в Центре русской духовности, при необходимости в домах верующих.
Здесь же нужно отметить, что священнослужители по этой же причине считают необходимым безусловное отделение церкви от государства. Они объясняют это тем, что когда церковь в Византии стала государственной, в неё потянулись бывшие язычники, иногда всего лишь преследовавшие какието корыстные цели, например, получение государственных должностей, а в душе так и оставшиеся язычниками. Без сомнения, они несли в себе языческую сферу. Впоследствии изменилась сфера всей православной церкви.
Внутреннее устройство обителей различно в одних более аскетичный порядок, насельники имеют больше времени для индивидуальной молитвы, в других больше внимания отдаётся общим молитвам. Но, во всяком случае, молитва занимает очень большое место в жизни монахов. Кроме специально отведённого для неё времени, они молятся в любое время, во время выполнения любого дела. Главной молитвой является Псалтырь. В откровении архиеп. Иоанну преп. Евфросиния говорит о том, что "Псалтырь отвоёвывает пространство, занятое бесами, возвращает в лоно Отчее. Если хотя бы сто подвижников молитвы читали по несколько часов в день Псалтырь в Москве, дьявол потерял бы силу"39. Другой важной молитвой является Лествица (идентична Розарию в Католической церкви), читается по чёткам, может, действительно, совершаться постоянно, в любой момент. Все священнослужители, монашествующие и многие миряне всегда имеют с собой чётки. В отличие от чёток, составленных из зёрен (каменных, деревянных, стеклянных), они вяжутся из узлов и при перебирании не создают посторонних звуков. Именно такие чётки всегда использовались в Катакомбной церкви.
Распорядок жизни насельников обителей почти одинаков в каждой из них, хотя, по словам монахов [благочинный, о. Василий], устава, регламентирующего жизнь буквально по минутам, обители не имеют. Подъём осуществляется в 6.00 или 6.30 часов утра, потом в течение получаса монахи и послушники, по личному желанию, совершают омовение в купели [иные успевают совершить пробежку], затем начинается утренняя молитва. Эти два момента постоянны во времени, дальнейший распорядок дня зависит от того, сколько по времени длится молитва. Как и все богослужения в церкви (кроме Евхаристического канона) она совершается не только по записанным текстам, но и даётся много возможности для молитвы "от сердца". В некоторые дни служится Литургия, она длится более двух часов. После утренней молитвы игумен назначает послушания, большая часть которых вне обители. Их выполнение тоже не укладывается в какойто определённый отрезок времени. Приблизительно к 12 часам дня братия, оставшаяся к этому времени в обители, собирается для трапезы. Это первое принятие пищи за день.