Хотя в первой четверти XVIII века был преодолен конфессиональный изоляционизм России, но созданная Петром I государственная система существенно ограничивала религиозную свободу самой Православной церкви, лишала прав другие вероисповедания, ставила религиозную оппозицию вне закона. Поэтому первый император не может претендовать на роль первого веротерпимого правителя России.
При Елизавете Петровне действия против раскольников стали более жесткими, но предусматривалось применение смертной казни лишь к раскольникам, подстрекающим «простых людей» к самосожжению. Религиозная нетерпимость коснулась и мусульман. В 1744 Указ Сената и Синода запрещал строительство новых мечетей и требовал разборки мечетей, построенных ранее в деревнях, где одновременно с мусульманами проживали православные и новокрещеные.
Поворот к веротерпимости в политике государства произошел 29 января 1762 года, когда был объявлен именной указ Петра III о веротерпимости или о равенстве вероисповеданий. Всем раскольникам, бежавшим от преследований в Польшу и другие страны, законом было разрешено вернуться в Россию, поселиться в Сибири, Барабинской степи или в других подобных местах и жить по своим обычаям и старопечатным книгам. Раскольникам, содержавшимся под караулом, предписывалось немедленное освобождение. Запрещалось гонение на инородцев на почве религиозных разногласий. В этой связи признавалось необязательным соблюдение постов. Раскольники боготворили императора Петра III и потом долго поминали его как истинно русского царя.
Невольно возникает вопрос: как необразованный и взбалмошный царь, не любивший все русское и не желавший ничего знать о России и даже предавший ее интересы Фридриху II, мог дать русским подданным столь важный по своему содержанию указ? Историк В.О.Ключевский предположил: «Эти указы внушены были не отвлеченными началами веротерпимости или ограждения личности от доносов, а практическими расчетами людей близких к Петру,- Воронцовых Шуваловых и других, которые, спасая свое положение, хотели царскими милостями упрочить популярность императора». Положение Петра III на троне было весьма непрочным. Он и его ближайшее окружение не могли не понимать это. На новое законодательство возлагались в этом отношении большие надежды. Предполагают, что Петр III только подписал указ, действительным автором его был сенатор Дмитрий Васильевич Волков, начавший свою политическую карьеру еще при Елизавете Петровне, а совет прекратить преследование инаковерующих дал императору генерал-прокурор Глебов. Указы не принесли, однако, Петру III желаемой популярности. Острое недовольство Петром III выказывало православное духовенство. Прежде всего, оно было обижено насильственным отчуждением монастырских и церковных земель по указу Сената от 21 марта об их секуляризации. Кроме того, служителей культа возмущало пренебрежительное отношение императора к православной вере. Петр III щеголял своим пренебрежением к церковным православным обрядам, «публично дразнил русское религиозное чувство». Он в придворной церкви во время богослужения принимал послов, высовывал язык священнослужителям, громко смеялся. Однажды дал приказ «очистить русские церкви», т. е. вынести иконы, а русским священникам обрить бороды и одеваться, как лютеранские пасторы. Вероятно, Петр III, добровольно приняв православие, все же остался католиком. Его пренебрежительное отношение к традиционной конфессии стало одной из причин государственного переворота, в результате которого Екатерина II пришла к власти.
Императрица Екатерина II в «Наказе», получившем известность в Европе, заявляла о своем намерении воплотить идеи французских просветителей в законы Российской империи. Она, как сторонница естественного права каждого человека на достойное существование, осознавала необходимость веротерпимости. В 1764 году издается указ о терпимости в отношении старообрядцев. Екатерина II отказывается от полной русификации татар. В 1773 г. Святейший Синод выпустил эдикт «О терпимости всех вероисповеданий и о запрещении архиереям вступать в дела, касающиеся до иноверных исповеданий и до построения по их закону молитвенных домов, представляя все сие светским начальствам». По приглашению русского правительства начинается массовое переселение немецких колонистов - протестантов-лютеран, меннонитов, католиков. Но вместе с тем, сохраняется черта оседлости для лиц иудейского вероисповедания.
В отношении Русской Православной церкви императрица продолжала политику Петра I, стремясь подчинить ее государству. С целью утвердиться на престоле она отменила указ супруга о секуляризации церковных и монастырских имений, но спустя два года вновь ввела его. А.С. Пушкин считал следствием этого указа упадок влияния духовенства, равнодушие народа к религии, что нанесло сильный удар народному просвещению. Негативно оценив церковную политику Екатерины, он сказал: «голос обольщенного Вольтера не избавит ее славной памяти от проклятия России». За пределами России Екатерина II проводила проправославный политический курс. Так Варшавский договор между Россией и Речью Посполитой в 1768 г. уравнял в правах с католиками представителей других конфессий. Православным возвращались отнятые у них церкви и монастыри, разрешались межконфессиональные браки.
Павел I, очевидно, решил продолжить политику отца и 7 марта 1797 года издал указ о свободе культов, в т.ч. общин старообрядцев. Но отношение правительства к старообрядчеству было неоднозначным. С одной стороны, принимались административные меры для пресечения отказов раскольников от исповеди, а с другой стороны, была разрешена свободная деятельность старообрядческой церкви; раскольникам возвратили отобранные у них старинные церковные книги, разрешалось строить церкви во всех епархиях. Веротерпимость была проявлена и по отношению к униатам: епархиальное начальство было предупреждено о том, что нельзя принуждать униатов принимать православную веру. Священники, нарушающие этот указ, должны быть отстранены от своих приходов. О стремлении Павла установить веротерпимость свидетельствует и «жалованная грамота Калмыцкому Ламе Собину Бакши о свободном отправлении всех духовных обрядов калмыков». Все это имело и политические причины, но «господствующая и первенствующая» Русская православная церковь не провозглашалась единственной. Вместе с тем, правительством принимаются меры против распространения влияния католической церкви среди «исповедующих другие христианские законы» и притеснений со стороны римско-католических священников и помещиков православных крестьян или перешедших в православие крестьян-униатов. Павел I меняет санкции за уклонение от исповеди, с целью укрепить позиции православия.
Он отказывается от штрафов, которые подталкивали прихожан к старообрядчеству, и вводит вместо них церковное покаяние, разрешает исповедоваться в любое удобное для прихожан время, запрещает помещикам «принуждать крестьян к работам» в воскресные дни, для всех православных верующих обязательными считались ежегодные исповедь и святое причастие. Эти законодательные акты имели своей целью превратить в привычку общение с церковью самых широких масс православных верующих.
В жизни Павла был загадочный факт: он принял от мальтийских рыцарей, искавших сильного покровителя, титул великого магистра Мальтийского ордена — одного из католических военно-монашеских орденов. Анализируя Мальтийский эпизод в биографии этого императора, историк Н.Я. Эйдельман утверждал, что Павел не изменял православию и не намеревался перейти в католицизм. Данное событие отражало стремление укрепить пошатнувшийся авторитет западного христианства поддержкой Российской империи и Православной церкви.
Правительство Александра I продолжало усиливать вмешательство светской власти в религиозную жизнь. Реформирование центрального аппарата управления коснулось и управления церковью, обер-прокурор Синода стал непосредственно подчиняться царю, было создано Главное управление духовных дел для иностранных вероисповеданий. Манифест о преобразовании Министерства народного просвещения в Министерство духовных дел и народного просвещения, чтобы «истинно христианское благочестие всегда служило основанием просвещению умов». На приходских священников возложена обязанность преподавания в приходских школах. Александр I утвердил «Положение для евреев», гарантировавшее им, «наравне с другими российскими подданными», свободу вероисповедания, образования детей, право покупки незаселенных земель, заведения фабрик, «промыслов и торговли» и устанавливавшее черту оседлости в западных губерниях России.
Николай I на требование декабристов ввести в России наряду с другими демократическими правами свободу совести ответил репрессивной политикой в отношении религиозных меньшинств. В губерниях были созданы губернские комитеты о раскольниках — полицейские органы для борьбы со старообрядчеством. Но все же сделано единственное отступление — дано разрешение на создание католической епархии с центром в Саратове (таким образом, до революции 1917 г. в собственно России было всего две кафедры католических епископов — в Санкт-Петербурге и Саратове).
Великие реформы середины ХIХ в. затронули все сферы жизни общества, но религиозные отношения в меньшей степени, хотя произошло преодоление замкнутости и корпоративности духовенства. Был факт встречи Александра II в момент польского восстания со старообрядцами, приславшими ему верноподданные адреса. Он принял в Белом зале Зимнего дворца делегацию раскольников и сказал им: «Я рад вас видеть и благодарю за сочувствие общему делу. Мне хотели вас очернить, но я этому не поверил и уверен, что вы — такие же верноподданные, как и все прочие. Вы мои дети, а я — ваш отец и молю Бога за вас так же, как и за всех, которые так же, как и вы, близки моему сердцу».