В конце беседы Сталин сообщил, что для связи правительства с Церковью образуется специальный государственный орган — Совет по делам Русской православной церкви при СНК СССР, а его председателем назначается Г.Г. Карпов.
14 сентября Совнарком СССР принял постановление об образовании Совета по делам Русской православной церкви. Несколько позже, 7 октября, было утверждено Положение «О Совете по делам Русской православной церкви при Совнаркоме СССР». На Совет возлагалась задача «осуществления связи между Правительством СССР и патриархом Московским и всея Руси по вопросам Русской православной церкви, требующим разрешения Правительства СССР». Совет имел при СНК союзных и автономных республик, а также при край(обл)исполкомах своих уполномоченных, которые обеспечивали правильное и своевременное проведение в жизнь постановлений правительства, касающихся деятельности церкви; представляли необходимые заключения по заявлениям верующих о регистрации общин и иным вопросам, относящимся к компетенции Совета; вели общий учет молитвенных зданий. Более подробно права и обязанности уполномоченных Совета регламентировались в особой инструкции Совета, принятой в начале 1944 г.
Стоит заметить, что Сталин первые несколько лет после достижения «конкордата» лично рассматривал церковные проблемы, требовал предоставления регулярной информации о ситуации в православной и иных церквах. Все принципиальные решения по церковной политике принимались исключительно с его личной санкции. Такая ситуация вытекала из намерений использовать церковные институты для решения чисто прагматических политико-идеологических задач внутри страны и на внешнеполитической арене. Признанием вклада религиозных организаций в противостояние врагу можно считать и слова из доклада И.В. Сталина, произнесенного в день 26-й годовщины Октябрьской революции: «Все народы Советского Союза единодушно поднялись на защиту своей Родины, справедливо считая нынешнюю Отечественную войну общим делом всех трудящихся без различия национальности и вероисповедания».
В мае 1944 г. Совнарком СССР принял решение о создании еще одного государственного органа — Совета по делам религиозных культов при СНК СССР, на который возлагалась задача осуществлять связи «между Правительством СССР и руководителями религиозных объединений: мусульманского, иудейского, буддийского вероисповеданий, армяно-григорианской, старообрядческой, греко-католической, католической и лютеранской церквей и сектантских организаций по вопросам этих культов, требующим разрешения Правительства СССР». Председателем Совета был назначен И.В. Полянский, в недавнем прошлом сотрудник ВЧК-НКВД. С первых месяцев основное внимание Совета было приковано к вопросам регистрации религиозных обществ и открытия культовых зданий. Предусматривалось, что руководители религиозных центров и их представители могут поддерживать или отклонять заявления граждан. Совет активно поддерживал многие ходатайства духовенства и верующих об организации паломничества за рубеж, образовании религиозных центров, возвращении «святых мавзолеев», открытии культовых зданий, проведении съездов и соборов, открытии монастырей или духовных учебных заведений, издании религиозной литературы. Совет оказывал содействие представителям религиозных организаций в их обустройстве на освобождаемых советскими войсками территориях.
В 1943–1945 гг. Совнаркомом СССР было принято около двадцати постановлений и распоряжений, касающихся регулирования деятельности религиозных объединений. Среди них: о порядке открытия церквей (1943, 1944); об открытии текущих счетов Московской патриархии, епархиальных управлений и церковных приходов в Госбанке СССР для хранения церковных средств (1944); об освобождении от призыва и мобилизации священнослужителей (1944); об открытии церквей и молитвенных домов (1943–1945), о предоставлении религиозным обществам, включая и монастыри, права юридического лица в части аренды, строительства и покупки в собственность для церковных нужд домов, строений, транспорта и утвари (1945); о порядке обложения доходов монастырей и предприятий при епархиальных управлений (1945).
С первых дней войны Русская православная церковь заняла патриотическую позицию. Уже 22 июня 1941 г. митрополит Сергий написал свое первое обращение-воззвание к пастве. «Жалкие потомки врагов православного христианства, — говорилось в нем, — хотят еще раз попытаться поставить народ наш на колени пред неправдой, голым насилием принудить его пожертвовать благом и целостью родины, кровными заветами любви к своему отечеству. Но не первый раз приходится русскому народу выдерживать такие испытания. С Божиею помощью, и на сей раз он развеет в прах фашистскую вражескую силу. Наши предки не падали духом и при худшем положении, потому что помнили не о личных опасностях и выгодах, а о священном своем долге пред родиной и верой, и выходили победителями. Не посрамим же их славного имени и мы — православные, родные им и по плоти, и по вере. Отечество защищается оружием и общим народным подвигом, общей готовностью послужить отечеству в тяжкий час испытания всем, чем каждый может, тут есть дело рабочим, крестьянам, ученым, женщинам и мужчинам, юношам и старикам. Всякий может и должен внести в общий подвиг свою долю труда, заботы и искусства"19.
Воззвание рассылалось по епархиям, церквам и приходам, вызывая ответные патриотические чувства у миллионов верующих. В своих письмах в Патриархию они сообщали о повсеместно начавшихся добровольных сборах пожертвований на нужды фронта и обороны страны. Верующие охотно сдавали не только деньги, облигации государственных займов, но и вещи, обувь, драгоценные предметы. И в последующем послания митрополита Сергия, а их было более двадцати, с призывом к верующим жертвовать на нужды Отечества встречали самую горячую поддержку.
В октябре 1941 г. в связи с ухудшением общей военно-стратегической обстановки вокруг столицы по решению Моссовета начинается эвакуация правительственных учреждений. В централизованном порядке эвакуировались и находившиеся там религиозные центры: Московская патриархия, Всесоюзный Совет евангельских христиан, Митрополия обновленческой церкви. Местом их нового размещения стал Ульяновск (Куйбышевская область). Митрополиту Сергию предоставлено было здание бывшего костела, переоборудованного под общежитие, по ул. Водников, 15. В короткий срок проведен был необходимый ремонт. На первом этаже был открыт храм с престолом, посвященным иконе Казанской Божией Матери, а на втором — были устроены покои патриаршего местоблюстителя. Этот дом на долгие месяцы 1941–1943 гг. стал православным центром для всего Советского Союза. Здесь совершались хиротонии и назначения архиереев, проводились совещания духовенства по вопросам возрождения религиозной жизни во вновь открываемых (или воссоздаваемых) епархиях и приходах, обсуждались формы возможной церковной патриотической деятельности, принимались представители различных государственных органов, оглашались важнейшие послания Церкви и отсюда они рассылались по епархиям и за пределы страны, сюда поступала разнообразная почта из регионов СССР и из-за рубежа.
По поручению патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия в Москве оставался митрополит Николай, который представлял Московскую патриархию в сношениях с государственными инстанциями, с прибывавшими в Москву иностранными дипломатами и религиозными деятелями. Он же от лица Церкви в начале ноября 1942 г. был введен в состав Чрезвычайной государственной комиссии (ЧГК) по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и их сообщников и причиненного ими ущерба гражданам, колхозам, общественным организациям, государственным предприятиям и учреждениям СССР. В составе делегаций Комиссии митрополит Николай побывал в Калужской, Московской, Смоленской, Тульской и других областях. Отметим, что на Комиссию возлагалась обязанность учитывать и тот ущерб, который понесли религиозные организации в период временной оккупации советской территории.
Кроме задачи возобновления и всяческого устроения церковной жизни на всей территории Союза ССР, руководство Русской церкви видело одними из своих главных задач оказание всемерной помощи государству в противостоянии чужеземному нашествию, а также призыв православных граждан страны к достойному патриотическому служению. Прежде всего, это выражалось в посланиях и обращениях Церкви. В январе 1942 г. митрополит Сергий направил специальное послание духовенству и верующим, находящимся на временно оккупированной территории СССР. Он призывал их давать отпор врагу, поддерживать и участвовать в партизанском движении.
Начиная с ноября 1942 г. и в последующие годы митрополит Сергий вместе с митрополитом Николаем неоднократно обращались с посланиями к православным Чехословакии, Югославии, Греции, Румынии, к христианам других оккупированных Германией стран, с призывом объединяться в антифашистский фронт, оставить немецкие ряды и перейти на сторону антифашистской коалиции.
Как многочисленные общецерковные послания, так и послания епархиальных архиереев Русской православной церкви касались вопросов сбора денежных средств, вещей, драгоценностей и продуктов питания в патриотические фонды и для оказания поддержки военных госпиталей, детских домов. Широкую патриотическую работу проводили возрождающиеся православные монастыри, где нередко устраивались госпитали, детские дома. Проявляя заботу о детях воинов, сражавшихся на фронтах, Церковь объявила сбор средств во всех действовавших православных храмах в особый фонд помощи детям, а Московская патриархия первой сдала 1 миллион рублей.
В 1942 г. в Советском Союзе широко развернулось движение по сбору средств на строительство танковых колонн. В 1942–1943 гг. на деньги советских граждан построено было более сотни танковых колонн. Митрополит Сергий 30 декабря 1942 г. призвал верующих жертвовать средства на сооружение особой танковой колонны имени Дмитрия Донского. На танковом заводе в Челябинске были выстроены 40 танков, которые в марте 1944 г. от лица Церкви передал Красной Армии митрополит Николай. Танковая колонна участвовала в освобождении Украины, Белоруссии, Молдавии. Многие офицеры и солдаты были отмечены за свой ратный подвиг государственными наградами — орденами и медалями20. Одновременно продолжался сбор средств на авиаэскадрилию имени Александра Невского.