Церковь, обращаясь к пастве внутри страны и за ее пределами, разоблачала антигуманную сущность фашизма, его человеконенавистническую расовую теорию, злодеяния, творимые на временно захваченной советской территории, осуждала ту часть духовенства, что перешла на услужение немецко-фашистским захватчикам. Проповеди, статьи и сообщения на эти темы регулярно публиковались на страницах «Журнала Московской патриархии», издававшегося с 1943 г.
В самом конце августа 1943 г. митрополит Сергий возвратился в Москву. Находившиеся здесь митрополиты Николай и Алексий сообщили ему о желании властей принять руководителей Московской патриархии. Такая встреча митрополитов Сергия, Алексия и Николая с И.В. Сталиным и В.М. Молотовым состоялась в ночь с 4 на 5 сентября 1943 г. и в ходе нее были приняты решения о возрождении Церкви. 8 сентября в новом здании Московской патриархии (Чистый пер., 5) собрался Архиерейский собор Русской православной церкви, в котором участвовало 19 иерархов. Единогласно патриархом Московским и всея Руси был избран митрополит Московский и Коломенский Сергий. 12 сентября в Богоявленском (Елоховском) соборе состоялась интронизация новоизбранного патриарха. Избрание патриарха Московского воспринято было с одобрением не только в Советском Союзе миллионами верующих, но и большинством автокефальных православных и иных христианских церквей. Поздравительные послания по случаю избрания Сергий получил от Константинопольского, Александрийского, Иерусалимского и Антиохийского патриархов.
В те восемь месяцев, что суждено было Сергию Страгородскому в сане патриарха возглавлять Церковь, началось действительное возрождение русского православия в СССР. Патриарх уделял особое внимание выстраиванию новых взаимоотношений с государством, интересы которого представлял председатель Совета по делам Русской православной церкви Г.Г. Карпов. Первая их официальная встреча состоялась 29 октября 1943 г. В ходе нее и в последующем патриарх и председатель обсуждали все самые сложные проблемы жизни Русской церкви в СССР и за ее пределами, и находили способы их разрешения, о чем свидетельствуют сохранившиеся записи этих бесед.
Церковь получила возможность восстановления контактов с религиозными организациями за рубежом. В сентябре 1943 г. СССР посетила первая официальная религиозная делегация — Англиканской церкви во главе с архиепископом Йоркским К.Ф. Гарбетом. Делегации Русской православной церкви в 1944–1945 гг. посетили Англию, Болгарию, Югославию, страны Ближнего Востока. Это способствовало восстановлению и развитию братских отношений с Поместными православными церквами и установлению нормальных взаимоотношений с инославными Церквами и иными религиозными объединениями.
С избранием митрополита Сергия патриархом патриотическая деятельность Церкви приобрела особо масштабный и организованный характер. Возросли сборы и отчисления в Фонд обороны страны и другие патриотические фонды, активизировались на местах епископы и местные общины. По мере продвижения Красной Армии на запад православные общины в освобожденных районах включались в общецерковную патриотическую деятельность, помогая Родине продуктами питания, деньгами, ценностями, своим трудом. Общая сумма денежных средств, собранная православными верующими за годы войны, составила более 300 миллионов рублей.
Тогда же становятся известными факты патриотических поступков духовенства и верующих на оккупированных ранее территориях. О них сообщалось в поступавших в Московскую патриархию письмах от верующих и в докладах священнослужителей, посылавшихся на освобожденную территорию для организации церковной жизни. Руководство церкви узнает о сотнях священнослужителей, которые за свою патриотическую деятельность подвергались оккупантами арестам, тюремным заключениям, истязаниям, были заживо сожжены или расстреляны. Действовавшие партизанские отряды и группы подпольщиков имели своими надежными связными, соратниками, помощниками многих православных священнослужителей и мирян21.
Патриотическая деятельность Русской церкви приобретала столь значимые масштабы, что к награждению государственными орденами и медалями стали представляться священнослужители и активные верующие. Первое большое награждение состоялось осенью 1943 г. в Ленинграде, когда медалями «За оборону Ленинграда» награждена была группа духовенства. Спустя год, в 1944 г., медалями «За оборону Москвы» награждены были представители московского и тульского духовенства. Практика награждения православного духовенства и иерархов государственными наградами за патриотическую деятельность в годы войны продолжалась и в 1945–1946 гг.
15 мая 1944 г. скончался патриарх Сергий. Согласно его завещанию, местоблюстителем патриаршего престола назначался митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий. В годы войны он не разлучался со своей паствой в осажденном Ленинграде. Постоянно служил в немногих действовавших церквах, проповедовал, ободрял паству, призывал к патриотическому служению. 28 мая митрополит Алексий обратился с первым посланием к пастве, в котором извещал о принятии на себя обязанностей предстоятеля Церкви и о неуклонном следовании церковному курсу патриарха Сергия. «Мы переживаем время, — говорилось в нем, — когда Господь дарует нам утешение видеть близость победы нашего оружия над врагом. Усилим, братие, нашу молитву о небесной помощи нашему воинству; усилим и нашу, хотя малую, как капля в море, но, если она дается от искреннего сердца, действенную помощь на нужды военные; и словом, и примером да не престаем призывать нашу паству к бодрости душевной, к непоколебимой вере в торжество правды, в победу нашего правового дела"22.
Первейшей задачей местоблюстителя стала подготовка Поместного собора. 21–23 ноября 1944 г. состоялся Архиерейский собор с участием 50 епископов. Он утвердил программу предстоящего Поместного собора и порядок избрания патриарха. 31 января-2 февраля 1945 г. в московском храме Воскресения в Сокольниках проведены были заседания Собора. Участвовал 171 делегат от 89 епархий: 46 архиереев, 87 священников и 38 мирян. Присутствовали делегации от автокефальных православных церквей — Александрийской, Антиохийской, Грузинской, Иерусалимской, Константинопольской, Румынской, Сербской.
Основными были два вопроса: избрание патриарха и утверждение «Положения об управлении Русской православной церкви». На первом заседании единогласно было принято Положение об управлении Русской православной церковью, заменившее Определения Поместного собора 1917–1918 гг. На последнем заседании 2 февраля Собор единогласно избрал патриархом Московским и всея Руси митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия. Интронизация новоизбранного патриарха состоялась 4 февраля в Богоявленском соборе.
О существенных изменениях в государственно-церковных отношениях, происшедших в годы войны, свидетельствовало выступление на Соборе Г.Г. Карпова. От имени правительства Советского Союза он заявил: «Православная Русская церковь в дни тяжелых испытаний, которым неоднократно подвергалась наша Родина в прошлом, не порывала своей связи с народом, жила его нуждами, чаяниями, надеждами и вносила свою лепту в общенародное дело. В церквах и монастырях зародилась письменность, и складывались первые летописи о жизни нашей страны; стены церквей и монастырей неоднократно выдерживали осады иноземных завоевателей; многие выдающиеся деятели Церкви пожертвовали своей жизнью за благо Родины. И в наши дни, когда гитлеровские разбойники злодейски напали на нашу священную землю, когда все народы Советской державы в могучем порыве поднялись на Великую Отечественную войну за свою честь, свободу и независимость, — Православная Русская церковь с первого дня войны приняла самое горячее участие в защите Родины всеми имеющимися в ее распоряжении средствами и возможностями… Патриотическая деятельность Церкви нашла свое выражение не только в посланиях, церковных проповедях, но и в сборе пожертвований на строительство танков, самолетов, на помощь больным, раненым, инвалидам, сиротам войны. Правительство Советского Союза с глубоким сочувствием относилось и относится к мероприятиям Церкви, направленным на помощь в борьбе с врагом"23.
Внешняя и внутренняя церковная линия патриарха Алексия направлена была на всемерное укрепление Церкви внутри страны и за рубежом. Он стремился возвратить под юрисдикцию Московской патриархии зарубежные православные приходы, а также добиться положительного решения таких вопросов, как приобретение собственной типографии для печатания богослужебной и иной литературы; выделение земли для строительства специального дома для патриарха, Синода и Управления делами патриархии; учреждение мастерских по изготовлению церковной утвари; отмена запрета на производство колокольного звона в церквах; расширение сети духовных учебных заведений и т.д.
Особое внимание в годы войны уделялось вопросам открытия храмов, и, прежде всего, на освобождаемой немецко-фашистских захватчиков территории. Благодаря активным усилиям Церкви и помощи Совета по делам Русской православной церкви, количество православных молитвенных зданий и монастырей, официально признанных государством, и потому имевших возможность функционировать, постоянно возрастало. Об этой динамике свидетельствует таблица, составленная в Совете по делам Русской православной церкви: