| Годы | 1943 сентябрь | 1944 август | 1945 июль | 1946 январь | 1947 январь |
| Всего в республиках: | 9829 | 8809 | 10243 | 10547 | 13813 |
| Белоруссия | нет сведений | 550 | 633 | 621 | нет сведений |
| Молдавия | нет сведений | 1100 | 615 | 582 | нет сведений |
| Прибалтика | нет сведений | нет сведений | 343 | 343 | нет сведений |
| РСФСР | нет сведений | 1907 | 2297 | 2816 | 3082 |
| Украина | нет сведений | 5206 | 6072 | 6007 | 8815 |
| Всего монастырей | нет сведений | нет сведений | 75 | 75 | 99 |
Часто вопрос о предоставлении православным, как и иным религиозным общинам, культовых зданий осложнялся тем, что многие из них были перестроены, потеряли церковный вид, а то и просто — разрушены. К уничтоженным в 30-х годах культовым зданиям добавились сотни и сотни новых потерь.
По данным (далеко неполным) Чрезвычайной государственной комиссии по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков на временно оккупированной территории были сожжены или полностью уничтожены, разграблены или осквернены 1670 церквей, 237 костелов, 69 часовен, 59 синагог и 258 других зданий религиозных организаций. Среди них бесценные памятники истории, культуры и архитектуры, относящиеся к XI-XVII вв., в Новгороде, Чернигове, Смоленске, Полоцке, Киеве, Пскове. Только в Московской области уничтожены 50 церквей, а в Литве — 40 костелов. В груды развалин превращены церкви и монастыри Петергофа и Пушкина в Ленинградской области, древние монастыри в Новгородской области, Ново-Иерусалимский монастырь в Истре, Киево-Печерская лавра в Киеве. (Заметим, что эти и многие другие памятники были впоследствии восстановлены советским государством). Немало культовых зданий было превращено оккупантами в тюрьмы и места пыток, в конюшни и скотобойни, кабаре и казармы, гаражи и общественные уборные.
В работе территориальных комиссий по расследованию злодеяний фашистов участвовал не только митрополит Николай, но и другие иерархи и священнослужители Православной церкви. Их наблюдения, свидетельства и выводы передавались в государственные органы, помещались на страницах церковной литературы. К примеру, митрополит Ленинградский Алексий (Симанский), побывав в январе 1944 г. в освобожденных Петергофе и Пушкине, писал: «Прекрасный Петергофский собор стоит с разобранными куполами, с которых немцы содрали золоченые листы, с разбитыми стенами, зияющими окнами. Говорят, они простреливали из пистолетов иконы в Петергофском соборе. Другие церкви представляют еще более удручающее зрелище. Разбита церковь бывшего Серафимо-Дивеевского подворья, совершенно разрушена кладбищенская церковь в Старом Петергофе. Там собрались, спасаясь от бомбежек, верующие и все, кто только мог добежать до нее, — старики, дети. В неимоверной тесноте — их была не одна тысяча,- задыхаясь в спертом воздухе, в течение нескольких дней и ночей, выбегая, чтобы глотнуть свежего воздуха, просидели эти несчастные люди в храме. Но это их не спасло: немцы упорно бомбили храм, затем обстреливали его из орудий и, в конце концов, превратили его в груды развалин, под которыми нашли свой ужасный конец несчастные петергофцы. Теперь как памятник позорного фашистского зверства лежит на земле огромная груда красных, напоенных кровью русских жертв германского злодейства, кирпичей"25.
Вынужденные под натиском советских войск покидать ранее оккупированные территории, немецко-фашистские захватчики вывозили из молитвенных зданий тысячами предметы культовой утвари, иконы, картины, книги, изделия из драгоценных металлов и пр. Они были выявлены, собраны и подготовлены к отправке специальными военными, полувоенными и гражданскими учреждениями и организациями — «Изобразительное искусство», «Наследие», «Восток», «Кунсткомиссия«, »Остланд« и другие. Им было предоставлено право »проверять библиотеки, архивы и иные культурные организации всех видов« и конфисковать найденные там ценности для последующего их вывоза в Германию. Идеологами »ограбления« выступили министр по делам оккупированных территорий на Востоке А. Розенберг, министр иностранных дел Риббентроп, рейхсфюрер Г. Гимлер. Заметим, что возвращения похищенного, за исключением единичных случаев, так и не состоялось.
В апреле 1945 г. И.В. Сталин вновь принял делегацию Русской православной церкви во главе с патриархом Алексием. На ней обсуждались вопросы патриотической и внутрицерковной деятельности Церкви, а также ее возможное участие в укреплении международных отношений в послевоенный период. Все свидетельствовало о том, что характер государственно-церковных отношений, складывавшийся после сентябрьского конкордата 1943 г., приобретал устойчивость и определенность. Видимым знаком тому было и присутствие патриарха Алексия на трибуне мавзолея В.И. Ленина во время проведения на Красной площади Москвы 24 июня 1945 г. Парады Победы, а несколько позднее — и награждение патриарха Алексия за патриотическую деятельность в период войны орденом Трудового Красного Знамени.
В годы Великой Отечественной войны Русская церковь предприняла усилия для нормализации отношений с действовавшими в СССР религиозными объединениями, а также для преодоления церковных расколов 20-30-х годов. В октябре 1943 г. в Тбилиси для переговоров с патриархом Грузии Каллистратом (Цинцадзе) направлен был епископ Ставропольский Антоний (Романовский). В результате возобновлено было каноническое общение между Русской и Грузинской церквами, прерванное в 1917 г. Начиная с осени 1943 г. начинается возвращение под омофор патриарха Алексия I архиереев, священников, многих приходов т.н. обновленческой церкви и тех клириков, которые после опубликования в июле 1927 г. Декларации митрополита Сергия отделились от законного священноначалия и не поминали имя первоиерарха Церкви. В марте 1945 г. была преодолена Эстонская схизма и в каноническое общение с Русской церковью были приняты православные приходы и духовенство Эстонии.
Урегулирование отношений государства с наиболее многочисленной и авторитетной религиозной организацией — Русской православной церковью постепенно оказало благотворное воздействие и на позицию государства в отношении иных церквей и религиозных объединений. В начале, с сентября 1943 г. по май 1944 г., проблемами этих организаций занимался Совет по делам Русской православной церкви. В частности, Совет, опираясь на обращение мусульманского духовенства, добивался принятия правительственного решения о создании духовного центра для мусульман Средней Азии и Казахстана, способствовал открытию неправославных культовых зданий, поддерживал и обеспечивал распространение за рубежом патриотических посланий и обращений религиозных деятелей СССР.
С образованием в мае 1944 г. при Совнаркоме СССР Совета по делам религиозных культов вопросы взаимоотношения государства с неправославными объединениями отнесены были к его полномочиям. Совет оказывал и конкретную поддержку патриотической деятельности этих объединений, тем более что их руководители сразу же с началом Отечественной войны заявляли о своей патриотической позиции. По их призывам верующие собирали деньги и ценности, продукты питания и вещи, поддерживали раненых и детей-сирот, т.е. стремились максимально помочь Родине в трудный час. На это в информациях в ЦК ВКП(б) и СНК СССР постоянно указывал председатель Совета И.В. Полянский. К примеру, в одной из них он писал: «Во время Отечественной войны старообрядцы белокриницкого согласия26 вели значительную патриотическую деятельность, отличаясь от православной церкви только более узкими масштабами этой деятельности"27.
В 1944–1945 гг. советское государство сделало определенные шаги навстречу интересам Католической, Лютеранской, Армяно-григорианской28, Старообрядческой церквей, мусульманским и некоторым протестантским организациям. Были созданы условия для организационного укрепления религиозно-административных центров. Так, были даны разрешения на проведение съездов мусульман, достигнуто объединение евангельских христиан и баптистов в единый союз, организовывались вновь или возобновляли свою деятельность религиозные центры старообрядцев-белокриничников и адвентистов седьмого дня, католикосат Армяно-григорианской церкви. Создавались необходимые предпосылки для образования религиозных центров у буддистов, иудеев, старообрядцев-беспоповцев, лютеран и т.д.
Все это привело к тому, что члены данных организаций получили возможность свободно удовлетворять свои религиозные потребности. К концу 1945 г. на территории СССР, по данным И.В. Полянского, действовали свыше 5 тысяч религиозных обществ, в том числе: римско-католических — 1704, мусульманских - 500, евангелическо-лютеранских — 433, старообрядческих — 415, иудейских — 105. Безусловно, сведения эти носили предварительный характер и включали в себя далеко неполный перечень фактически действовавших объединений29. Многие из них, особенно в западных областях СССР, воссоздавались буквально заново, ибо ряд культов немцами был стерт с лица земли, либо была дезорганизована их иерархическая структура и разорваны организационные связи. Другие же религиозные организации на освобождаемой территории остались без духовенства, которое, опасаясь возмездия за сотрудничество с оккупантами, бежало, а часть оставшегося была нелояльна к новой власти.
Об этом, в частности, Уполномоченный Совета по Латвийской ССР В. Шешкен сообщал в октябре 1944 г. И.В. Полянскому: «По линии иудейского вероисповедания ничего не осталось. Все евреи почти поголовно истреблены фашистскими варварами. В одном Двинске расстреляно, по словам вернувшихся евреев, до 14000 человек. На сегодня в Двинске имеется 40 человек евреев, в основном прибывших из Союза. До войны в Двинске было 35 синагог, большинство из которых или сожжены, или взорваны».