О положении церквей евангельских христиан-баптистов на освобождаемой территории председатель Союза евангельских христиан-баптистов Я.И. Жидков писал: «Немецкие вандалы также измывались над нашими общинами, как измывались над всеми другими христианскими организациями. Вместе с группой руководителей нашего Союза я совершил недавно поездку по Украине, Белоруссии и Крыму. Я застал большинство наших общин разогнанными немцами, многие наши молитвенные дома — разрушенными, взорванными или сожженными. Самое тяжелое впечатление оставили у меня сироты, дети расстрелянных и замученных немцами мирных жителей. Поэтому мы решили начать широкий сбор средств среди евангельских христиан и баптистов для помощи обездоленным сиротам"30. Члены обществ евангельских христиан-баптистов организовывали пошив и ремонт белья, сбор одежды и других вещей для семей погибших и для воинов, а также помогали в уходе за ранеными и больными в госпиталях, обслуживали сирот в детских домах. На собранные в общинах деньги был построен санитарный самолет »Милосердный самаритянин« для вывоза в тыл тяжелораненых солдат.
В отдельных случаях специальные государственные органы для связи с религиозными центрами создавались в союзных республиках. Так, в Армянской ССР в конце 1943 г. был образован Совет по делам Армяно-григорианской церкви при Совнаркоме Армянской ССР, который обеспечивал связь руководства церкви с правительством Армянской республики.
Особый статус Армяно-григорианской церкви объяснялся, прежде всего, причинами внешнеполитического свойства: большая часть приходов находилась вне пределов СССР — в странах Европы, Ближнего Востока и в Америке. Учитывалась и патриотическая позиция духовенства и верующих Церкви, как в СССР, так и за его пределами. В частности, на собранные верующими деньги была построена танковая колонна имени Давида Сасунского, а значительная сумма направлена в патриотические фонды страны.
В 1943–1945 гг. решались практические вопросы жизнедеятельности церкви: открывались новые или возобновляли деятельность ранее закрытые храмы и монастыри, а также духовные учебные заведения, ремонтировались культовые здания, издавалась богословская и богослужебная литература, восстанавливались связи с зарубежными единоверцами. Своему возрождению церковь обязана была и активной деятельности архиепископа Георга (Чеорекчяна). Ему — единственному из «неправославных» — удалось добиться встречи со Сталиным. Она состоялась в апреле 1945 г. В ходе ее обсуждалась просьба церкви о возвращении ей монастырского комплекса Эчмиадзин. Сталин на письмо архиепископа наложил резолюцию в одно слово: «Согласен». Этого оказалось достаточно, чтобы проводить в жизнь достигнутые договоренности между церковью и государством. На состоявшемся в июне 1945 г. Соборе Армяно-григорианской церкви Георг Чеорекчян был избран патриархом-католикосом, и принял имя Георг IV.
Патриотическую позицию занимали и мусульманские организации. Тысячи и тысячи верующих влились в ряды защитников Родины, с оружием в руках отстаивая ее независимость. В республиках, где население традиционно исповедовало ислам, поистине общенародным стало движение за сбор средств на строительство танковых колонн и авиаэскадрилий. Центральное духовное управление мусульман в Уфе собрало в 1943 г. на строительство танковой колонны около 10 миллионов рублей. В телеграмме И.В. Сталина на имя муфтия А. Расулева была выражена благодарность мусульманам, участвовавшим в сборе средств. В короткий срок в Узбекской ССР было собрано 365 миллионов рублей, в Казахской ССР — 470 миллионов рублей. На деньги, собранные в Туркменской ССР — 243 миллиона рублей, были построены танковые колонны «Пионер Туркменистана», «Комсомолец Туркменистана», «Колхозная молодежь Туркменистана», «Народный учитель Туркменистана«,
Мусульманское духовенство в проповедях, обращениях, на страницах газет и в радиопередачах, при встречах с верующими призывало паству достойно выполнять свой гражданский и религиозный долг. Мусульманские организации поддерживали семьи воинов, ушедших на фронт, а также семьи эвакуированных в Среднеазиатские республики граждан. Мечети стали местом сбора материальной помощи для нуждающихся граждан. В каждом населенном пункте выделялся служитель культа, который организовывал эту работу.
Летом 1943 г., обращаясь в Верховный совет СССР с просьбой об образовании Духовного управления мусульман Средней Азии, мусульманские лидеры писали: «За период Отечественной войны народов Советского Союза с немецкими захватчиками и его сообщниками в Европе все честные представители мусульманского духовенства твердо заняли патриотическую позицию, призывая верующих мусульман стать на защиту Родины и оказывать помощь Фронту. Сыны и дочери многих мулл героически сражаются на фронте с лютым и коварным врагом. Мусульманское духовенство прилагает все усилия к тому, чтобы скорее разгромить врага"31.
Осенью 1943 г. в начале 1944 г. Советское правительство дало согласие на создание трех Духовных управлений мусульман: Средней Азии и Казахстана в Ташкенте, Северного Кавказа в Буйнакске, Закавказья в Баку. В течение короткого времени мусульманам были возвращены более тысячи различных культовых зданий и иных построек, куда традиционно совершались паломничества верующих. Из тюрем и лагерей освобождено было большое количество духовенства. Власть не возражала против восстановления одного из пяти столпов ислама — закята — налога в пользу нуждающихся мусульман, который стали собирать специально выделенные для этого представители мусульманских организаций. В фетве Духовного управления мусульман Средней Азии и Казахстана говорилось, что все мусульмане, имевшие в семье имущество на сумму 16 тысяч рублей и более (в ценах 1944–1945 гг.), обязаны были ежегодно выплачивать по одному рублю с каждых 40 рублей стоимости имущества. С 1944 г. разрешено было и паломничество мусульман к святым местам Саудовской Аравии.
Постепенно снимались ограничения и на деятельность иудейских общин в городах и населенных пунктах России, Белоруссии, Узбекистана и Украины. Во многом это было следствием патриотической позиции духовенства и верующих. В частности, в обращении группы священнослужителей в Еврейское телеграфное агентство в Нью-Йорке с призывом оказать всемерную поддержку народам Советского Союза говорилось: «Мы призываем вас, дорогие братья и сестры, волей Провидения уцелевших от свирепого нашествия каннибалов, в этот исторический час, когда для еврейства настал момент »быть или не быть«, ни на минуту не забывать: наш священный долг всячески помочь доблестной Красной Армии и Советскому Союзу, на обширных полях которого фактически решается судьба всего свободолюбивого человечества на долгие годы. Требуйте постоянно и неутомимо от стран и государств, гражданами которых вы являетесь, скорейшего принятия сверхчеловеческих мер для полнейшего разгрома и искоренения проклятых потомков библейского амалека, про которого Священное Писание говорит, что даже »память о нем должна быть искоренена навеки веков"32.
В годы Великой Отечественной войны советское государство меняло свое отношение ко многим религиозным организациям. Но в тоже время сложным и неоднозначным было положение некоторых христианских организаций. В частности, Римско-католической Церкви в Прибалтийских республиках, в Белоруссии и на Украине, а также Греко-католической (Униатской) церкви в Западной Украине.
В конце 1943 — начале 1944 г. вплотную проблемами урегулирования отношений с Римско-католической церковью занялись НКГБ, Совет по делам Русской православной церкви. Несколько позже к этому присоединился Совет по делам религиозных культов, предложивший образовать внутри католической церкви в Советском Союзе некую «инициативную группу». Она должна была не только декларировать сочувствие к советской власти, но и заявить о своем разрыве с Ватиканом, став на путь создания «автокефальной католической церкви в СССР». Правда, достаточно скоро Совет убедился, что этот фантастический план неосуществим, и отказался от него, занявшись поиском компромиссов с руководителями католических общин в Прибалтийских республиках. Чтобы обеспечить такой курс, Совет стремился не допускать поспешных и необоснованных закрытий костелов и монастырей, и, наоборот, способствовать открытию костелов в тех населенных пунктах, откуда поступали заявления верующих, идти навстречу некоторым просьбам религиозных центров. Такой же подход проводился и в отношении католических общин в Белоруссии и на Украине. В Латвии было разрешено возобновить деятельность духовной семинарии. В Литве принято было решение не настаивать на регистрации в органах власти религиозных обществ, поскольку с их стороны сложилось отрицательное отношение к этому. В самом начале января 1945 г. И.В. Полянский, встречаясь с американским журналистом Д. Фишером, интересовавшимся положением католиков и униатов в СССР, подчеркивал, что некий компромисс этих церквей с государством достигнут и церкви «живут», хотя и не отрицал существование ряда нерешенных проблем в их отношениях с государством.
Стремление избежать острых конфликтов с католическим духовенством и верующими объяснялось намерением советского правительства установить контакт с Ватиканом, продемонстрировать ему свое желание нормализовать межгосударственные отношения. Действительно, попытки к этому предпринимались. В апреле-мае 1944 г. СССР посетил американский католический священник Ст. Орлеманьский. Он был принят Сталиным и Молотовым, которые в ходе бесед подчеркивали, что СССР готов к сотрудничеству с папой Римским и не собирается проводить политику репрессий и преследования духовенства и верующих римско-католической церкви. Летом того же года советские войска освободили Львов. Вопреки заграничным прогнозам и ожиданиям репрессий в отношении католиков и униатов в Западной Украине, отношение к ним в целом со стороны властей было терпимым. Глава Униатской церкви митрополит Андрей (Шептицкий) в послании на имя Сталина приветствовал освобождение Галиции от оккупантов и воссоединение Украины. В другом письме в адрес правительства СССР Шептицкий просил об официальном признании Униатской церкви. В ответ со стороны государства не чинилось препятствий деятельности уже имеющихся униатских церквей и открытию, в случае надобности, новых приходских церквей, а также греко-католических монастырей, богословской академии и духовной семинарии и изданию религиозного журнала. В декабре 1944 г. Москву посетила делегация Униатской церкви, которая выразила «приветствие и благодарность Советской власти, Красной Армии и ее Главнокомандующему товарищу Сталину» и заявила о стремлении церкви участвовать в «устроении мирной жизни» на освобожденной территории Украины. Тогда же в фонд Красного креста от имени Униатской церкви было внесено 100 тысяч рублей.