Осенью 1917 г. Церковь активно включилась в политическую жизнь страны, ведя усиленную полемику с социалистическими партиями, призывая отдавать голоса на выборах в Учредительное собрание за «православномыслящих» и «церковно-настроенных» граждан. Официальное издание Собора «Всероссийский церковно-общественный вестник» на своих страницах так, к примеру, характеризовал все более и более набиравших силу большевиков: «Что такое большевизм? Это смесь интернационалистического яда со старой русской сивухой. Этим ужасным пойлом опаивают русский народ несколько неисправимых изуверов, подкрепляемых кучей германских агентов. И давно пора этот ядовитый напиток заключить в банку по всем правилам фармацевтического искусства, поместить на нем мертвую голову и надпись »яд«" .
Но ощутимого успеха Церковь не имела. Недаром на страницах светской и церковной печати отмечалось, что избиратели отдавали свои голоса, не столько ориентируясь на вероисповедание кандидатов, сколько на их политическую программу. И здесь лидерство явно захватили представители партий социалистической ориентации, что в дальнейшем подтвердили и окончательные итоги выборов в Учредительное собрание.
Да и на заседаниях Собора неоднократно звучали слова о все большем «отдалении» крестьян и рабочих от религии и Церкви. Эмиссары Собора, развозившие религиозно-церковную литературу, воззвания и обращения Собора по воюющим войскам, с особым сожалением рассказывали об охлаждении религиозно-патриотического чувства у солдат .
На утреннем заседании Собора 25 октября продолжился горячий спор по вопросу о восстановлении патриаршества. Выступали и те, кто «за», и те, кто «против». Среди последних был и профессор Киевской духовной академии П.П. Кудрявцев, который говорил об «опасностях», подстерегающих Церковь и страну в случае восстановления патриаршества. К сожалению, к его словам не прислушались, тогда как некоторые из них оказались провидческими. В частности, обращаясь к «патриархистам» он говорил: «Вы вводите патриаршество в то время, когда готова начаться борьба Церкви с государством. В лице патриарха вы хотите иметь предводителя в этой борьбе. Но, ведь, если будущий патриарх примет вашу программу, ему ничего не остается, как сделаться вождем определенной политической партии, чего-то вроде католического центра в Германии. Другими словами: учреждение патриаршества может повести за собой рост того явления, какое называется клерикализмом. Не знаю, как вы, но мы считаем это явление столь же вредным для Церкви, как и для государства, а потому опасаемся вводить институт, чреватый такими последствиями. Но и это не все. Вы учреждаете патриаршество в такой момент нашей истории, когда новые формы нашей государственной жизни еще не определились. Во всяком случае, центробежные течения у нас теперь неизмеримо сильнее центростремительных, и возможность превращения нашего государства в федеративную республику или, по крайней мере, в республику, состоящую из ряда автономных областей, не исключается. Вы думаете, что патриаршество послужит к объединению России не только в церковном, но и в политическом отношении, а мы думаем, совсем наоборот: мы думаем, что патриаршество только усилит действие сил центробежных« .
В конце пленарного заседания приехавшие из Петрограда члены Собора сообщили о штурме Зимнего, низложении Временного правительства. В работе Собора объявлен был перерыв.
К вечеру уже вся Москва знала о событиях в Петрограде, о победе большевиков. Волна митингов, демонстраций, собраний прокатилась по заводам и фабрикам, учебным заведениям и военным частям. Толпы людей вышли на улицы, потянулись в центр города. То здесь, то там возникали стихийные митинги. Из рук в руки передавались дошедшие из Петрограда газеты, а также московские социал-демократические издания с сообщениями о революции. На городских площадях появились автомобили, с которых разбрасывались листовки с лозунгами: «Да здравствует власть революционного пролетариата!», «Вся власть Советам!», «Да здравствует пролетарско-крестьянская республика!»
В городе сформировались два центра власти. С одной стороны — Комитет общественной безопасности при Городской думе во главе с эсером В.В. Рудневым и командующим Московским военным округом полковником К.И. Рябцевым. К Думе, где заседал этот орган, подтягивались офицеры, прапорщики и юнкера, оставшиеся верными Временному правительству.
С другой стороны — в бывшем доме генерал-губернатора на Скобелевской площади разместились Совет рабочих депутатов и Военно-революционный комитет. Сюда с рабочих окраин двинулись отряды Красной гвардии и добровольцев, по пути занимая почту, телеграф, телефонную станцию.
В ночь на 26 октября верные Рябцеву войска перешли в наступление: блокировали Кремль, где оказались в заложниках отряд красногвардейцев и солдаты 56-го пехотного полка; заняли Манеж и прилегающие к центру города улицы и площади. Москва была объявлена на военном положении. Военно-революционному комитету был выставлен ультиматум о сдаче оружия и прекращении противодействия правительственным силам. Поскольку он был отвергнут, началась осада Кремля. Раздались первые выстрелы, пролилась первая кровь, и тем самым в городе была развязана ожесточенная гражданская война.
Епархиальный дом, где проходили заседания Собора, и здание духовной семинарии (Божедомский пер., 3), где жили члены Собора, оказались в зоне непосредственного вооруженного столкновения. К тому же немало иерархов и священников жило в Кремле при различных церковных учреждениях и фактически были блокированы в Кремле. В этих условиях соборяне не могли собираться на пленарные заседания, деятельность Собора была парализована. Лишь утром 28 октября, хотя и не в полном составе, соборяне смогли собраться вновь. Главным вопросом, поставленным на обсуждение, стал вопрос о восстановлении в Русской церкви патриаршества. В ходе непростой дискуссии сторонникам патриаршества удалось убедить присутствующих прекратить прения и перейти к обсуждению практических мероприятий по восстановлению патриаршества. 30 октября незначительным большинством голосов (141 — «за», 112 — «против», при 12 воздержавшихся) Собор принял решение приступить к немедленному избранию патриарха.
В течение нескольких последующих дней, несмотря на то что в городе продолжалась ожесточенная гражданская война, членам Собора удалось выработать порядок избрания патриарха, и путем тайного голосования определить трех кандидатов на патриарший престол. Ими стали — архиепископ Антоний (Храповицкий), архиепископ Арсений (Стадницкий) и митрополит Тихон (Белавин). По решению Собора избрание патриарха должно было осуществиться путем «вынутия жребия».
В условиях ожесточенных боев в городе, отдельные члены Собора пытались выступить посредниками между противоборствующими сторонами, призвать к перемирию и переговорам. С этой целью 2 ноября делегация Собора во главе с митрополитом Тифлисским и Бакинским Платоном (Рождественским) посетила дом генерал-губернатора, где находился Московский военно-революционный комитет. Однако ей не удалось добиться положительного решения .
4 ноября 1917 г., когда в Москве большевики окончательно победили и заняли Кремль, Собор принял Определение о высшем управлении Российской православной церкви, восстанавливающее патриаршество .
5 ноября, в воскресенье, в храме Христа Спасителя соборяне при большом стечении народа присутствовали на торжественном акте избрания патриарха. Из ковчежца, где находились записки с именами трех кандидатов, старец Зосимовой пустыни Алексий вытащил записку с надписью — «Тихон, митрополит Московский».
21 ноября уже в Успенском соборе Кремля с разрешения новых гражданских властей состоялось торжественное богослужение, во время которого Тихон был возведен в сан Всероссийского патриарха.
Параллельно с реорганизацией высших органов церковного управления Собор с середины ноября 1917 г. приступил к обсуждению Определения «О правовом положении Российской православной церкви». Проект этого документа на пленарных заседаниях представляли профессор Московского университета, доктор политической экономии С.Н. Булгаков и профессор Киевской духовной академии, магистр богословия Ф.И. Мищенко. Общая посылка выступавших заключалась в том, что старые взаимоотношения между Церковью и государством, характерные для времен Российской империи, отжили свое и возвращения к ним не может быть. Вместе с тем, оба считали невозможным строить их и на принципе отделения Церкви от государства.
С.Н. Булгаков, характеризуя проект, выделил две основные мысли, лежащие, по его мнению, в основе документа. «Первая — та, — говорил он, — что должно быть создано некоторое удаление между Церковью и государством; вторая — та, что отношения союза все же должны быть сохранены. Бесспорно, что излишне тесная связь между Церковью и государством, как она существовала в России в прошлом, когда Церковь была окована цепями государства и в тело ее въедалась ржавчина этих цепей, — эта связь порвана. Бедствие для Церкви было в том, что она была огосударствлена» .
Члены Собора, полагая, что «нынешние власти» не продержатся более одного-двух месяцев, ориентировались при разработке документа на сохранение «союзнических» отношений Церкви с государством и укрепление ее особого положения в обществе, расширение прав и полномочий. Не случайно тот же Булгаков говорил: «Законопроект вырабатывался именно в сознании того, что должно быть, в сознании нормального и достойного положения Церкви в России. Наши требования обращены к русскому народу через головы теперешних властей. Конечно, возможно наступление такого момента, когда Церковь должна анафематствовать государство. Но, без сомнения, этот момент еще не наступил» .
Проект обсуждался вплоть до 2 декабря 1917 года, когда он и был принят на пленарном заседании Собора. Этим документом Церковь, с одной стороны, выявляла свою официальную позицию в отношении «церковной политики» большевиков, а с другой — предлагала обществу и государству свое видение «идеальной» модели взаимоотношения государства и Церкви, к которой и той, и другой стороне следовало бы стремиться.