Отдел должен был в своей работе опираться на Комиссию, состоящую из представителей заинтересованных государственных ведомств и религиозных организаций, и имеющую характер консультативного органа. В.Д. Бонч-Бруевич, бывший одним из идеологов «церковной политики» советского правительства и практических деятелей по ее реализации, на совещании Комиссии так охарактеризовал ее основные задачи:
«1. Разбор и разрешение многочисленных случаев прецедентарного характера, могущих возникнуть при непосредственном применении декрета.
2. Осуществление почина в издании правительственных актов в развитие, дополнение и разъяснение декрета.
3. Выработка инструкции по применению декрета с целью исключения разного понимания его положений и введения единообразия «в осуществлении провозглашенных начал».
4. Помощь другим органам власти в пресечении контрреволюционной деятельности религиозных объединений« .
14 мая состоялось первое совещание VIII отдела, на котором обсуждался план ближайшей его деятельности. В.Д. Бонч-Бруевич, ведший заседание, отметил, что деятельность отдела затрагивает «интимные интересы миллионов граждан Российской Федеративной Советской республики, причем, несмотря на наблюдаемое ослабление влияния религии на население, оно продолжает относиться с болезненной восприимчивостью ко всяким незаконным посягательствам на свободу религиозных убеждений и отправление религиозного культа». А потому перед отделом была поставлена задача руководить «деятельностью мест и властей Российской Федеративной Советской республики, направленной к установлению новых, созданных Октябрьским переворотом, отношений между государством и исповеданиями на обеспечиваемых декретом Совета Народных Комиссаров началах свободы совести и отправления религиозных обрядов» .
Отныне все вопросы, касающиеся взаимоотношения государства с Российской православной церковью, а также и другими религиозными объединениями, и требующие решения правительства, предварительно обсуждались в этом отделе. Разъяснения и указания отдела вплоть до сентября 1918 г. были единственными правовыми документами, регламентировавшими порядок разрешения практических вопросов, связанных с отделением церкви от государства. На отдел же возлагалась задача по борьбе с нарушениями законодательства о культах со стороны как духовенства и церковных организаций, так и местных органов власти .
Не мог отдел обойти своим вниманием и такой острый и спорный вопрос, как предоставление религиозным организациям прав юридического лица и прав на церковную собственность (12 и 13 пункты Декрета). 8 мая в заседании отдела обсуждался доклад профессора М. Рейснера, в котором была сделана попытка определить правовое положение религиозных и церковных обществ в условиях новой социально-политической ситуации. Приведем фрагмент сохранившейся стенограммы заседания, из которого видно, что участники исповедовали различные взгляды и подчас занимали противоположные позиции по обсуждавшимся вопросам:
«Гуковский (сотрудник VIII отдела) — Доклад не разъясняет отмеченного в нем противоречия между предоставленным религиозным обществам правом владения и лишением их прав юридического лица. Ибо раз общество как таковое получает право владения, то оно, значит, становится субъектом права. Но быть субъектом права и не быть ни юридическим, ни физическим лицом — юридический абсурд.
Галкин (сотрудник VIII отдела ) — Допуская, что лишение религиозных обществ прав юридического лица, хотя и грешит против юридической стройности, но теперь, в период борьбы, этого права предоставлять религиозным обществам нельзя по политическим основаниям, что особенно ясно хотя бы из патриаршего обращения.
Красиков (заведующий VIII отделом) — Также подчеркивает революционное время, и то, что крупные церкви (православная, католическая), безусловно, враждебны Советской власти. Это враги, с которыми нужно бороться, и потому никаких послаблений к 12-му и 13-му пунктам декрета допускать нельзя« .
Второго июля начала работу третья сессия Собора. Собралось всего 150 человек, из них 16 епископов . Поскольку к этому времени здание Московской духовной семинарии было национализировано, и там проживали делегаты V Всероссийского съезда Советов, то участников Собора разместили при московских церквах и монастырях. Соборные заседания проводились либо в Епархиальном доме, либо на Троицком подворье, где располагался патриарх и органы высшего церковного управления.
На Соборе продолжилась работа по выработке Определений о деятельности высших органов церковного управления. Рассмотрен был вопрос о местоблюстителе патриаршего престола. Его избрание в случае «освобождения патриаршего престола» предполагалось в соединенном заседании Священного синода и Высшего церковного совета. Местоблюститель возглавляет Церковь в период междупатриаршества и главная его обязанность состоит в проведении в трехмесячный срок Поместного собора для избрания патриарха . В специальном Определении (от 13.08.1918 г.) устанавливался порядок избрания патриарха. В общих чертах он соответствовал процедуре избрания патриарха Тихона . Кроме того, принято было Определение «О положении и штатах Высшего церковного управления» (от 20.09.1918 г.) .
Некоторые Определения Собора касались вопросов организационно-административного порядка и устройства Церкви, финансово-хозяйственной деятельности. Среди них: о временном Высшем церковном управлении на Украине, об устройстве Варшавской епархии, о церковных округах, об учреждении новых епархий и викариатств, о монастырях и монашествующих, о привлечении женщин к церковному служению, о прославлении местных святых и восстановлении празднования дня памяти всех святых Российских, о церковных сборах, имуществе, хозяйстве и т.д.
В то время как на соборных заседаниях обсуждались и принимались решения о внутреннем устройстве Церкви, за стенами Епархиального дома в Лиховом переулке шел процесс государственного обустройства новой страны — РСФСР.
Проект Конституции, опубликованный в центральной и местной прессе, и вынесенный на обсуждение Всероссийского съезда советов, включал в себя специальную статью о свободе совести. Она гласила: «В целях обеспечения за трудящимися свободы совести церковь отделяется от государства, религия объявляется делом совести каждого отдельного гражданина, на содержание церкви и ее служителей не отпускается средств из государственной казны. Право полной свободы религиозной пропаганды признается за всеми гражданами» .
При обсуждении этой статьи столкнулись различные точки зрения среди делегатов относительно содержания «свободы совести» и мер ее обеспечения. Некоторые, например, нарком юстиции П.И. Стучка утверждал, что предложенная редакция статьи есть слепое копирование программ европейских социал-демократических партий, не идущих в «религиозном вопросе» дальше провозглашения свободы совести в ее буржуазном понимании. А потому предлагалось исключить из проекта положение о религии как о деле совести гражданина и о полной свободе религиозной пропаганды. «В самом деле, — рассуждал в связи с последними положениями нарком, — советским юристам придется призадуматься, как соединить некоторые статьи декрета об отделении церкви от государства с этой полной свободой религиозной пропаганды. Мне мерещится, что действительная свобода совести, как ее понимает Маркс, обеспечивается одной свободой антирелигиозной пропаганды, да и только» .
В окончательном тексте Конституции, принятой 10 июля, статья (ст. 13) о свободе совести выглядела так: «В целях обеспечения за трудящимися действительной свободы совести, церковь отделяется от государства и школа от церкви, а свобода религиозной и антирелигиозной пропаганды признается за всеми гражданами» .
В принятой первой Конституции РСФСР (одновременно первой и в истории России) были и некоторые другие статьи, касающиеся «религиозного вопроса»: предусматривалась возможность предоставлять «право убежища» иностранным гражданам, преследуемым за религиозные убеждения (ст.12), вводились ограничения политических прав в отношении монашествующих и служителей культа (ст.65).
С принятием Конституции основные положения декрета об отделении церкви от государства стали нормой конституционного права, а VIII отдел Наркомюста призван был теперь, наряду с проведением декрета в жизнь, обеспечивать и контролировать соблюдение статьи 13-й Конституции РСФСР. Чтобы добиться этого Наркомюст разработал специальную инструкцию «О порядке проведения в жизнь декрета об отделении церкви от государства и школы от церкви», которая была опубликована как постановление Наркомата внутренних дел (НКВД) 30 августа 1918 г. . Она состояла из шести разделов: 1. О церковных и религиозных обществах. 2. Об имуществах, предназначенных для совершения религиозных обрядов. 3. О прочих имуществах. 4. О метрических книгах. 5. О религиозных церемониях и обрядах. 6. О преподавании религиозных вероучений.
Работа третьей сессии Собора пришлась на самый кровавый этап гражданской войны. Летом и осенью 1918 г. страна окончательно раскололась, начались масштабные военные действия противоборствующих сторон, арсенал гражданской войны пополнился еще одной формой борьбы — взаимным террором. Гибли верующие и неверующие, священники и комиссары, коммунисты и беспартийные, «красные» и «белые». Усугубило ситуацию в России и способствовало умножению жертв и страданий народа, сделало исход борьбы неопределенным и тем самым затянуло гражданскую войну — вмешательство иностранных государств, вторжение на территорию России войск немецких, английских, японских, румынских. Добавим сюда и установление Антантой военно-экономической блокады Советской России, что было грубейшим нарушением международного права, акцией по существу террористической, немилосердной, варварской, способствовавшей усилению голода и распространению эпидемий в России, повлекших за собой гибель значительной массы населения страны.