Положение крестьян в Германии к тому моменту значительно ухудшилось. Рост денежного хозяйства отразился в усилении налогов и податей. Крестьяне массами обезземеливались и не находили уже прибежища в городах вследствие ограничительных мер против прилива рабочей силы, конкурирующей с цеховым ремеслом. Этот сельский пролетариат и представлял мощные кадры отчаявшихся, на все готовых людей, часто прошедших военную школу в княжеских дружинах. И мятежи на протяжении всего XV века вспыхивали действительно весьма часто. Этим местным движениям не хватало объединяющего лозунга, единой цели. Реформация дала эту цель, подняв всю нацию. Как революционный класс, крестьянство сделалось застрельщиком и далеко перешагнуло за границы, намеченные реформацией в узком смысле слова. Реформация с Лютером, как ее выразителем, удовлетворилась формальной церковной реформой. Ее задачей было, как писал Лютер, «оторвать сердца от монастырей, но не нападать на них». Церкви и монастыри, т.-е. принадлежащие им богатства, должны были поступить в распоряжение господствующих классов. Но эти богатства были нужны изнемогающим в нищете низшим классам, прежде всего безземельному крестьянству.
Когда Мюнцер увидел, что только восстание народа против всех эксплоататоров сможет восстановить справедливость, он деятельно стал готовиться к борьбе, организуя крестьян и горнорабочих. Эти приготовления сделались известными Альштету, где была резиденция Мюнцера, грозила карательная экспедиция, и городской совет захотел предать его властям. Мюнцер переехал в Мюльгаузен, где настроение народных масс — городских пролетариев, мещан, крестьян и даже цеховых ремесленников — было особенно благоприятным для его пропаганды и где уже имел место ряд восстаний против аристократической кучки правителей. Мюнцер прибыл туда в самый разгар движения и, повидимому, принял участие в восстании, закончившемся победой. Однако, среди победителей вскоре обнаружился раскол, буржуазия перешла на сторону городского совета и восставшие были побеждены. Мюнцер бежал в Южную Германию.
По дороге, в Нюренберге, он опубликовал свой самый замечательный памфлет — «Защитительную речь». «Сила меча, — говорит он в нем, — принадлежит всему обществу, а князья не господа, но слуги общественной власти». «Подонки ростовщичества, грабежа и разбоя — вот каковы наши государи и князья, они делают своею собственностью все творения божии… Бедным они преподносят заповедь божию и говорят: «не укради», но сами они этому не следуют». И он продолжает в том же духе отрицания всякого права власти на эксплоатацию и угнетение. Полемизируя с Лютером, он обличает его демагогию и вскрывает его защиту господствующих классов и враждебность к народу.
В начале 1525 года Мюнцер снова направляется в Мюльгаузен и оттуда руководит начавшимся в апреле этого года широко организованным крестьянским восстанием. Он лично организовывал крестьян для захвата власти в этом городе и, добившись победы, ввел там «неслыханные» коммунистические порядки, продержавшиеся всего около двух месяцев, так как сторонников последовательного коммунизма среди восставших оказалось не особенно много.
Началось кровавое подавление восстания. Плохо организованные и плохо вооруженные крестьяне не смогли долго сопротивляться княжеским войскам. Повстанцы потерпели страшное поражение у Франкенгаузена. Мюнцер был схвачен и после страшных пыток казнен.
И в этом великом и грозном эпизоде борьбы человечества за освобождение от религиозных и социальных оков перед нами встает не спор между одной религией и другой за право называться «истинной верой», а «слово божие», «священное писание» используются угнетенным классом, как единственная доступная народным массам программа освобождения, как единственное письменно зафиксированное выражение их стремлений. Теория евангельского коммунизма прилагается к социальной действительности не как религиозная теория, но как социальное учение, противопоставляется религии, исповедуемой и проповедуемой господствующими классами. Восставшие крестьяне были антикатоликами, но они не боролись также и за протестантство, как за религию. Они только вкладывали земное, революционное и следовательно антирелигиозное содержание в библейско-евангельские формулы.