Первой из пяти общин в Филаретовской епархии стала Аносино-Борисоглебская община в Звенигородском уезде, основанная княгиней Евдокией Мещерской, урождённой Тютчевой - тёткой известного русского поэта Ф.И. Тютчева. В 1796 году в возрасте двадцати двух лет она вышла замуж за князя Бориса Ивановича Мещерского. Спустя три месяца после свадьбы князь умер, оставив её беременной дочерью . Княгиня удалилась в своё имение Аносино чтобы воспитывать дочь и вести благочестивый образ жизни . Пока дочь подрастала, она построила в Аносино каменную церковь, а в 1821 году в память о почившем супруге - дом призрения для бездомных женщин, заложив тем основание женской общины. В 1823 году община получила статус общежительного монастыря. К этому времени Мещерская уже выполнила свой родительский долг по отношению дочери и была пострижена свт. Филаретом в Вознесенском монастыре в монахини с именем Евгении и назначена настоятельницей новообразованного Борисоглебского монастыря.
Евгения, несмотря на заикание, имела живой ум и была известна мудростью советов; отмечали также простоту её жизни. Её внучка, которая вступила в монастырь в 1844 году, будучи дочерью сенатора, пошла по стопам своей бабки - она жила простой жизнью на природе, колола дрова, стирала бельё, готовила для трапезной и даже, по свидетельству архимандрита Пимена, ухаживала за лошадьми . К 1877 году в монастыре было 180 монахинь и послушниц, монастырь обеспечивал себя сельскохозяйственными продуктами, содержал больницу, дом престарелых для насельниц и гостиницу для приезжих . Организацией и образом жизни монастырь сильно отличался от других, необщежительных женских монастырей Москвы.
Самой заметной среди женских общин была Спасо-Бородинская, организованная Маргаритой Михайловной Тучковой, урождённой Нарышкиной, вдовой генерала Тучкова, убитого в 1812 году в знаменитом сражении при Бородино . Глубоко скорбя о своей потере, Тучкова дала обет построить в память о муже церковь на месте гибели его и других героев Отечественной войны 1812 года. Работая своему делу без устали, имея непреклонную решимость и многочисленные связи, Тучкова наконец добилась разрешения на возведение церкви и даже получила от царя пожертвование на строительство в размере десяти тысяч рублей. Но начало было таким трудным, что ей пришлось продать имеющуюся собственность и драгоценности для реализации задуманного. Во всё долгое время строительства Тучкова курсировала между стройплощадкой и домом в Москве, где она занималась образованием сына . В Бородино у неё была избушка, называемая пустынькой, и сюда стекались люди, привлекаемые славой о её благочестии и милосердии к неимущим. Как-то раз, проезжая через соседнюю деревню, она наткнулась на лежащую в телеге избитую, дрожащую женщину. Тучкова выяснила, что муж этой женщины был всем известный пьяница, который постоянно бил и терроризировал жену и двух дочерей, и возымела твёрдое намерение дать этим женщинам кров и защиту. По её настоянию местные власти разрешили увезти их, так из приюта для этих женщин постепенно выросла Спасо-Бородинская женская община.
В течение всех этих лет свт. Филарет был духовником Тучковой. Особенно важной эта роль свт. Филарета сделалась в 1826 году, когда сын Тучковой неожиданно умер от скарлатины и она впала в глубокое уныние и духовное окаменение. В это трудное время свт. Филарет оказывал Тучковой духовную поддержку, пока она не обрела мир в Спасо-Бородино в молитве, благотворении местным крестьянам, даровании совета и утешения женщинам, селившимся здесь под её духовным руководством. Долгими зимними вечерами вокруг Тучковой собирались женщины, - многие были бедны и необразованны и она читала вслух, наставляла, обсуждала с ними их духовные и иные нужды . В 1833 году, когда в общине было уже более сорока сестёр, свт. Филарет побудил общину добиваться формального признания, и началась подготовка к возведения её в статус монастыря. Он увещевал Тучкову принять постриг, что, по его мнению, помогло бы добиться положительного решения Синода. Зная также, как важно для нового монастыря быть экономически независимым, Филарет поддержал прошение Тучковой о том, чтобы её крупный пенсион вдовы генерала мог бы расходоваться на нужды монастыря . В 1838 году община была переведена официально в ранг общежительного монастыря . За литургией в Троице-Сергиевой лавре при поставлении Тучковой в игуменьи свт. Филарет совершил особый обряд посвящения ее в чин диакониссы и тем самым продемонстрировал своё желание возродить это забытое древнее служение.
Успех Спасо-Бородинской общины, в которой к 1877 году собралось около двухсот сестёр, заронил в сердца других благочестивых женщин желание образовать духовные общины в своих поместьях . Так, Анна Гавриловна Головина, урождённая княжна Гагарина, после смерти мужа стала помышлять о создании женской общины по образцу Спасо-Бородинской в старинном имении Головиных Новоспасском . Её сын одобрил эти планы и вместе они пожертвовали на их осуществление 108 десятин земли, мельницу, дававшую до 500 рублей в год и кирпичный завод в Москве с годовым доходом в 500 рублей. В 1851 году община, известная под именем Спасо-Влахернской, была официально признана, и свт. Филарет посетил её и освятил в ней церковь.
Московский святитель деятельно помогал формированию Влахернской общины. В 1854 году он отредактировал и благословил устав общежития, составленный по образцу Одигитриевской пустыни . В 1856 году, после смерти Головиной, по просьбе её сына Филарет поставил в общину мать настоятельницу, которая должна была нести дух Дивеева, знаменитой женской молитвенной общины, выпестованной преп. Серафимом Саровским в нижегородской земле . В 1861 году свт. Филарет активно поддержал возведение общины в ранг монастыря, таким образом в очередной раз увеличивая количество общежительных монастырей в своей епархии.
История происхождения и развития пятой по счёту женской духовной общины, образованной в московской епархии за время правления свт. Филарета - Крестовоздвиженской-Иерусалимской, - рисует яркую картину народного благочестия, чуждого сословных границ. История начинается с крестьянина Ивана Степановича из деревни Пахра, что примерно в тридцати верстах от Москвы. Ивана Степановича и в деревне, и в Москве среди купцов принимали за юродивого старца. Свт. Филарет знал его и относился к нему с расположением; знали Ивана Степановича и в семье купцов Саватюгиных. Когда в 1854 году купец Саватюгин умер, Иван Степанович попросил его жену пожертовать тридцать рублей маленькой группке женщин в Пахру, которые собирались вместе для чтения псалтири и которые за этот дар стали бы молитвенно поминать почившего вечно. В 1855 году эта группа выросла численно, и по смерти Николая I свт. Филарет благословил чтение неусыпаемой псалтири по почившему государю. Сама Саватюгина присоединилась к растущей общине и на свои средства построила большой дом для сестёр. Тем не менее, места в Пахре скоро стало недостаточно и к середине 60-х годов община уже присматривала место побольше.
А в это время умирает Николай Иванович Головин, который был двоюродным братом основателя Спасо-Влахернского монастыря и деверем Варвары Михайловны Головиной, ставшей впоследствии игуменьей Хотькова и Новодевичьего монастырей. Головин завещал своей жене село Лукино. Ещё раньше Головин позволил братьям Екатеринской пустыни пользоваться полями Лукино за то, чтобы те ежедневно служили литургию в деревенской церкви. Но после его смерти Головина захотела, чтобы село было в пользовании женской общины. Она обратилась за советом к свт. Филарету и они решили, что община из Пахро переедет в Лукино. В процессе юридической передачи общине своих прав на собственность в 1867 году умирают и Головина, и свт. Филарет. В 1870 году община, известная уже под именем Крестовоздвиженской-Иерусалимской, переезжает в Лукино и открывает там школу на тридцать девочек . В 1887 году община официально становится общежительным монастырем.
Хотя четыре упомянутые общины, а также значительное число из более чем двухсот женских общин, образовавшихся между 1764 - 1907 гг., были основаны вдовами, это был не единственный способ их образования. Например, Троице-Одигитриевская Зосимова пустынь возникла как объединение женщин вокруг знаменитого старца . Эта вторая по времени возникновения община в период архипастырского окормления Московской епархии свт. Филаретом.. Она была основана в 1826 году почитаемым известным духовником по имени Зосима, когда одна благочестивая вдова испросила его духовного руководства. Вскоре к ней присоединились другие - мать с дочерью - и поселились в одном сибирском селе недалеко от места подвига Зосимы. Впоследствии община переселилась в безлюдное место под селом Архангельским в Московской епархии на земли, пожертвованные вдовой Бахметьевой. В жизни общины сочетались молитвенный подвиг и сельский труд. В 1856 году свт. Филарет стал инициатором возведения общины в статус монастыря. При освящении монастырской церкви свт. Филарет с глубоким почтением говорил о любви Зосимы к тишине, умной молитве и природе и призывал сестёр следовать этому пути.
Таким образом, мы видим, что все женские общины, образовавшиеся во время пребывания свт. Филарета на митрополичьей кафедре, в результате стали общежительными монастырями; во всех пяти рассмотренных случаях цели реформы очевидны - более строгая дисциплина, большее уединение, более глубокая молитвенная жизнь и большая общежительность. Те же цели он ставил в отношении реформирования штатных монастырей, но результат был менее успешным отчасти потому, что он вовсе не был иерархом железной авторитарности, как его обычно изображают. Напротив, он был умеренным реформатором, который при возможности назначал настоятельницами женщин, разделяющих его цели, и вполне полагался на их инициативу и желание трудиться в данном направлении. Он придавал большое значение происходящему и настаивал на том, чтобы средства достижения цели соответствовали духу монашеской жизни, считая, что идеалом отношения со стороны монастырской власти должно быть материнское сострадание и ответственность за своих духовных чад. Сюда же добавлялись сдерживающие причины организационного и экономического характера, затрудняющие развитие общежития.