Двухгодичные переговоры между РПЦ и Американской Митрополией РПЦЗ привели к восстановлению канонических отношений между ними в 1969 году. В апреле 1970 года Московский Патриархат решил даровать ЯПЦ автономию. Все эти события привели в результате к возвращению ЯПЦ в юрисдикцию Московского Патриархата. В период с 1972 года по 1999 год Японскую Автономную Православную Церковь возглавлял Феодосий (Нагасима), архиепископ Токийский, митрополит всей Японии. Главной задачей для ЯАПЦ он считал проведение миссионерской работы для просвещения язычников светом истинного христианства.
Духовная Миссия в Японии была упразднена, вместо нее было создано Патриаршее подворье РПЦ в Японии. Его настоятелем был назначен Николай (Саяма). Основными функциями Подворья являются: 1) информационное посредничество между РПЦ и ЯАПЦ, а также другими Церквами, религиозными общинами, общественными организациями Японии; 2) организация паломничества японских верующих в Россию и 3) сохранение имущества РПЦ в Японии [2, 68-69]. С 1991 года настоятелем Подворья является Николай (Кацюбан).
После кончины митрополита Феодосия в мае 1999 года ЯАПЦ возглавляли епископ Петр (Арихара) и митрополит Даниил (Нусиро) (соответственно 1960-1962, июнь-ноябрь 1962 и 1962-1972 года служения). На данный момент в состав ЯАПЦ входят три епархии: Токийская, епархия Западной Японии с центром в Киото и епархия Восточной Японии с центром в Сендае. Православных христиан в Японии намного меньше католиков и протестантов. Такая ситуация сложилась благодаря тому, что последние обладают большими материальными и людскими ресурсами. Но, несмотря на это, количество православных по сравнению с началом века практически не уменьшилось. Сильное увлечение католицизмом и протестантством можно объяснить тем, что многие японцы стремятся к западному образу жизни. Православные же японцы считают, что православие является самой восточной из христианских конфессий, и в этом видят его преимущество.
Список литературы
См. подробнее Александр Чех. Николай-до. Святитель Николай Японский. Краткое жизнеописание. Выдержки из дневников. СПб., 2001.
Суханова Н.А. Цветущая ветка сакуры. История Православной Церкви в Японии. М., 2003