После смерти Петра Могилы для коллегии настали несчастные времена. Пожертвования на нее дворянства и казаков прекратились по случаю восстания Хмельницкого. Лаврские вотчины, выпрошенные для нее Могилой, были отобраны опять в лавру. Ученики высших классов, увлеченные патриотическим движением, уходили под знамена Богдана, так что в этих классах учение на время совсем прекратилось. При всем том дело Могилы оказалось прочным и не погибло от невзгод. Киевская коллегия, получившая от его имени название Могилянской, неуклонно продолжала развиваться в указанном им направлении. Вскоре она снова стала привлекать к себе учеников целыми сотнями, несмотря на то, что постоянно терпела разные несчастия и крайнюю нищету до самого 1685 года, когда Киевская митрополия присоединилась к Московскому патриаршеству.
Самыми видными представителями киевской богословской учености после Могилы были, следовавшие один за другим, два ректора коллегии: Лазаръ Баранович (1650-1655 гг.) и Иоанникий Голятовский (до 1663 r.). В 1663 г. собором Малороссийской церкви они были выбраны на публичное состязание с латинами, по поводу разных нареканий на Русскую церковь от иезуитов, и блистательно оправдали свое избрание, как люди, владевшие оружием схоластики нисколько не хуже иезуитов. Памятником полемики Барановича служит книга "Новая мера старой веры" - ο главенстве папы и исхождении Святого Духа. Но особенно знаменит был Баранович, как проповедник. Он оставил после себя два собрания слоев : "Меч Духовный" и "Трубы Словес." Кроме русских сочинений, он писал еще на польском языке стихи, до которых киевские ученые были большие охотники, и жития святых. Голятовский считался еще лучшим проповедником, чем Баранович. Собрание его проповедей названо "Ключ Разумения" - к нему автор присовокупил замечательную для характеристики киевского проповедничества "Науку ο сложении сказаний." Как материал для проповедничества, Голятовский, по примеру иезуитов, издал два сказания ο чудесах Богородицы: "Небо новое с новыми звездами" и "Скарбницу потребную всему свету." Полемические его сочинения считались у иезуитов самыми опасными. Памятником его состязания в 1663 году с иезуитами осталась "Беседа Белоцерковская" ο священноначалии. Кроме того, он написал еще трактат об исхождении Святого Духа, "Ответ на Фундаменты веры," как называлось одно католическое сочинение (иезуита Скарги), и "Души умерших людей" - ο чистилище. По поводу появления в его время на востоке одного лжемессии, увлекавшего евреев обещанием нового царства в Палестине, написано им сочинение "Мессия Праведный." Против мусульманства направлены его сочинения: "Лебедь с перием" и "Алкоран Махметов, от когелефа Христова разрушенный"; в обличение язычества - трактат "Боги поганские" (+1688 архимандритом Елецкого монастыря). Самыми солидными полемическими трудами были труды Адама Зерникава, человека, впрочем, не киевского образования. Он родился в Кенигсберге от родителей-лютеран, учился в лучших университетах запада, был в Оксфорде, Кембридже, Париже и Риме, наконец в России из лютеранства присоединился к православной церкви. По поводу своего присоединения он подал Лазарю Барановичу полное опровержение лютеранской веры в виде обширного ученого трактата. Другое сочинение его написано в 1682 году против католичества "Об исхождении Святого Духа"; такого полного и образцового полемического труда об исхождении Святого Духа, как этот, православная церковь еще никогда не имела. Зерникав умер в Батуринском монастыре в 1690-х годах. Киевские ученые составили несколько опытов и в историческом роде: таковы собрания житий, хроники, летописи, сказания. Особенно замечателен труд предшественника Лазаря Барановича по ректорству в коллегии (1648-1650 гг.) Иннокентия Гизеля, названный "Синопсисом"; это был у нас первый учебник русской истории; несмотря на все свои ошибки, обилие фальшивого риторства и страсть к словопроизводствам, он оставался у нас единственным руководством для школ до времени Ломоносова.
Во всей массе литературных трудов, которые произвела киевская ученость, господствовало схоластическое направление, имевшее множество недостатков. Богословская и философская мысль киевских ученых путалась в массе разных схоластических аргументов, дивизий и субдивизий и всяких силлогистических тонкостей, развивалась исключительно с формальной стороны, оставаясь в сущности весьма простодушной и наивной. Она не способна была не только обогатить философской и богословской науки каким-нибудь новым научно-литературным содержанием, но даже освободить ее от разных средневековых фантастических бредней и суеверий. Киевская риторика, тоже занявшись одними формами риторства, вселяла в своих питомцев любовь к детской игре словами, вычурным тропам и фигурам, натянутым толкованиям, символам и аллегориям, что видно из самых уже заглавий киевских произведений. Церковная проповедь, под влиянием такого рода риторства, сделалась по временам занимательным, но вообще пустым разглагольствованием без плодотворного приложения к жизни. Но, при всех подобных недостатках, схоластическое образование в своем роде было все-таки образованием научным, по крайней мере служило преддверием к действительной науке; оно приучало к умственной работе, известной отчетливости в словах и мыслях, сознательности в верованиях и, во всяком случае, стояло несравненно выше образования московских начетчиков. Важно было в нем и то, что оно не чуждалось плодов западной науки, а смело шло ей навстречу, пользуясь всем, что у нее было доброго.