Особенно дурно отозвались на положении Стефана, да и всей вообще иерархии два политических дела 1718 года - дело царевича Алексея u дело его матери, бывшей царицы Евдокии Лопухиной. B них замешано было несколько важных лиц из духовенства. Дознано было, что духовник царевича Яков Игнатьев был злейшим врагом Петра, внушал Алексею ненависть ко всем делам и к самому лицу его отца, однажды на исповеди, когда Алексей со страхом признался ему, что желает отцу своему смерти, успокоил его, говоря: "Мы и все желаем ему смерти"; что духовник царицы Евдокии Федор Пустынный, ростовский архиерей Досифей и юродивый Михайло Босой говорили ей ο близкой смерти Петра и скором возвращении ее на царство, подкрепляя свои уверения разными пророчествами и видениями; что царевич, бежав за границу, писал оттуда письма Досифею, Крутицкому митрополиту Игнатию Смоле и Киевскому Иоасафу Кроковскому; что он более всего надеялся на духовенство и говорил своим приближенным: "Когда будет время без батюшки, тогда я шепну архиереям, а архиереи приходским священникам, тогда меня и нехотя владетелем учинят." Был заподозрен в связи с царевичем и сам Стефан, которого партия царевича и сам он считали своим и на которого рассчитывали, что он снимет с царевича присужденное ему царем пострижение в монашество. По окончании розысков Яков Игнатьев, Федор Пустынный и Досифей были преданы смертной казни; Иоасаф Кроковский умер скоропостижно еще раньше розыска на дороге из Киева в Петербург; Игнатий Смола по старости был уволен на покой (уже в 1721 г.) в Нилову пустынь. Во все время розысков царь находился в таком же страшном раздражении, как во время стрелецких казней, и высказывал крайне резкие отзывы ο духовенстве. Β 1718 году он решительно высказал мысль об отмене патриаршества и об устройстве для церковного управления духовной коллегии, наподобие учреждавшихся тогда же государственных коллегий. Яворский уцелел во время розысков - ему предназначалось даже место президента в новой духовной коллегии; но отношения к нему царя были окончательно испорчены - президентом он должен был сделаться только номинальным. Петр убедился, что не все и киевляне могли ему сочувствовать, и стал приближать к себе из них новых людей, более соответствовавших его видам.
Новые приближенные царя - Феодосий и Феофан.
Β Новгородской епархии он заметил хутынского архимандрита Феодосия Яновского, родом из польской шляхты. Во время гонения на черкас он уехал из Москвы в Новгород к митрополиту Иову, который тогда собирал около себя ученых людей для просвещения своей епархии и принял пришельца очень милостиво, сделав его y себя одним из первенствующих архимандритов. Это был светский, развязный и весьма либеральный монах, он понравился царю с первой же встречи. Β 1712 году Петр сделал его александро-невским архимандритом, правителем духовных дел в Петербургской области и доверенным своим человеком по духовной части. Царь не обращал внимания ни на шаткость религиозных убеждений своего любимца, ни на его светскую жизнь, которая производила соблазн в народе и духовенстве, видел в нем только умного человека, умевшего приспособиться к требованиям времени, борца против суеверий и раскола и удобного помощника в церковных реформах. Β 1716 году митрополит Иов скончался, и на место его в 1721 году царь указал посвятить Феодосия.
Β 1716 году был вызван в Петербург другой, еще более образованный монах из Киева, Феофан Прокопович. Еще в киевской академии он отличался необыкновенной даровитостью, любовью к наукам, многознанием и живостью характера. Из Киева он отправился учиться за границу, где, отрекшись конечно от православия, учился во Львове, Кракове и Риме. Иезуитское воспитание не только не увлекло его в сторону латинства, но возбудило в его душе полное отвращение и от схоластики, и от иезуитов, и от всей системы католичества. B 1704 г., воротясь в Киев и снова присоединившись к православию, он поступил на службу в академию и постепенно проходил в ней должности учителя, префекта и ректора. Β 1706 году царь, при посещении Киева, в первый раз слышал его приветственное слово и заметил его. Β 1709 году Прокопович опять приветствовал Петра с полтавской победой; в слове его были прославлены победы царя над шведами, не забыта была и простреленная в бою шляпа Петра, вставлено ловкое сравнение Полтавской битвы (в день преподобного Сампсона 27 июня) с победой Сампсона над львом (герб Швеции). Петр никогда еще не слыхивал такой живой и современной предики; карьера Феофана была после этого упрочена. Вызванный в 1716 г. в Петербург, он постоянно говорил здесь проповеди, в которых пояснял слушателям современные события и преобразовательные планы Петра, и вошел в еще большее доверие y царя, чем Феодосий. Понятно, что он сделался после этого первым кандидатом на архиерейство; но в то же время своими резкими обличениями суеверий и обрядовой религиозности народа он возбудил против себя среди духовенства серьезные подозрения в протестантстве, которые разделяли и некоторые киевские ученые, и сам местоблюститель. Двое из этих ученых, ректор московской академии Феофилакт Лопатинский (приехавший в Москву еще в 1704 году) и префект Гедеон Вишневский (вызванный в 1714 году), отыскали в его киевских лекциях протестантские идеи и подали на него Стефану донос, а Стефан доложил об этом доносе царю с присовокуплением собственного мнения, что Феофан не может быть епископом. Петр дозволил Прокоповичу самому оправдаться против обвинений, и Феофан так в этом успел, что Стефан должен был просить y него извинения. Β 1718 году Феофан был поставлен епископом во Псков и сделался правой рукой Петра во всех церковных реформах. Β то время как местоблюститель вместе с великорусскими иерархами сетовал об уничтожении патриаршества, Феофан, по поручению царя, писал регламент для духовной коллегии.
Составление Духовного регламента.
Было закончено было к 1720 году, после чего он целый год рассматривался Сенатом, архиереями, архимандритами и самим государем. Он заключал в себя изложение всех важнейших пунктов церковной реформы, разделяясь на три части: 1) описание и вины синодального управления, 2) дела, ему подлежащие и 3) самих управителей должность и сила. Характер его изложения весь проникнут духом современной борьбы реформы с противодействовавшими ей предубеждениями и явлениями, и потому отличается обиличительным направлением, тенденциозностью, даже страстностью. 0 винах новой формы церковного управления в нем говорится, что коллегиальное управление, в сравнении с единоличным, может решать дела скорее и беспристрастнее, менее боится сильных персон и, как соборное, имеет больше авторитета, с другой стороны - менее опасно для государства, ибо простые люди, не зная различия между духовной и самодержавной властью и удивляемые славой и честью патриарха, считают его вторым государем, самодержцу равносильным или и больше его и, если случится между патриархом и царем разногласие, то скорее пристанут к первому, мечтая, что поборают по самом Боге - в доказательство представлены указания на византийскую историю, на историю папства и на подобные же "и y нас бывшие замахи"; президент же коллегии не имеет ни такой народ удивляющей славы, ни силы, имея голос равный с голосами других членов; и в случае суда над ним не нужно обращаться за этим судом на сторону, так как он подлежит суду самой коллегии. Восстает Регламент и против другой народ удивляющей славы, славы епископов, воспрещает водить их под руки, кланяться им в землю и воздавать "лишнюю и - почитай - царскую честь," отнимает y них право церковной анафемы и предоставляет это право одной духовной коллегии; делает колкую заметку и против архиерейских слуг, злоупотребляющих своей властью при владыке для лакомства и наживы. Особенно горячо говорится в Регламенте ο расколах и суевериях, с которыми реформе приходилось считаться всего более. Синоду вменяется в обязанность подвергать строгому исследованию акафисты и службы святым, чудотворные иконы, мощи и другие святыни, "много бо ο сем наплутано," всякие чудеса и пророчества, выводить почитание 12 пятниц, обычай "людем, далече отстоящим, молитвы чрез посланников их в шапку давать" и другие суеверные обычаи. Большие отделы посвящены распоряжениям об усилении в народе и духовенстве религиозного образования - об издании для народа катехизических книжек, ο заведении при архиерейских домах духовных школ, об усилении церковной проповеди; сатира проникает и в эти положительные отделы Регламента - здесь, например, встречаем обличительные характеристики невежественного и упрямого великорусского начетчика и гордого киевского школяра, изучившего риторику и вообразившего, что уже все познал, и карикатурный портрет южно-русского ритора-проповедника, подражателя польских казнодеев. B 1722 году вышло в таком же роде Прибавление к Регламенту, содержавшее правила относительно белого духовенства и монашества.