B обер-прокуроры выбирались люди самых модных понятий ο религии и церкви. Таков в 1760-х годах был Мелиссино, известный любопытным проектом наказа депутату Св. Синода в комиссию об Уложении; тут были изложены самые либеральные предложения ο сокращении постов, об ослаблении почитания икон и мощей, сокращении богослужения, отмене содержания монахам, ο посвящении епископов без монашества, ο "пристойнейшей" одежде для духовенства, об уничтожении поминовения умерших, облегчении разводов, дозволении браков свыше трех и т. д.; Св. Синод отклонил этот проект и составил свой собственный. После Милиссино обер-прокурором был Чебышев (1768-1774), открыто щеголявший атеизмом и мешавший изданию сочинений, направленных против современного неверия. Из подозрения к "фанатизму" духовенства в 1782 г. из духовного ведомства изъяты были в ведомство светского суда все дела ο религиозных хулах, ο нарушении чинности в богослужении, ο колдовстве и вообще ο суевериях. Мнения членов Синода редко принимались в уважение, кроме мнений двоих наиболее приближенных к императрице членов - Гавриила и духовника государыни протоиерея Иоанна Памфилова. Последний был своего рода временщиком и между прочим заступником за белое духовенство против монашествующего и архиереев; в 1786 г. императрица пожаловала ему митру - награду, доселе неслыханную в белом духовенстве и возбудившую неудовольствие в среде монашества и архиереев, видевших в ней унижение митры. Члены Синода не скрывали недовольства своим положением, особенно живой и откровенный Платон. Привыкши к тому авторитету и благоговению, каким архипастырский сан пользовался в религиозной Москве, он с каждым годом все более и более тяготился своими поездками в Петербург для заседаний в Синоде, а c 1782 г. и вовсе перестал туда ездить, просил даже об увольнении на покой. Императрица его не уволила, но, видимо, охладела к нему и обходила его наградами. Только в 1787 г. она пожаловала его митрополитом, тогда как Гавриил и Самуил Киевский получили этот сан еще в 1783 г. Гавриил сохранил ее благоволение до конца царствования; всегда ровный, спокойный, всегда стоя на законной точке зрения, "резонабельный муж," как его называла Екатерина, умел проявлять свою ревность ο церкви так, что никогда не производил этим раздражения, и при случае сказать веское слово, которое даром не пропадало. Императрица постоянно призывала его в свои советы и приказала сноситься с ним по делам генерал-прокурорской канцелярии Сената.
Положение Гавриила пошатнулось уже при императоре Павле I. Крутому и нетерпеливо-вспыльчивому государю не понравилось, что митрополит не сочувственно отнесся к вновь введенному награждению духовных лиц государственными орденами и решительно отказался от пожалования кавалерством (католического) Мальтийского ордена, которым государь чрезвычайно увлекался. К концу 1800 г. митрополит был уволен на покой и вскоре скончался; место его занял Амвросий Казанский. Митрополиту Платону как учителю императора сначала все предрекали высокое положение в новое царствование, но и он не угодил государю, потому что тоже был против орденов и умолял дозволить ему - православному архиерею - умереть архиереем же, а не кавалером; государь насильно надел на него орден св. Андрея Первозванного. С 1797 г., когда ему было объявлено запрещение выезжать из Москвы, он не принимал никакого участия в высшем церковном управлении и оставался в тени до самой кончины, последовавшей в ноябре 1812 г.
Святейший Синод при Александре I.
Царствование императора Александра I началось новым преобразовательным движением в государстве, коснувшимся и церковной жизни. Β числе ближайших сотрудников государя в первые годы царствования был человек, хорошо знавший состояние и нужды церкви; это был знаменитый Мих. Мих. Сперанский, сам происходивший из духовного сословия, бывший воспитанником и учителем петербургской семинарии. Едва ли не по его инициативе в кружке ближайших сотрудников государя (Кочубей, Строгонов, Новосильцев, Чарторыжский), при проектах новых реформ, заговорили ο возвышении образования и материальных средств духовенства - по крайней мере из светских лиц Сперанский явился главным деятелем в разработке этого вопроса. Обер-прокурором Св. Синода с 1803 г. назначен был князь Α. Η. Голицын, друг юности государя и самое доверенное его лицо; религиозное образование он имел невысокое, первоначально был даже отрицательного направления в отношении к религии, в духе XVIII века, потом по обращении сделался покровителем разных мистических сект; но на первых порах, когда дело касалось не вопросов веры, а только указанного практического вопроса, был небесполезен для синодальных деятелей. Деятели эти скоро нашлись. Кроме митр. Амвросия, в Св. Синоде появилось несколько новых весьма видных иерархов, каковыми были: Мефодий Смирнов Тверской, известный хорошим устройством духовно-учебных заведений во всех епархиях (Воронежской, Коломенской, Тульской, Тверской), которыми он управлял, знаменитый вития Анастасий Братановский Белорусский, потом Астраханский (+ 1806), и с 1807 г. Феофилакт Русанов Калужский, потом Рязанский, однокурсник и друг Сперанского, человек живой, светски образованный, блестящий проповедник, скоро сделавшийся в Синоде влиятельнее самого митрополита. Правой рукой митр. Амвросия был его викарий, епископ Старорусский Евгений Болховитинов, воспитанник Московской академии и университета, служивший прежде учителем и префектом при родной воронежской семинарии, потом протоиереем в г. Павловске; вызванный в Петербург после вдовства (в 1810 г.), он постригся здесь в монашество, был префектом семинарии, наконец в 1804 г. посвящен в епископа Старорусского. Ему поручена была предварительная разработка вопроса об усовершенствовании духовных школ, которую он и исполнил к 1805 г., разработав преимущественно учебную и административную части устройства духовного образования. Β разработке экономической части Анастасию Братановскому приписывается счастливая мысль, оказавшаяся очень плодотворной на деле, именно ο назначении содержания для духовных школ из свечного дохода церквей. После предварительных работ в конце 1807 г. для составления полного проекта ο преобразовании духовных школ и об улучшении быта всего духовенства образован был особый комитет из духовных (митр. Амвросий, Феофилакт, протопресвитер С. Краснопевков и обер-священник И. Державин) и светских (кн. Голицын и Сперанский) лиц. Плодом его работ, законченных в июле 1808 г., были: а) новая организация всего духовного образования в России с учреждением для него тоже совершенно новой системы учебной администрации и б) изыскание для духовного ведомства нового громадного капитала.