Понятие совести как ответственности человека за свои дела перед людьми и самим собой в Древней Греции появилось довольно рано, уже Демокрит писал о необходимости соблюдения справедливости для того, чтобы человек не находился в состоянии постоянного самоосуждения. Для Аристотеля совесть — это «правильный суд доброго человека». Воспитание справедливости, доброты, в более широком смысле — гуманности уже предполагает терпимое отношение к убеждениям других.
Цицерон в трактате «О природе богов» дает пример свободного обсуждения проблемы богов сторонниками различных философских направлений. Он полагает, что при обсуждении надо придавать значение скорее силе доказательств, чем авторитету, и осуждает тех, кто перестает сам рассуждать и считает бесспорными только суждения того лица, которое почитает.
Государственная правовая система Древней Греции способствовала появлению новых традиций, связанных с культом цивилизованности и государства. Вместе с тем сформированные традиции и обычаи охранялись государством от влияния новых воззрений, которые могли дестабилизировать сложившуюся общественную систему. Тот, кто покидал свой дом, свою местность, а следовательно, и своих богов, объявлялся нечестивцем, безбожником. А те, кто распространял новые учения о мире, подвергались преследованиям и гонениям. Такая участь постигла известных античных философов (V в. до н. э.) — Протагора, Диагора Милосского, Анаксагора, Сократа и др. Платон считал, что лица, нарушающие традиции и устои государства, должны подвергаться преследованиям, что законы государства должны охранять государственную религию, формирующую единомыслие у граждан.
Позднее, по свидетельству Гая Транквилла Светония (ок. 70 ок. 140), император Клавдий (10 до н. э.— 54 н. э.) «иудеев, постоянно волнуемых Христом, изгнал из Рима», а император Тиберий (42 до н. э.— 37 н. э.) «чужеземные священнодействия и в особенности египетские и иудейские обряды запретил». Подобная практика отношения римских правителей к различным религиозным культам, по-видимому, объясняется тем, что в условиях развития антиримских выступлений национальные религии часто выступали в качестве идейной платформы для объединения разрозненных сил. В зависимости от складывающейся социально-политической ситуации отношение римских властей к культам покоренных народов носило избирательный характер.
Космополитизм раннего христианства, непризнание божественности императора, обращение к униженным и угнетенным представляли определенную опасность для императорской власти, что и повлекло политику запретов и гонений. Вопросы религиозной веротерпимости определялись текущей государственной политикой. Проблемы свободы религиозного выбора зависели от гражданского статуса и национальной принадлежности. Раннее христианство свои социальные представления связывало с идеями равенства всех перед Богом, с представлениями о праве всех на свободу, и счастье, хотя бы в загробной жизни. Подобные представления резко диссонировали с обожествлением императора, воспринимались как определенная угроза государству.
В условиях сосуществования с различными восточными культами, при наличии государственной религии Рима, христиане не следовали иудейской традиции исключительности собственного вероучения, подчеркивали свою приверженность принципам веротерпимости древнего мира. В этой связи Тертуллиан утверждал: «каждый поклоняется тому, чему хочет. Религия одного человека ни вредна, ни полезна для другого. Но не свойственно одной религии делать насилие над другой. Религия должна быть приемлема по убеждению, а не насилию». Распространение христианства рассматривалось римскими властями как оппозиция государственному религиозному культу. Христианское «суеверие» оценивалось как безбожие, отрицание государственной религии и государственной власти.
В начале IV в. в условиях политического и экономического упадка власти почувствовали потребность в универсальной религии. Прекращаются гонения против христиан.
По мере укрепления положения христианства как государственной религии Римской империи терпимое отношение к другим культам сменяется нетерпимостью; иные культы и божества, и это становится традицией, уподобляются падшим ангелам, они должны быть изгнаны из Римской империи вместе со своими служителями. Терпимое отношение к ним было допустимым до появления Евангелия, ныне всякое учение исходит от единого Иисуса Христа. Превращение христианской церкви в государственную религию Римской империи позволило ей (церкви) использовать всю систему государственной власти для борьбы с инакомыслящими и различными оппозиционными ей мировоззренческими течениями.
От имени христианской церкви было развернуто преследование сторонников поздней античной философии, носителей античной культуры, а также адептов еретических течений внутри христианства, за которыми угадывались оппозиционные настроения. В 391 — 392 гг. император Феодосии I (ок. 346 — 395) издает эдикты, запрещающие исповедание языческих культов. При Феодосии I учреждается репрессивный институт для выявления инакомыслящих и борьбы с еретиками и язычниками. Все другие религии объявляются неугодными и еретическими. В 529 г. по приказу императора Юстиниана (482/83 — 565) были закрыты все философские школы в Афинах; последний оплот язычества, связанный с культом богини Исиды, на острове Филе (Египет), был ликвидирован в административном порядке в 535 г.
Со временем связь церкви и государства становится все более прочной. Многочисленные еретические движения Средних веков свидетельствуют об устойчивой исторической тенденции противодействия идеям клерикализма и властным амбициям церкви. Она проявлялась и в виде мистических учений, и в виде идеализации раннего христианства, и в форме радикальных оппозиционных социально-политических движений. В IX в. Иоанн Скот Эриутена (ок. 810 — 877), опираясь на авторитет Библии, отстаивал идею независимости мировоззренческих представлений от установок церковных властей. В XI в. Пьер Абеляр призывал к взвешенному отношению к авторитету церкви в делах веры. В XII в. Иоахим Флорский предполагал, что в 1260 г. почитание Бога станет совершенно свободным, не предписанным никакими властями и никакими документами. Подобные надежды высказывались в условиях правового и духовного господства церкви в обществе. Например, в документе, подписанном в 1220 г. императором Фридрихом II «Привилегии князьям церкви», отмечалось, что светский меч создан в помощь мечу духовному, что отлучение от церкви влечет за собой утрату всех прав и должностей, а права городских коммун и сообществ должны соответствовать интересам князей церкви. И почти в то же время Эйке фон Репков (ок. 1180 —после 1233) в работе «Саксонское зерцало» осуждает любое проявление несвободы по отношению к человеку, провозглашает приоритет светской власти и отмечает, что отлучение от церкви не должно быть поводом лишения жизни или ущемления существующих норм права.
В начале XIV в. большое влияние на развитие идей свободы совести оказали У. Оккам (ок. 1285 — 1349) и Марсилий Падуанский (ок. 1275 — 1342). У. Оккам в работе «Диалог» обосновал концепцию естественного права учением о естественной сущности человека, его природной свободе. В соответствии с такими идеями он провозглашал приоритет светской власти над церковной, а появление государства объяснял с помощью идеи общественного договора как проявление народной воли. Он осудил насилие, направленное на утверждение христианских идей и авторитета церкви, подверг сомнению подлинность грамоты Константина, на которую ссылались папы для обоснования своего главенства над светской властью.
Марсилий Падуанский в трактате «Защитник мира», обосновывая идеи веротерпимости, отмечал, что церковь и духовенство должны быть подчинены светскому суду, суд над еретиками не должен выходить за рамки нравственных оценок, а виновность еретиков устанавливает светский суд только тогда, когда нарушаются светские законы. Он подчеркивал, что церковь должна быть лишена особого положения в делах веры, ее недвижимость секуляризована, так как не церковь, а человек обладает естественным правом на свободу религиозной совести.
Практически все основатели еретических учений были подвергнуты гонениям, многие из них казнены. В середине XII в. второй (1139) и третий (1179) Латеранские соборы, Веронский (1184) собор объявляли еретические учения и движения вне закона, а ересь — врагом государства. Против массовых еретических движений церковь организовывала крестовые походы, которые одновременно использовались для укрепления ее экономического и политического могущества.
С конца XIV в. в Европе расширится процесс приспособления религиозного мировоззрения к интересам «третьего сословия». По-новому осмысливается философия античности, утверждаются идеалы светского гуманизма. В области права Н. Макиавелли обосновывает идею о том, что не церковь нуждается в государстве, а, наоборот, государство нуждается в новой религии. Религиозно утопические идеи раннего христианства и еретические учения возрождаются как социально-политические учения в новом качестве благодаря Т. Мору (1478 — 1535), который провозглашает право в обществе каждому следовать какой угодно религии, свободно ее пропагандировать и воздерживаться от оскорбления других религий. Гуманисты эпохи Возрождения, исходя из ценности человеческой личности, противопоставили идею толерантности идее религиозной нетерпимости.
В Новое время в обществе получают развитие светские представления о свободе религии, свободе вероисповедания, о свободе совести. На основе концепции «естественного права» строятся философские, политические и правовые теории, обосновывающие необходимость секуляризации общественных отношений. Борьба за свободу совести и свободу вероисповедания становится составной частью борьбы за утверждение гражданских прав и свобод. Все это создавало необходимые предпосылки для распространения идеи права свободы совести для всех членов общества независимо от отношения к религии.