Догматическая деятельность собора нашла свое выражение в составлении символа, известного в истории церкви под именем Никео-Цареградского (принят на основе утвержденного на Римском соборе исповедания веры, которое папа Дамасий I прислал епископу Антиохийскому Павлину. До восьмого члена, то есть до изложения учения о Святом Духе, символ Второго Вселенского собора представляет собою Никейский символ, измененный и дополненный собором для опровержения ересей, которые вызвали необходимость созыва Второго Вселенского собора. В учении о Боге Отце в Никейском символе собор после слова «Творца» ввел слова «неба и земли». В учении о Сыне Божьем были заменены после «рожденного от Отца» слова «из сущности Отца, Бога от Бога» словами «прежде всех веков». При наличии в символе слов «Бога истинного от Бога истинного» выражение «Бога от Бога» являлось в некотором роде повторением, которое было исключено из текста. При этом опустили выражение «на небе и на земле», идущее за словами «чрез Которого все произошло». В учение о Сыне Божием, содержащееся в Никейском символе, собором вставлены некоторые слова (выделены жирным шрифтом), яснее выражающие православное учение о плотском естестве Богочеловека. Никейский символ оканчивался словами «(Верую) и в Духа Святого». Второй Вселенский собор дополнил его, присоединив к нему учение о Святом Духе, о Церкви, о крещении, о воскресении мертвых и о жизни будущего века; изложение учения об этих истинах веры и составляет содержание 8, 9, 10, 11, и 12 членов Никео-Цареградского символа. В заключение собор постановил форму церковного суда и принятия еретиков в церковное общение после раскаяния, одних через крещение, других через миропомазание, в зависимости от тяжести заблуждения (7-е правило Собора). Хотя в греческих, славянских и русских изданиях II Вселенскому собору приписывается 7 правил, но в действительности ему принадлежат только первые четыре, о которых упоминают и церковные историки V века. Правила же 5-е и 6-е составлены на Константинопольском соборе 382 года, 7-е представляет собою сокращение послания, сделанного Трулльским собором (692 г) от лица Константинопольской церкви к Антиохийскому епископу Мартирию.
Эфесский (Ефесский) собор — проходил в городе Эфесе (Малая Азия) в 431 году по инициативе императора Феодосия II. На нём присутствовали около 200 епископов. Поводом для созыва Эфесского собора был конфликт между Константинопольским Патриархом Несторием, который трактовал учение о воплощении Сына, разделяя в Нём соединение двух естеств и называя Марию не Богородицей, а Христородицей, и Кириллом Александрийским, который стоял на позициях термина "Богородица" и за соединение двух естеств. Переписка не привела к положительным результатам, и тогда Кирилл написал против Нестория свои анафематизмы. С самого начала на соборе наметился раскол – антиохийская и александрийская делегация стали заседать раздельно. Несторий председательствовал на заседании Антиохийской делегации, Кирилл – на заседании александрийской, до прибытия римских легатов будучи и представителем римского епископа. Позже к нему примкнула римская делегация. Таким образом, каждая из противостоящих сторон выступала от имени двух патриархов (Антиохийский и Константинопольский с одной стороны, и Александрийский и Римский с другой). Антиохийская делегация признала Кирилла еретиком, и низложила его. То же сделала александрийская делегация с Несторием. Спор был решён императором Феодосием II, который утвердил постановление Александрийской делегации. Те, кто признал постановление Антиохийской делегации, основали несторианскую церковь, подвергшуюся преследованиям на всей территории Империи. Даже в Антиохии вскоре утвердились противники Нестория – монофизиты.
Первые шесть правил, составленных собором, касаются вероисповедных вопросов, связанных с ересью Нестория, не имея дисциплинарного значения. Собор кроме Нестория в своем определении осуждает "Келестиево мудрование". Келестий или Целестий проповедовал ересь Пелагия, отрицая значение первородного греха и необходимость благодати для спасения. 7-е правило говорит о том, как следует хранить неповрежденной никейскую веру. В изложении Аристина правило имеет такой вид: «Епископ, проповедующий другую веру, кроме Никейской, лишается епископства, а мирянин изгоняется из Церкви. Тот, кто, кроме веры, составленной святыми отцами, собравшимися в Никее, предлагает иной нечестивый символ на развращение и на пагубу обращающихся к познанию истины из эллинства или иудейства или от какой бы то ни было ереси, если мирянин, должен быть предан анафеме, а если епископ или клирик, должен быть лишен епископства и служения в клире». Впоследствии канон использовался православными полемистами против латинского искажения Никео-цареградского символа добавлением в него «filioque». 8-е правило собора утверждает автокефалию Кипрской Церкви, которая оспаривалась Антиохийской кафедрой, притязавшей на юрисдикцию над Кипром. В канонические сборники Римской Церкви правила Ефесского собора не вошли. В отдельных латинских рукописях встречаются лишь отрывки из соборных определений, иные, чем те, которые получили канонический авторитет на Востоке.
Халкидонский собор — созван императором Маркианом по согласию с папой Львом I в Халкидоне (совр. Кадикой, район современного Стамбула) в 451, по поводу монофизитства. Заседания Халкидонского собора происходили в храме св. мученицы Евфимии. Собор был открыт 8 октября 451 и продолжался до 1 ноября; проведено семнадцать пленарных заседаний. Согласно эдикту императора, епископы собрались в Никею, но скоро вызваны были в Халкидон, поближе к столице, где император имел возможность присутствовать на соборных заседаниях, которыми руководили императорские чиновники: главнокомандующий Анатолий, префект претория Востока Палладий и префект Константинополя Татиан. Диоскор, патриарх Александрийский, продолжая дело своего предшественника Кирилла на Эфесском соборе 431 г. в борьбе с несторианством Антиохийской богословской школы, на Эфесском соборе 449 г. решил поставить окончательную точку в догматической борьбе с несторианством — в результате «излишне двойственная» несторианская природа Христа была заменена в решении собора «монолитной» монофизитской. Такая формулировка расходилась с Epistola dogmatica, отправленном к архиепископу Флавиану, главе Константинопольского патриархата и собору в 449 г папой Львом I Великим. Сам Лев I на соборе не присутствовал, однако прислал легатов, которые не отстояли его формулировки, и решения собора были утверждены императором Феодосием II. Смерть Феодосия, сестра которого, Пульхерия, носившая титул Августы, стала женой сенатора Маркиана и возвела его на трон, изменила обстановку: Пульхерия была сторонницей Льва I. Председателем собора был Анатолий Константинопольский. Число всех присутствовавших на соборе отцов, включая и уполномоченных лиц пресвитерского сана, замещавших того или другого епископа, можно полагать между 600—630. Папа Лев, желавший, чтобы собор созван был в Италии, прислал все-таки своих легатов на Халкидонский собор. Прежде всего, отцы собора занялись рассмотрением деяний т.н. «разбойничьего» собора 449 года в Эфесе, и судом над Диоскором. Обвинителем был Евсевий Дорилейский.. Собор осудил Диоскора и низложил его, кроме того был осуждён «разбойничий» собор и Евтихий. На Соборе изложено учение о двух естествах в лице Иисуса Христа, снимающее крайности несторианства и монофизитства. Приняв за образец православного учения изложение веры Кирилла Александрийского и Иоанна Антиохийского, а также послание Льва римского к Флавиану, участники определили догмат об образе соединения в лице Иисуса Христа двух естеств [3, с. 343]. Число подписавших решение было приблизительно на 150 человек меньше числа собравшихся на собор. Когда донесли Маркиану, что все сделано, он прибыл с Пульхерией на собор в 6-е заседание, произнес речь, в которой выразил радость, что все сделано по общему желанию и мирно. Собор оставил 30 правил. Главные их предметы — церковное управление и церковное благочиние. Важнейшее значение имело правило 28-е, устанавливавшее верховенство кафедры епископа Константинополя на Востоке После собора император издал строгие законы относительно монофизитов. Диоскор и Евтихий сосланы были в отдаленные провинции.
Второй Константинопольский собор — созван в 553 году, в городе Константинополе, при императоре Юстиниане I. Отверг учения богословов Феодора Мопсуэстийского, Феодорита Кирского и Ивы Едесского (т.н. «антиохийская школа»), близкие несторианству. Собор был созван по поводу споров между последователями Нестория и Евтихия. На заседаниях присутствовало 165 епископов. Главный предмет споров – сочинения Феодора, Феодорита и Ивы, где ясно выражались несторианские позиции, и о которых на Халкидонском соборе ничего не было упомянуто. Несториане в споре с евтихианами (монофизитами) ссылались на эти сочинения, а евтихиане находили в этом предлог отвергать четвёртый Вселенский собор. учение Оригена о предсуществовании человеческих душ встретило осуждение и порицание со стороны богословов и святых отцов Церкви и было осуждено на соборе. Осуждены были также еретики, не признававшие общее воскресение мертвых. Собор осудил все три сочинения и самого Феодора, как не раскаявшегося, а относительно двух остальных осуждение ограничилось только их несторианскими сочинениями, сами же они были помилованы, так как отказались от своих мнений.