Шлях єпископа Софронія пролягав через Тобольськ. Місцевий літописець сповіщає: «29 січня 1754 р. приїхав із столичного міста Москви Єпископ Іркутський і Нерчинський Софроній і на свято Стрітення Господнього в Тобольській Соборній церкві відправляв Божественну Літургію і 3 лютого від’їхав в Іркутськ».14 П’ять діб відпочивав святитель у свого земляка митрополита Тобольського Сільвестра (Гловацького) — благочестивого й ревного просвітителя сибірських магометан і язичників.
Тільки 20 березня 1754 р. єпископ Софроній дістався Іркутська. Спочатку він відвідує Вознесенський монастир — місце проживання своїх попередників, молиться на могилі першого єпископа Інокентія (Кульчицького), віддаючи йому належну шану, та просить у нього духовної допомоги на свої труди. Відслуживши разом з архімандритом Нафанаїлом подячний молебень за щасливу подорож, єпископ Софроній в Архієрейському облаченні пішов у місто.
«Приїзд єпископа Іркутського Софронія ознаменувався урочистою зустріччю біля церкви Устюзьких чудотворців Святого Прокопія та Івана з хоругвами та святими іконами, в супроводі міського духовенства в облаченні, на чолі з Пекінським Архімандритом Амвросієм, при звуках дзвонів усіх церков міста. Від цієї церкви Преосвященний, разом з хресним ходом, ішов у Богоявленський собор і служив там літургію».15
Зустріли в Іркутську святителя звичайні клопоти. Спочатку необхідно було ознайомитися зі станом справ в Єпархії. Почав він зі змін у Духовній Консисторії, у монастирях і парафіях. Передусім виявився великий брак священичих кадрів, через що святитель звернувся до Святійшого Синоду з проханням «прислати з внутрішніх єпархій зайвих людей, зокрема семінаристів і духовного чину достойних людей і придатних для зайняття священичих посад в Іркутській єпархії, де в таких особах відчувається крайня бідність і потреба невідкладна».16
З великою уважністю цікавився єпископ життям Іркутських монастирів, які вже мали майже столітню історію. Славилися вони подвигами ченців і були справжніми джерелами духовності. Серед настоятелів було чимало українців. Приміром, настоятелем Вознесенського монастиря був шановний старець архімандрит Нафанаїл (Калинницький), українець, чоловік великого службового досвіду, котрий успішно настоятельствував у Сибірських монастирях — Нерчинському, Якутському, Селенгинському й Іркутському. Саме він був духівником святителя Інокентія (Кульчицького), з яким прибув на службу в Сибір. Владикою Софронієм архімандрит Нафанаїл призначається керівником Іркутської Духовної консисторії. Другим членом консисторії став освічений ієромонах Ілія (Вепритцький), який прибув разом з владикою Софронєм. До складу консисторії був введений ієромонах Віталій (Дотінов), духівник святителя Софронія.17
Ще один українець, котрого привіз з собою владика, ієромонах Веніамін (Юзефович) стає ігуменом Киренського монастиря замість малограмотного ієромонаха Інокентія. У великих муках, трудах і клопотах провів він там близько 6-ти років. Ієромонаха Гервасія (Леонтовича), викладача Харківського Колегіуму, котрий також прибув зі святителем, було призначено ігуменом Преображенського Посольського монастиря. Він також багато перетерпів, але успішно потрудився для утвердження віри Христової. Усі новопризначені ігумени були людьми енергійними й освіченими.18
«14 травня 1754 р. в день Вознесіння Господнього, преосвящений Софроній у Вознесенському монастирі звершував літургію, за якою посвятив на архімандрита цього монастиря ієромонаха Сінесія. Цей достопам’ятний настоятель Вознесенської обителі прослужив у цьому монастирі 33 роки до дня блаженної кончини своєї 10 травня 1787 р. у віці 89 років».19
Святитель Софроній дбав про клір своєї єпархії. Тяжке соціальне становище духовенства, коли воно несло всі тягарі військові й громадянські та ще й із застосуванням до нього тілесних кар, спонукало владику Софронія до настійливого клопотання в Петербурзі про звільнення духовенства від селянських повинностей та принижуючих тілесних покарань. У цьому проявилося батьківське піклування архієрея про своїх співслужителів. Цим також єпископ Софроній хотів полегшити життя духовенству, щоб воно більше часу присвячувало місіонерській діяльності. Клопотання мали успіх: від тих повинностей священнослужителів було звільнено, а кари тілесні замінено архієрейськими єпитиміями, або грошовими штрафами на користь благодійних заходів. Домігся владика й земельних наділів при церквах для користування духовенства.20
Попри на складне становище єпархії та несприятливі часи для монастирів 1764 р., коли в них відібрали землі, селян і угіддя, при єпископі Софронії в Іркутській єпархії вони розцвіли й не відчували матеріальної скрути. Святитель навіть розсилав інструкції, як краще вести господарство монастиря.21
Під особливим контролем святителя перебувала школа. У ній навчалося від 30 до 60 учнів. Називалася вона вже тоді Семінарією. У ній викладали слов’янську, російську, монгольську, латинську мови й риторику. Єпископ Софроній переніс її з Заріччя (з Вознесенського монастиря, що за Ангарою) у саме місто, в новий архієрейський дім. Як і його попередники, Інокентій І та Інокентій II, святитель Софроній також викладав у ній. При школі була велика, як на ті часи, бібліотека — книги й рукописи з багатьох предметів, що викладалися в Київській і Московській академіях і в Харківському колегіумі. Писані вони переважно єпископами Інокентієм (Кульчицьким), Інокентієм (Неруновичем) і Софронієм (Кисталевським), котрі залишили для школи свої власні бібліотеки. Іркутська семінарія була важливим центром просвіти для всього Східного Сибіру.22
Не забарився єпископ Софроній з оглядинами своєї єпархії. Почалися вони з першого року прибуття святителя (1754) на кафедру. Поїздки ці мали й місіонерський характер. У січні 1756 р. він вирушає за Байкал, у другій половині травня — у Киренськ і Якутськ. 9 серпня того ж року він знову відвідав Киренськ. 13 січня 1758 р. святитель знову від’їжджає за Байкал, у Нерчинськ, де з часу заснування єпархії не бачили архієрея. 28 січня його урочисто зустрічає духовенство й жителі Нерчинська, а наступного дня православні Нерчинська вперше були присутні на архієрейському Богослужінні у Воскресенському соборі.23
Характер владики Софронія багато в чому був подібний до характеру митрополита Тобольського Павла (Конюшкевича). До речі, вони практично водночас навчались у Київській академії, та й час їхнього архіпастирського служіння збігався і їхні єпархії межували.* Як і святитель Павло, єпископ Софроній до всякого порушення церковної дисципліни ставився суворо, але караючи й милував. Однаково особливу увагу звертали вони на благоговійне та правильне звершення богослужінь і таїнств священнослужителями, а також пильнували моральну чистоту мирян. Обоє стали святими церкви Христової.
Іркутський літопис розповідає нам, як святитель Софроній дбав про будівництво храмів:
1754 р. — 12 червня закладено камінну церкву Тихвенської Божої Матері; 27 листопада в Прокопівській церкві на верхньому поверсі освячено престіл на ім’я Святої Параскеви-П’ятнитці;
1755 р. — початок будівництва біля соборної церкви камінної огорожі; 9 січня 1755 р. завершено будівництво дерев’яної Семінарії та консисторії;
1755р. — 9 вересня освячено збудовану в архієрейському домі церкву на честь Покрови Пресвятої Богородиці;
1757 р. — 30 червня в Знаменському монастирі замість дерев’яної закладено камінну з дзвіницею церкву на честь Знамення Божої Матері з приділом Святителя Миколая Чудотворця;
1758 р. —при Спаській церкві побудовано камінну дзвіницю, де влаштовано приділ Святителя Дмитрія, митрополита Ростовського, Чудотворця;
1759 р. — 11 жовтня освячено пристіл Воздвиження Хреста Господнього в кам’яній церкві Іркутська, названої за цим престолом Хрестовоздвиженською;
1761 р. — у Богоявленському соборі освячено приділ на честь Казанської Божої Матері, збудований боголюбцями, у котрому і знайшов собі місце упокоєння вікопомний святитель;
1762 р. — 26 листопада освячено храм Знамення Пресвятої Богородиці в жіночому монастирі;
1763 р. — 17 липня освячено приділ у Тихвенській церкві на честь святого Ілії Пророка;
І766 р. — 1 вересня освячено храм на ім’я Воскресіння Христового, що при Тихвенській церкві;
1767 р. — стараннями святителя Софронія закладено кам’яну будівлю архієрейського дому, закінченого 1770 р., і тоді ж 31 жовтня архіпастир переселився в нього;
1767 р. — 17 квітня освячено збудовану церкву Вознесіння Господнього у Вознесенському монастирі;
1767 р. — 25 серпня у верхньому поверсі Прокопівської церкви освячено престіл в ім’я святих Прокопія та Івана, Устюзьких чудотворців.24
Не тільки в Іркутську клопотався про будівництво й освячення храмів святитель Софроній, а й в інших місцях єпархії з метою християнизації місцевого населення. Благословляючи будівництво храмів, святитель дбав і про те, щоб ті, котрі там служитимуть, мали засоби для існування. Без цього не функціонував би жоден храм, і, як наслідок, не проводилася б місіонерська праця.
Знаючи, який вплив має православне богослужіння на душі іновірців, Архіпастир намагався всюди налагодити статутну службу. Для цього, викликав до себе в собор священиків, дияконів, дячків і паламарів, котрі переймали досвід, беручи участь у соборних богослужіннях. У кафедральному соборі було створено хор, як взірець для всіх храмів.25
І все-таки приводити язичників далекого Сибіру в обійми христової церкви було важко, бо часом навіть у храмах нікому було служити, а тим паче займатися місіонерською діяльністю. Святитель, переповнений бажанням привести до Христа перебуваючих у пітьмі поганства, звертається до всієї своєї пастви просячи допомоги у справі просвічення язичників.