Большое распространение в 20-е годы получили организованные баптистами и евангельскими христианами сельскохозяйственные общины, коммуны, кооперативы, возникшие на заре российского кооперативного движения. В 19I8 - 1921 гг. в брошенных частных имениях образовались баптистские кооперативы - "Прилучье" (Новгородская губерния), "Гефсимания", "Вифания", "Утренняя звезда" (Тверская губерния), "Сигор", "Едино" (Брянская губерния), "Вифлеем" (Саратовская губерния), "Васан" (Енисейская губерния).
Следует отметить высокий уровень технического оснащения в этих хозяйствах: кооператив "Гефсимания", например, уже к 1920 г. стал полностью электрифицированным. Для поддержки христианских сельскохозяйственных кооперативов в 1922 г. на Всероссийском съезде баптистов было учреждено товарищество "Братская помощь", объединившее 25 хозяйств. К концу 20-х годов насчитывалось свыше 400 баптистских и евангелических кооперативов и коммун.
Большое распространение получили баптистские благотворительные столовые: одна из них работала в Москве во Втором Доме Советов по ул. Охотный Ряд (ныне - отель "Метрополь"), обеспечивая питанием делегатов конгрессов Коминтерна. На съезде Союза евангельских христиан в 1926 г. Прохановым была выдвинута обширная программа социального служения под названием "Евангельский путь".
В том же 1926 г. у Проханова возник план создания своеобразного евангельско - христианского Города Солнца, который должен был явиться образцом благосостояния и процветания. Идея Проханова была одобрена на пленуме Всесоюзного совета евангельских христиан в 1927 г. Для Города Солнца выбрали обширный земельный участок на Алтае. Баптистские организации США согласились финансировать задуманное предприятие. Однако ввиду неблагоприятного изменения политической ситуации замыслу Проханова не суждено было осуществиться.
Со второй половины 20-х годов по мере становления тоталитарного режима отношение к баптистам начинает резко меняться. С началом коллективизации берется курс на полное подавление религиозной жизни. В апреле 1929 года на втором. Съезде созданного в 1928 г. Союза воинствующих безбожников баптисты и евангелисты характеризовались как "политическая агентура и военно-шпионская организация международной буржуазии". Незадолго до съезда, в феврале 1929 года, газета "Комсомольская правда" опубликовала фотографии обложек всех религиозных журналов с призывом к рабочим-печатникам отказываться от печатания религиозной литературы, после чего все баптистские периодические издания были закрыты.
В принятом в апреле 1929 года постановлении ВЦИК РСФСР "О религиозных объединениях" деятельность религиозных общин ограничивалась лишь совершением богослужений. Благотворительная, миссионерская и проповедническая деятельность были запрещены. В ходе проведения коллективизации уничтожались или преобразовывались в обычные колхозы все христианские сельскохозяйственные кооперативы и коммуны.
В 30-е годы началась кампания по массовому закрытию молитвенных домов, конфискации у общин имущества и религиозной литературы. В 1930 г. был закрыт Дом Евангелия в Ленинграде, а в Москве отобрано здание у Федеративного союза баптистов СССР. Органы ОГПУ конфисковали также 10 тыс. экземпляров Библии. К концу 30-х годов из 6 молитвенных домов в Москве остался лишь один. В Ленинграде из 28 общин евангельских христиан и 15 общин баптистов не осталось вообще ни одной.
Одновременно начались аресты и высылки пресвитеров и проповедников. Репрессиям подверглись и руководители Союза евангельских христиан: в 1928 г., в связи с угрозой ареста, эмигрировал в Германию И. Проханов; в 1935 г, были арестованы член Совета Союза А Карев и старший пресвитер по Сибири О. Кухман; в концлагерях погибли пресвитеры А Костюков и В. Моргунов. Реальные масштабы репрессий против баптистов и евангельских христиан, особенно в 1937 - 1938 гг., когда террор захватил массы рядовых членов общин, до сих пор неизвестны.
В результате преследований к 1932 г. распалось большинство региональных баптистских союзов, а в 1935 г. полностью прекратил свою деятельность Федеративный союз баптистов СССР. Союз евангельских христиан формально продолжал существовать, но фактически его деятельность была парализована.
“Машина репрессий” против верующих всех конфессий, деноминаций и верований была выведена на “проектную мощность” только в 1929 году, т.к. до сего времени большевики устанавливали свою власть по местам и параллельно боролись с Русской Православной Церковью, которую считали “рудиментом царизма”. До этого времени всех остальных верующих принимали как оппозиционеров к “Государственному Православию”, можно даже сказать, что считали их за угнетенный “пролетариат” в религии. Но к 30-м годам, когда Православие было “радикальным образом подкошено”, и в официальной Православной Церкви “едва лишь оставалось немного дыхания жизни”, большевики предприняли координальную реформу, можно сказать революцию в идеологии. Они осуществили “смену парадигмы” – с патриархально-православного уклада жизни простого человека – на безбожную, марксистско-ленинскую идеологическую позицию. И как естественный результат этого – репрессии на тех верующих, которых еще недавно они называли “христианским пролетариатом”.
Руководство Евангельских Христиан-баптистов, к сожалению так и не поняло во время, что “заигрывание” с Советской властью – это есть игра кошки с мышкой. Только в роли мышки были абсолютно все христиане! (Хотя, конечно нам легко судить, оглядываясь назад…)
Лишь в период Великой Отечественной войны 1941 — 1945 гг. баптистские общины в ряде регионов были восстановлены, причем баптисты и евангельские христиане, как правило, создавали единые общины. В 1942 г. был образован Временный совет евангельских христиан и баптистов. От баптистов в него вошли И. Голяев, Ф. Патковский и Н. Левинданто; от евангельских христиан - Я. Жидков, А. Карев и М. Орлов.
На Всесоюзном совещании представителей общин баптистов и евангельских христиан в октябре 1944 года оба течения слились во Всесоюзный союз евангельских христиан и баптистов (с 1945 г. " евангельских христиан-баптистов).
В послевоенные 1945 - 1957 годы наблюдался значительный рост численности евангельских христиан-баптистов: в Белоруссии - на 55%; на Украине - на 47%; московской общины на 40%. В состав Всесоюзного Союза евангельских христиан-баптистов вошли общины ряда родственных протестантских течений: в 1945 г. - христиан веры евангельской пятидесятников и национальных баптистских братств Прибалтики;
На рубеже 50-60-х годов во время правления Хрущева, в стране была развернута полномасштабная антирелигиозная компания.
В этот период административный нажим на баптистские общины вновь усиливается, а их деятельность максимально ограничивается- В I960 г. под давлением Совета по делам религий при Совете Министров СССР Президиум Всесоюзного Совета разослал "Инструктивное письмо старшим пресвитерам". В нем предписывалось сократить число богослужений, воздерживаться от проведения детских, молодежных и женских молитвенных собраний и от благотворительной деятельности, максимально ограничить крещение молодых людей в возрасте 18 - 30 лет.
Это вызвало решительный протест ряда представителей местных общин, обвинивших Всесоюзный Совет в "проведении программы атеизма". В 1961 г. они объединились в Инициативную группу по созыву внеочередного съезда евангельских христиан-баптистов, возглавленную пресвитерами А. Прокофьевым (Харьков), Г. Крючковым (Тула) и Г. Винсом (Киев). Позже сторонников инициативной группы стали именовать "инициативниками", затем - "раскольниками".
К 1965 г. к "инициативникам" присоединилось около 300 общин, одни из которых входили в Союз, но были недовольны его руководством, а другие действовали вне рамок Союза. Они образовали, Совет церквей евангельских христиан-баптистов, генеральным секретарем которого был избран Г. Винс (сын П. Винса). Организационно раскол Всесоюзного Союза оформился на съезде в октябре 1966 года.
Сторонники "инициативников" подверглись суровым репрессиям властей. Их общины фактически оказались под запретом. В 1961 - 1964 гг. прошел целый ряд судебных процессов над сторонниками Совета церквей. "Инициативников" обвиняли в нарушении законодательства о религии, создании подпольных религиозных организаций, хранении и распространении "идеологически враждебной" религиозной литературы, вовлечении в религиозные общины детей.
Со второй половины 60-х годов евангельские христиане-баптисты открытым преследованиям уже не подвергались. Вновь проводились регулярные съезды, поддерживались контакты с зарубежными единоверцами в рамках Всемирного союза баптистов. Всемирного совета церквей. Конференции европейских церквей. С 70-х годов частым гостем евангельских христиан-баптистов СССР стал выдающийся американский баптистский проповедник Билли Грэм.
Вместе с тем неоднократно наблюдались случаи нарушения гражданских прав последователей баптизма, которым отказывали в поступлении в высшие учебные заведения и в приеме на работу. Атеистическая пропаганда формировала общественное недоверие к евангельским христианам-баптистам как к "антиобщественным элементам" и "сектантам-изуверам". Лишь в конце 80-х годов представители данной конфессии получили религиозную свободу, включая право на миссионерскую, благотворительную, издательскую и педагогическую деятельность.