Используя с одинаковой эффективностью основные исламские вероисповедания — суннизм и шиизм, царское правительство старалось, однако, поддерживать раскол в исламе, да и вообще содействовать процессам, разделяющим, а не объединяющим мусульманское население России. Тенденции к объединению сказывались и в экономической жизни этих народов, и в их общении на почве вероисповедной. Газета «В мире мусульманства» писала, что разделение мусульман на шиитов и суннитов есть «безумие нашего века», ибо «шииты — такие же мусульмане, как и сунниты, и, следовательно, все мы братья». Общность религии татар, казахов, узбеков, киргизов, азербайджанцев наряду с близостью их языков создавала почву и для этнического сближения. Царское правительство такая перспектива не устраивала. Один из чиновников, занимавшийся делами ислама и мусульманских народов, В. П. Череванский, писал в 1906 г. в своей Записке в высшие правительственные инстанции: «Хорошей помощью для местных государственных властей служит разноплеменность русского мусульманства... всякое объединение в ближайшем времени разноплеменных мусульманских групп в одну религиозно-татарскую общину было бы актом величайшего неблагоразумия». И хотя мусульманское духовенство было заинтересовано в племенном объединении на религиозной почве, оно покорно следовало и в этом отношении предначертаниям царского правительства.
Чем более открыто исламские священнослужители выступали в качестве прислужников самодержавия, тем более верующие массы теряли к ним доверие. Они их рассматривали как чиновников, поставленных правительством. В. Череванский писал в одной из своих статей о «крайнем нерасположении» мусульманских обществ к своим же верослужителям, «утвержденным в этом звании русской властью». При этом он ссылался на заявление, сделанное «от имени своих заверителей» одним из ахундов Симбирской губернии, что в учрежденном правительством Особом совещании по вопросам и делам мусульманского вероучения не должны участвовать столичные ахунды и оренбургский муфтий, к «которым мусульманское население провинций, да, пожалуй, и столиц, совершенно не питает доверия как к ставленникам администрации». Аналогичные сведения имелись и по другим губерниям страны.
Недовольство мусульманских масс духовенством содействовало развитию внемечетских форм религиозности, в частности, возникновению новых сект, хотя в силу ряда обстоятельств сектантское движение не получило сильного развития. В районах распространения ислама бродили странники, дервиши, проповедники, предсказывавшие скорое наступление страшного суда, объявлявшие о пришествии махди. В 80-х и 90-х годах XIX в. сюда доносились отголоски махдистских событий в Судане. Иногда тут же на месте оказывались доморощенные махди. В 1888 г. в Уфе объявился в качестве такового башкир А. Чувашев и в роли его апостола башкир же Ф. Абдалов. Они предсказывали скорое рождение в России самого махди, в ожидании которого мусульмане должны радикально изменить весь свой образ жизни. Суд над проповедниками признал их сумасшедшими.
В одном случае оппозиционное движение внутри мусульманской церкви привело к образованию новой секты — ваисовцев. Казанский купец Б. Вайсов во время поездок по торговым делам в Среднюю Азию ознакомился с деятельностью и учением суффийского ордена накшбендийе, влияние которого в какой-то мере сказывалось и в Татарии. В учении этого ордена его привлекло то, что духовными авторитетами оно признавало не официальное духовенство, а ходжей, наставников. Таким наставником веры Вайсов объявил себя, причем подкрепил это утверждением о собственном происхождении от соратника пророка и от болгарских средневековых ханов, среди которых только и сохранился «чистый» ислам. В 1862 г. Вайсов открыл в Казани учреждение под названием, начинавшимся словами — «Всего мира государственный молитвенный дом» и завершавшимся ссылкой на то, что дом принадлежит «староверскому обществу мусульман ваисовского божьего полка». Секта развернула активную деятельность, а мусульманское духовенство Казани мобилизовало против нее фанатизм правоверных. Вскоре начались столкновения, завершившиеся в 1884 г. разгромом ваисовского дома и судебным процессом над главой секты и его приближенными. Вайсов был признан сумасшедшим и несколько лет спустя умер в психиатрической лечебнице, его помощники получили разные сроки тюремного заключения и ссылки.
Движение ваисовцев представляло собой явление социального и религиозно-идеологического порядка, что доказывается прежде всего тем, что после изоляции Ваисова секта продолжала существовать и вела работу в подполье. Вскоре начались новые судебные процессы. В 90-х годах руководство движением взял на себя сын Ваисова Гинануддин, который был сослан в 1895 г. на Сахалин, но вернулся оттуда в Казань по амнистии 1905 г. Секта существовала до 1918 г.
В вероисповедно-догматическом отношении ваисовцы повторяли популярный среди сектантских течений мусульманства лозунг возврата к «чистому» исламу. Неопределенность выдвинутого требования давала возможность наполнять его разнообразным содержанием, и прежде всего по линии социально-экономической и политической. Главным в программе ваисовцев было сопротивление существующему общественно-политическому строю. Формально сектанты признавали во Вселенной власть бога и царя. Но сохранение верности царю имело фиктивный характер, ибо было связано с отрицанием самодержавия, его чиновничьего аппарата, порядков и установлений. Ваисовцы отказывались платить подати, служить в армии, принимать какие бы то ни было документы, судиться у мировых судей и подчиняться их приговорам. В сравнении с этим непризнание официального мусульманского духовенства и разоблачение его безнравственности было в глазах властей не столь существенным. Впрочем духовенство критиковалось ваисовцами в основном за то, что оно продало мусульманскую веру власти, представляющей собой непримиримого врага ислама. Таким образом, критика самодержавия и мусульманской церкви в программе ваисовцев являлась религиозным выражением социально-политического протеста людей, подвергавшихся социальному и национальному угнетению.
Ваисовская секта имела в исламе лишь местное значение, она и не оказала существенного влияния на жизнь мусульманской церкви. Несравненно большее значение имело как для церкви, так и для религиозно-идеологической мысли ислама в России движение джадидов, аналогичное движению реформаторов в ближневосточном и индийском исламе.
Термин «джадидизм» произошел от выражения «усул и джедиде», означающего «новый метод». Речь шла о введении новых методов в школьное обучение, о реформировании религиозных школ (медресе и мектебов) на основах западной педагогики, причем эта реформа должна была касаться не только методики преподавания, но и его содержания. Имелось в виду введение ряда светских учебных предметов: арифметики, естествознания, русского и некоторых иностранных языков. Вся атмосфера мусульманских школ, где в течение семи — восьми лет ученики, сидя на полу, должны были научиться лишь читать Коран на незнакомом им арабском языке, подлежала, с точки зрения «новометодчиков», коренному изменению.
Именно такие идеи пропагандировал основатель джадидизма крымский помещик Исмаил-бей Гаспринский. С 1883 г. он издавал в Бахчисарае газету «Тарджиман» («Переводчик»), в которой пропагандировался «новый метод». Он создавал новометодные школы и его примеру последовали во многих Других мусульманских центрах. Движение скоро стало большой силой среди мусульман России. Его значение вышло далеко за пределы школьной реформы. По Существу борьба шла за модернизацию мусульманской религии в целом.
У Гаспринского нашлось большое число приверженцев не только в Крыму, но и в Поволжье, на Урале, в Средней Азии. Появились газеты и журналы джадидского направления, был опубликован ряд книг в модернистском духе. Но консервативные элементы среди духовенства и идеологов ислама оказывали яростное сопротивление джадидизму; они получили название кадимистов от слова «кадим», означающего изначальное, неизменное.
Для характеристики позиций и взглядов джадидов и кадимистов остановимся на содержании сочинений двух представителей этих направлений — казанского муллы Мусы Бигиева и старшего муллы Малмыжского уезда Вятской губернии Ишмухаммеда Дин-Мухаммедова. Первый опубликовал четыре книги, появление которых вызвало полемику в мусульманской печати, второй в это же время опубликовал несколько брошюр, где разоблачались нечестивые новшества джадидов.
Одна из книг М. Бигиева, «Пост в длинные дни», была посвящена, казалось бы, частному вопросу, но по существу содержала в себе взрывчатый материал, грозивший подорвать основы старого ислама. Известно, что сроки ежегодного мусульманского поста, уразы, устанавливаются по лунному календарю и потому в разные годы приходятся на различные месяцы солнечного года. Бывает, что поститься приходится в самые длинные летние дни. А на севере, где солнце летом совершенно не заходит, мусульмане, следовательно, не имеют права есть и пить в течение месяца! Возникает вопрос: как мог не знать такого положения автор Корана? И как вообще в таком случае добропорядочный мусульманин должен выходить из положения, не нарушая предписаний Корана и шариата? Бигиев, однако, имел в виду нечто значительно большее, чем проблема поста.
Отталкиваясь от этого вопроса, Бигиев пространно рассуждает о том, как следует относиться к догматам и предписаниям ислама, содержащимся во всей той массе комментариев, которая нагромождена улемами на текст Корана в течение столетий. Он выступает в роли пламенного защитника Корана, обороняющего его абсолютно истинный смысл от ложных комментариев и невежественных комментаторов. Это дает ему возможность истолковывать Коран, исходя из собственных взглядов. Таким способом, по Бигиеву, все содержание Корана можно привести в соответствие со взглядами современного человека и западной науки.