Великий князь Иван III (1462-1505 гг.) женился на Софье (Зое) Палеолог, племяннице убитого турками последнего византийского императора Константина XI.
Иван III первым на Руси принял титул самодержца и сделал русским гербом византийского двуглавого орла. В годы правления Ивана III к его титулу иногда прибавляли формулу "Божиею милостью царь и великий князь". При его сыне Василии III, идея "третьего Рима" обрела законченную форму в пророчестве старца псковского Спасо-Елеазарова монастыря Филофея: "...два Рима пали, а третий стоит, а четвертому не бывать". Иван IV Васильевич, вошедший в историю как Иван Грозный, в 1547 г. по образу византийских императоров венчался на царство. Примечательно, что эта церемония была совершена по совету митрополита Макария, возложившего царский венец на голову юного Ивана IV. В январе 1589 г. при царе Федоре Иоановиче (сыне Ивана Грозного) прибывший в Москву патриарх Константинопольский Иеремия поставил митрополита Иова первым патриархом Московским и всея Руси. В дальнейшем возрастающая мощь Русского государства содействовала и росту авторитета Автокефальной Русской Церкви. Восточные патриархи признали за русским Патриархом пятое по чести место. После падения Византии (1553 г.) и до сих пор Русская православная церковь претендует на звание "третьего Рима". Яркий след оставили в истории Церкви князь Константин Острожский, создавший в Остроге православный просветительный центр, и его соратник князь Андрей Курбский, бежавший в Литву при Иване Грозном. Он убеждал местное русское дворянство всемерно отстаивать православие. ХVII век начинался для России тяжело. С запада на Русскую Землю вторглись польско-шведские интервенты. В это время смут Русская Церковь, как и прежде, с честью выполнила свой патриотический долг перед народом.
Горячий патриот Патриарх Ермоген (1606-1612) был духовным вождем ополчения Минина и Пожарского. В летопись истории Русского государства и Русской Церкви навсегда вписана героическая оборона Троице-Сергиевой Лавры от шведов и поляков в 1608-1610 годах. В период, последовавший за изгнанием из России интервентов, по личной инициативе Патриарха Никона и царя Алексея Михайловича Русская Церковь занялась исправлением богослужебных книг и обрядов по греческим образцам и установлением единообразия церковной службы. В результате с 1667 г. произошло отделение Русской православной церкви от старообрядчества и сильное ослабление ее. Реформа фактически затронула элементы обрядности: двоеперстное крестное знамение заменено на троеперстное, вместо "Исус" стали писать "Иисус", наряду с восьмиконечным крестом стали признавать четырехконечный. Реформа вызвала протест части духовенства во главе с протопопом Аввакумом. Протест нашел поддержку среди крестьян, боярства, стрельцов. Противники реформы были преданы анафеме на соборе 1666-1667 и подверглись жестоким репрессиям. Спасаясь от преследований, сторонники старообрядчества бежали в глухие места Севера, Поволжья и Сибири. В 1675-1695 годах было зафиксировано 37 самосожжений, во время которых погибло не менее 20 тысяч человек. Протопоп Аввакум был сожжен в срубе вместе с единомышленниками. Многие защитники старой веры приняли участие в крестьянской войне С. Разина, Соловецком восстании, восстаниях К. Булавина и Е. Пугачева. В XVII веке главным центром православного образования всей Руси стала Киево-Могилянская академия. В ее название вошло фамильное прозвище создавшего академию митрополита Киевского Петра Могилы. В православных изданиях Киева, Львова, Вильнюса заметно сильное влияние католического богословского языка. Дело в том, что с разрушением Византийской империи приходила в упадок и система образования на православном Востоке. А вот на католическом Западе она беспрепятственно развивалась, и многие ее достижения были заимствованы киевской богословской школой. Ее "рабочим" языком стала латынь, которая опиралась прежде всего, на латинские источники. Опыт киевской школы и ее богословы сыграли важнейшую роль в возрождении православного просвещения в Московской Руси в XVII веке, когда были залечены раны Смутного времени. В 1687 году Константинопольский патриарх Дионисий и восточные патриархи присылают грамоту, утверждающую переход Киевской митрополии в московскую юрисдикцию. Происходит Воссоединение Киевской митрополии с Московской патриархией. Начало XVIII века ознаменовалось для России радикальными реформами Петра I. Реформы коснулись и Русской Церкви: после кончины в 1700 году Патриарха Адриана Петр I задержал выборы нового Предстоятеля Церкви, а в 1721 году учредил коллегиальное высшее церковное управление в лице Святейшего Правитильствующего Синода, который оставался высшим церковным органом в течение почти двухсот лет (1721-1917 годы). Обязанности Предстоятеля временно исполнял митрополит Рязанский Стефан Яворский. Царь Петр сознательно не спешил с поставлением патриарха, выжидая, пока его отсутствие не станет привычным. Святейший синод не просто заменил патриаршее правление. Этот орган уже непосредственно подчинялся государю.
Русское государство стало империей, но не византийского образца — с двумя главами, а западного-с одной главой, светской. В деятельности Синода, членами которого являлись лица духовного звания, участвовал мирянин — обер-прокурор, "глаза и уши" светской власти.
В XVIII веке Церковь лишилась почти всех своих земельных владений, а ее имущество попало под государственный контроль. Благосостояние иерархов, особенно членов Синода, зависело от государственного жалования. Священники были обязаны доносить начальству обо всем, что могло представлять угрозу государственному строю. Если эти сведения были получены на исповеди, когда священник выступает перед Богом свидетелем раскаяния человека в совершенных грехах, то духовник должен был разгласить тайну исповеди — совершить то, что по церковным канонам считается преступлением.
Усилившийся бюрократический контроль вкупе с чиновным произволом превратил духовенство в "запуганное сословие". Его авторитет в обществе стал падать. В XVIII столетии с его модой на свободомыслие среди обер-прокуроров были даже убежденные атеисты. В XIX веке при преемниках Петра I Церковь стала "Ведомством православного исповедания" . В то же время некая тайна сопровождает жизнь Русской Церкви в Синодальный период своей истории (1721-1917 годы): подчинившись новым установлениям, в своей глубине Церковь их не приняла. Это неприятие выразилось не в сопротивлении — активном или пассивном (хотя было и такое, и за него в XVIII веке немало иерархов и мирян заплатили головой).
В противовес полицейскому и бюрократическому давлению в Церкви возникали такие явления, в которых сосредоточивалась полнота внутренней духовной свободы. Так, Русская церковь XVIII столетия освящена мудрой кротостью святителя Тихона Задонского (1724-1783). Будучи епископом, он отличался абсолютным бескорыстием, скромностью, особым талантом к воспитанию духовенства, неприятием обычных в то время телесных наказаний. Святитель Тихон прославился как замечательный церковный писатель, просветитель и благотворитель. Последние 16 лет жизни он провел в Задонском монастыре "на покое", а на деле — в непрерывных трудах, сочетая молитвенный подвиг с писательством, принимая паломников и ухаживая за больными. Именно в эту эпоху начинается возрождение особого монашеского подвига безмолвной молитвы — "умного делания". Эта традиция, зародившаяся в Византии и почти исчезнувшая к XVIII веку на Руси, сохранилась на Афоне. Оттуда ее принес на земли Молдавии русский монах Паисий Величковский, впоследствии — архимандрит Нямецкого монастыря в Карпатах. Русская
Церковь особое внимание уделяла развитию духовного просвещения и миссионерству на окраинах страны. Велось восстановление старых и строительство новых храмов. Немало сделали русские церковные ученые и для развития таких наук, как история, языкознание, востоковедение. Начало XIX столетия отмечено тихой славой преподобного Серафима, Саровского чудотворца (1753-1833). Его бесхитростные беседы с паломниками — пример просвещения, открывавшего понимание православной веры. XIX век — время расцвета старчества. В церковной иерархии нет чина старца (учителя и наставника). Старца нельзя назначить, им невозможно притвориться; старец должен быть признан церковным народом. Такое признание получали единицы. Особую славу приобрели старцы Оптиной пустыни, которая стала местом настоящего паломничества простонародья и интеллигенции. Старцы были преимущественно монахами, представителями черного духовенства. Однако известны старцы и из белого, женатого духовенства: например, московский священникАлексий Мечев (умер в 1923 г.).
Синодальный период истории Русской церкви — это и время появления целой сети духовных учебных заведений, в том числе академий. В XIX веке их профессура могла сделать честь любому университету и включала известных ученых. В тот же период в обществе, некогда идеологически почти едином, появились разнообразные идейные течения, многие из которых были откровенно антицерковные. Развитие капитализма в России и изменения условий быта разрушали привычную повседневную обрядность, связанную с историческими формами православия. Тесная связь государства и Церкви в России привела к тому, что сложившиеся общественные, административные и даже экономические структуры в большинстве своем как бы сливались в сознании людей с православием.
Поэтому защита этих структур и отношений многими воспринималась как отстаивание веры, а неприятие их часто было связано с отвержением Церкви. Защита ее государством нередко осуществлялась грубыми и неуклюжими способами, которые только вредили православию в глазах иноверцев и людей, недостаточно знакомых с ним.
Например, долгое время государственные служащие обязаны были представлять начальству справку от священника о том, что они в установленное время постились и принимали православные таинства; существовали законы, которые грозили наказанием за переход православных в другую веру, например в старообрядчество. О неблагополучии в Русской церкви, о губительном для нее формализме в соблюдении церковного устава, о разлагающем влиянии на ее жизнь мирских интересов и настроений писали русские святые XIX века — святители Игнатий Брянчанинов, Феофан Затворник и др. В Церкви назрели серьезные проблемы, требовавшие соборного решения. Тем не менее, власти упорно считали несвоевременными созыв Поместного собора и восстановление патриаршества в Русской церкви. Собор удалось провести лишь после Февральской революции 1917 г. (он открылся только в августе 1917 г. и проходил до сентября 1918 г.).